研究活動情報

• 2018年05月 日本生化学会 近畿支部, 第65回 日本生化学会 近畿支部例会 優秀発表賞, pH応答性構造転移能および膜破壊能を有するペプチドの分子設計

  櫻井 遥, 田村 厚夫

  国内学会・会議・シンポジウム等の賞


• 2017年06月 日本生化学会近畿支部, 第64回日本生化学会近畿支部例会 優秀発表賞, 耐熱性ナノファイバーを形成する両親媒性ヘリックスペプチドの分子設計

  大津 知也, 田村 厚夫

  国内学会・会議・シンポジウム等の賞

• 人工設計αヘリックス型ペプチドナノファイバーの超耐熱性化と液晶性の獲得

  黒川南, 田村厚夫

  2024年04月, 熱測定, 51(2) (2), 85 - 90, 日本語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• Structural Analyses of Designed α-Helix and β-Sheet Peptide Nanofibers Using Solid-State Nuclear Magnetic Resonance and Cryo-Electron Microscopy and Introduction of Structure-Based Metal-Responsive Properties.

  Shota Nakagawa, Minami Kurokawa, Ohki Kambara, Toshiaki Takei, Kengo Daidoji, Akira Naito, Mao Takita, Akihiro Kawamoto, Mika Hirose, Atsuo Tamura

  The 21-residue peptide α3, which is artificially designed and consists of three repeats of 7 residues, is known to rapidly assemble into the α-helix nanofiber. However, its molecular structure within the fiber has not yet been fully elucidated. Thus, we conducted a thorough investigation of the fiber's molecular structure using solid-state NMR and other techniques. The molecules were found to be primarily composed of the α-helix structure, with some regions near the C- and N-terminal adopting a 310-helix structure. Furthermore, it was discovered that β-sheet hydrogen bonds were formed between the molecules at both ends. These intermolecular interactions caused the molecules to assemble parallelly in the same direction, forming helical fibers. In contrast, we designed two molecules, CaRP2 and βKE, that can form β-sheet intermolecular hydrogen bonds using the entire molecule instead of just the ends. Cryo-EM and other measurements confirmed that the nanofibers formed in a cross β structure, albeit at a slow rate, with the formation times ranging from 1 to 42 days. To create peptide nanofibers that instantaneously respond to changes in the external environment, we designed several molecules (HDM1-3) based on α3 by introducing metal-binding sites. One of these molecules was found to be highly responsive to the addition of metal ions, inducing α-helix formation and simultaneously assembling into nanofibers. The nanofibers lost their structure upon removal of the metal ion. The change occurred promptly and was reversible, demonstrating that the intended level of responsiveness was attained.

  2024年01月, International journal of molecular sciences, 25(2) (2), 1111 - 1130, 英語, 国際誌

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）

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• Hyper Thermostability and Liquid-Crystal-Like Properties of Designed α-Helical Peptide Nanofibers.

  Minami Kurokawa, Tomoya Ohtsu, Eri Chatani, Atsuo Tamura

  Structural and thermodynamic transitions of artificially designed α-helical nanofibers were investigated using eight peptide variants, including four peptides with amide-modified carboxyl termini (CB peptides) and four unmodified peptides (CF peptides). Temperature-dependent circular dichroism spectroscopy and differential scanning calorimetry showed that CB peptides exhibit thermostability up to 50 °C higher than CF peptides. As a result, one of the denaturation temperatures approached nearly 130 °C, which is exceptionally high for a biomacromolecule. Thermodynamic analysis and microscopy observations also showed that CB peptides undergo a thermal transition similar to the phase transition in liquid crystals. In addition, one of the peptides showed a sharp and highly cooperative transition with a small enthalpy change at around 25 °C, which was ascribed to a giga-bundle burst of the molecular assembly. These macroscopic changes in the thermostability and crystallinity of CB peptides may be attributed to an increased amphiphilicity of the molecule in the direction of the helix axis, originating from the microscopic modification of the carboxyl-terminus.

  2023年10月, The journal of physical chemistry. B, 127(39) (39), 8331 - 8343, 英語, 国際誌

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• In Situ Synthesis of an Anticancer Peptide Amphiphile Using Tyrosine Kinase Overexpressed in Cancer Cells

  Kenta Morita, Kanon Nishimura, Shota Yamamoto, Natsumi Shimizu, Tomoko Yashiro, Ryoko Kawabata, Takashi Aoi, Atsuo Tamura, Tatsuo Maruyama

  American Chemical Society (ACS), 2022年09月, JACS Au, 2(9) (9), 2023 - 2028

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）

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• Inhibition of Melittin Activity Using a Small Molecule with an Indole Ring

  Sayuki Kanemitsu, Kenta Morita, Yudai Tominaga, Kanon Nishimura, Tomoko Yashiro, Haruka Sakurai, Yumemi Yamamoto, Ikuo Kurisaki, Shigenori Tanaka, Masaki Matsui, Tooru Ooya, Atsuo Tamura, Tatsuo Maruyama

  American Chemical Society (ACS), 2022年08月, The Journal of Physical Chemistry B, 126(31) (31), 5793 - 5802

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）

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• Pathway Dependence of the Formation and Development of Prefibrillar Aggregates in Insulin B Chain

  Yuki Yoshikawa, Keisuke Yuzu, Naoki Yamamoto, Ken Morishima, Rintaro Inoue, Masaaki Sugiyama, Tetsushi Iwasaki, Masatomo So, Yuji Goto, Atsuo Tamura, Eri Chatani

  Amyloid fibrils have been an important subject as they are involved in the development of many amyloidoses and neurodegenerative diseases. The formation of amyloid fibrils is typically initiated by nucleation, whereas its exact mechanisms are largely unknown. With this situation, we have previously identified prefibrillar aggregates in the formation of insulin B chain amyloid fibrils, which have provided an insight into the mechanisms of protein assembly involved in nucleation. Here, we have investigated the formation of insulin B chain amyloid fibrils under different pH conditions to better understand amyloid nucleation mediated by prefibrillar aggregates. The B chain showed strong propensity to form amyloid fibrils over a wide pH range, and prefibrillar aggregates were formed under all examined conditions. In particular, different structures of amyloid fibrils were found at pH 5.2 and pH 8.7, making it possible to compare different pathways. Detailed investigations at pH 5.2 in comparison with those at pH 8.7 have suggested that the evolution of protofibril-like aggregates is a common mechanism. In addition, different processes of evolution of the prefibrillar aggregates have also been identified, suggesting that the nucleation processes diversify depending on the polymorphism of amyloid fibrils.

  MDPI AG, 2022年06月, Molecules, 27(13) (13), 3964 - 3964

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）

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• 人工設計ペプチドによる脂肪分解

  飯田禎弘, 田村厚夫

  2021年06月, バイオインダストリー, 38(6) (6), 1 - 8, 日本語

  [招待有り]

  研究論文（学術雑誌）


• Microenvironment pH-Induced Selective Cell Death for Potential Cancer Therapy Using Nanofibrous Self-Assembly of a Peptide Amphiphile.

  Shota Yamamoto, Kanon Nishimura, Kenta Morita, Sayuki Kanemitsu, Yuki Nishida, Tomoyuki Morimoto, Takashi Aoi, Atsuo Tamura, Tatsuo Maruyama

  Self-assembly of synthetic molecules has been drawing broad attention as a novel emerging approach in drug discovery. Here, we report selective cell death induced by a novel peptide amphiphile that self-assembles to form entangled nanofibers (hydrogel) based on intracellular pH (pHi). We found that a palmitoylated hexapeptide (C16-VVAEEE) formed a hydrogel below pH 7. The formation of the nanofibrous self-assembly was responsive to a small pH change around pH 7. The cytotoxicity of C16-VVAEEE was correlated with pHi of cells. Microscope observation demonstrated the self-assembly of C16-VVAEEE inside HEK293 cells. In vivo experiments revealed that the transcutaneous administration of C16-VVAEEE showed remarkable anti-tumor activity. This study proposes that distinct microenvironment inside living cells can be used as a trigger for the intracellular self-assembly of a peptide amphiphile, which provide a new clue to drug discovery.

  2021年05月, Biomacromolecules, 22(6) (6), 2524 - 2531, 英語, 国際誌

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）

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• Molecular Design of pH-Responsive Helix Peptides That Can Damage Tumor Cells Selectively

  Haruka Sakurai, Kanon Nishimura, Shota Yamamoto, Tatsuo Maruyama, Atsuo Tamura

  American Chemical Society (ACS), 2021年03月, ACS Applied Bio Materials, 4(3) (3), 2442 - 2452, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• Structural Insights into the Inhibition of Amyloid Fibril Formation by Fibrinogen via Interaction with Prefibrillar Intermediates.

  Yamamoto N, Akai T, Inoue R, Sugiyama M, Tamura A, Chatani E

  2019年06月, Biochemistry, 58(24) (24), 2769 - 2781, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• A specific form of prefibrillar aggregates that functions as a precursor of amyloid nucleation.

  Yamamoto N, Tsuhara S, Tamura A, Chatani E

  2018年01月, Scientific reports, 8, 62, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）

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• Broadband Dielectric Spectroscopy on Lysozyme in the Sub-Gigahertz to Terahertz Frequency Regions: Effects of Hydration and Thermal Excitation

  Naoki Yamamoto, Kaoru Ohta, Atsuo Tamura, Keisuke Tominaga

  2016年06月, JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, 120(21) (21), 4743 - 4755, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• テラヘルツ時間領域分光法によるタンパク質低振動ダイナミクスの水和および温度依存性

  山本 直樹, 太田 薫, 田村 厚夫, 富永 圭介

  公益社団法人 応用物理学会, 2016年03月, 応用物理学会学術講演会講演予稿集, 2016.1, 162 - 162, 日本語


• Temperature and Hydration Dependence of Low-Frequency Spectra of Lipid Bilayers Studied by Terahertz Time-Domain Spectroscopy

  Naoki Yamamoto, Tomoyo Andachi, Atsuo Tamura, Keisuke Tominaga

  2015年07月, JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, 119(29) (29), 9359 - 9368, 英語

  [査読有り][招待有り]

  研究論文（学術雑誌）


• Temperature and Hydration Dependence of Low-Frequency Spectra of Lipid Bilayers Studied by Terahertz Time-Domain Spectroscopy

  Naoki Yamamoto, Tomoyo Andachi, Atsuo Tamura, Keisuke Tominaga

  ACS Publications, 2014年12月, J. Phys. Chem.B, 118, 48, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• Designing Cell-Aggregating Peptides without Cytotoxicity

  Naoki Yamamoto, Atsuo Tamura

  2014年02月, BIOMACROMOLECULES, 15(2) (2), 512 - 523, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• Low-frequency Spectra of a Phospholipid Bilayer Studied by Terahertz Time-domain Spectroscopy

  Tomoyo Andachi, Naoki Yamamoto, Atsuo Tamura, Keisuke Tominaga

  2014年01月, JOURNAL OF INFRARED MILLIMETER AND TERAHERTZ WAVES, 35(1) (1), 147 - 157, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• In silico discovery of small-molecule Ras inhibitors that display antitumor activity by blocking the Ras-effector interaction

  Fumi Shima, Yoko Yoshikawa, Min Ye, Mitsugu Araki, Shigeyuki Matsumoto, Jingling Liao, Lizhi Hu, Takeshi Sugimoto, Yuichi Ijiri, Azusa Takeda, Yuko Nishiyama, Chie Sato, Shin Muraoka, Atsuo Tamura, Tsutomu Osoda, Ken-ichiro Tsuda, Tomoya Miyakawa, Hiroaki Fukunishi, Jiro Shimada, Takashi Kumasaka, Masaki Yamamoto, Tohru Kataoka

  2013年05月, PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 110(20) (20), 8182 - 8187, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• 3P054 テラヘルツ時間領域分光法によるトレハロースにコートされたタンパク質の低振動ダイナミクス(01C.蛋白質:物性,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

  Okada Risa, Yamamoto Naoki, Tamura Atsuo, Tominaga Keisuke

  一般社団法人 日本生物物理学会, 2013年, 生物物理, 53(1) (1), S220, 英語


• 1P134 テラヘルツ時間領域分光によるリゾチーム低振動ダイナミクスの温度・水和依存性の観測(07.水・水和/電解質,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

  Yamamoto Naoki, Tamura Atsuo, Tominaga Keisuke

  一般社団法人 日本生物物理学会, 2013年, 生物物理, 53(1) (1), S128, 英語


• Temperature and hydration dependence of low-frequency dynamics of a small globular protein studied by terahertz time-domain spectroscopy

  Naoki Yamamoto, Atsuo Tamura, Keisuke Tominaga

  2013年, International Conference on Infrared, Millimeter, and Terahertz Waves, IRMMW-THz, 英語

  [査読有り]

  研究論文（国際会議プロシーディングス）


• Low-frequency dynamics of proteins and aqueous solutions studied by terahertz time-domain spectroscopy

  Naoki Yamamoto, Akane Ishihara, Azusa Kaneko, Haruka Iguchi, Ohki Kambara, Atsuo Tamura, Keisuke Tominaga

  2013年, ULTRAFAST PHENOMENA AND NANOPHOTONICS XVII, 8623, 英語

  [査読有り]

  研究論文（国際会議プロシーディングス）


• Sub-nanometer-resolution imaging of peptide nanotubes in water using frequency modulation atomic force microscopy

  Tomoki Sugihara, Itsuho Hayashi, Hiroshi Onishi, Kenjiro Kimura, Atsuo Tamura

  Elsevier B.V., 2013年, Chemical Physics, 419, 74 - 77, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• Crystal structures of the state 1 conformations of the GTP-bound H-Ras protein and its oncogenic G12V and Q61L mutants

  Shin Muraoka, Fumi Shima, Mitsugu Araki, Tomoko Inoue, Akiko Yoshimoto, Yuichi Ijiri, Nobuaki Seki, Atsuo Tamura, Takashi Kumasaka, Masaki Yamamoto, Tohru Kataoka

  2012年06月, FEBS LETTERS, 586(12) (12), 1715 - 1718, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• 1E1546 テラヘルツ時間領域分光を用いた天然および変性状態タンパク質における低振動スペクトルの水和および温度依存性の観測(蛋白質-物性I,口頭発表,日本生物物理学会第50回年会(2012年度))

  Yamamoto Naoki, Tamura Atsuo, Tominaga Keisuke

  一般社団法人 日本生物物理学会, 2012年, 生物物理, 52, S28, 英語


• 3PT156 Low-frequency dynamics of phospholipid bilayers studied by terahertz time-domain spectroscopy(The 50th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

  Andachi Tomoyo, Yamamoto Naoki, Tamura Atsuo, Tominaga Keisuke

  一般社団法人 日本生物物理学会, 2012年, 生物物理, 52, S167 - S168, 英語


• Temperature and hydration dependence of low-frequency spectra of poly-L-glutamic acid with different secondary structures studied by terahertz time-domain spectroscopy

  Naoki Yamamoto, Ohki Kambara, Kohji Yamamoto, Atsuo Tamura, Shinji Saito, Keisuke Tominaga

  2012年, SOFT MATTER, 8(6) (6), 1997 - 2006, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• Solution Structure of the State 1 Conformer of GTP-bound H-Ras Protein and Distinct Dynamic Properties between the State 1 and State 2 Conformers

  Mitsugu Araki, Fumi Shima, Yoko Yoshikawa, Shin Muraoka, Yuichi Ijiri, Yuka Nagahara, Tomoya Shirono, Tohru Kataoka, Atsuo Tamura

  2011年11月, JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 286(45) (45), 39644 - 39653, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• Critical Roles of Interactions among Switch I-preceding Residues and between Switch II and Its Neighboring alpha-Helix in Conformational Dynamics of the GTP-bound Ras Family Small GTPases

  Kousuke Matsumoto, Fumi Shima, Shin Muraoka, Mitsugu Araki, Lizhi Hu, Yuichi Ijiri, Rina Hirai, Jingling Liao, Takashi Yoshioka, Takashi Kumasaka, Masaki Yamamoto, Atsuo Tamura, Tohru Kataoka

  2011年04月, JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 286(17) (17), 15403 - 15412, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• 3H1346 テラヘルツ時間領域分光法を用いたミオシンサブフラグメント1における温度および水和量依存性低振動ダイナミクスの測定(3H 蛋白質_物性5,日本生物物理学会第49回年会)

  Yamamoto Naoki, Zhang Feng, Tamura Atsuo, Tominaga Keisuke

  一般社団法人 日本生物物理学会, 2011年, 生物物理, 51, S135, 英語


• Low-frequency dynamics of functional proteins studied by terahertz time-domain spectroscopy

  Naoki Yamamoto, Feng Zhang, Atsuo Tamura, Keisuke Tominaga

  2011年, 2011 36TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON INFRARED, MILLIMETER, AND TERAHERTZ WAVES (IRMMW-THZ), 英語

  [査読有り]

  研究論文（国際会議プロシーディングス）


• Solution Structure of the State 1 Conformation of GTP-bound H-Ras Protein: Implication for the Role of the Conformational Dynamics in Its Signaling Functions

  Mitsugu Araki, Fumi Shima, Yoko Yoshikawa, Shin Muraoka, Yuichi Ijiri, Yuka Nagahara, Tomoya Shirono, Tohru Kataoka, 田村 厚夫

  2011年01月, J. Biol. Chem, 286(45) (45), 39644 - 39653, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• Terahertz Time-Domain Spectroscopy of Poly-L-lysine

  Ohki Kambara, Atsuo Tamura, Takashi Uchino, Kohji Yamamoto, Keisuke Tominaga

  2010年08月, BIOPOLYMERS, 93(8) (8), 735 - 739, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• Structural Basis for Conformational Dynamics of GTP-bound Ras Protein

  Fumi Shima, Yuichi Ijiri, Shin Muraoka, Jingling Liao, Min Ye, Mitsugu Araki, Kousuke Matsumoto, Naoki Yamamoto, Takeshi Sugimoto, Yoko Yoshikawa, Takashi Kumasaka, Masaki Yamamoto, Atsuo Tamura, Tohru Kataoka

  2010年07月, JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 285(29) (29), 22696 - 22705, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• Designed low amphipathic peptides with α-helical propensity exhibiting antimicrobial activity via a lipid domain formation mechanism

  Naoki Yamamoto, 田村 厚夫

  2010年05月, PEPTIDES, 31(5) (5), 794 - 805, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• Helix-Hairpin Transitions of a Designed Peptide Studied by a Generalized-Ensemble Simulation

  Satoru G. Itoh, Atsuo Tamura, Yuko Okamoto

  2010年04月, JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION, 6(4) (4), 979 - 983, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• 3P053 テラヘルツ時間領域分光によるポリグルタミン酸の低振動ダイナミクス(蛋白質-物性(安定性,折れたたみなど),第48回日本生物物理学会年会)

  Yamamoto Naoki, Kambara Ohki, Tamura Atsuo, Tominaga Keisuke

  一般社団法人 日本生物物理学会, 2010年, 生物物理, 50(2) (2), S154, 英語


• Terahertz Time-Domain Spectroscopy on Proteins, Peptides, and Small Biological Molecules

  Ohki Kambara, Azusa Kaneko, Feng Zhang, Atsuo Tamura, Keisuke Tominaga

  2010年, 35TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON INFRARED, MILLIMETER, AND TERAHERTZ WAVES (IRMMW-THZ 2010), 英語

  [査読有り]

  研究論文（国際会議プロシーディングス）


• Solubility-dependent structural formation of a 25-residue, natively unfolded protein, induced by addition of a seven-residue peptide fragment

  Mitsugu Araki, Atsuo Tamura

  2009年04月, FEBS JOURNAL, 276(8) (8), 2336 - 2347, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• Competition between folding, native state dimerisation and amyloid aggregation in β-lactoglobulin

  Daizo Hamada, Toshiki Tanaka, Gian Gaetano Tartaglia, Amol Pawar, Michele Vendruscolo, Mei Kawamura, 田村 厚夫, Naoki Tanaka, Christopher M. Dobson

  2009年02月, J. Mol. Biol., 386(3) (3), 878 - 890, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• 1P-085 膜活性タンパク質の新規設計(膜蛋白質,第47回日本生物物理学会年会)

  Yamamoto Naoki, Tamura Atsuo

  一般社団法人 日本生物物理学会, 2009年, 生物物理, 49, S76 - S77, 英語


• Two conformational states of Ras GTPase exhibit differential GTP-binding kinetics

  Jingling Liao, Fumi Shima, Mitsugu Araki, Min Ye, Shin Muraoka, Takeshi Sugimoto, Mei Kawamura, Naoki Yamamoto, Atsuo Tamura, Tohru Kataoka

  2008年05月, BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 369(2) (2), 327 - 332, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• NMR based structure-activity relationship analysis of an antimicrobial peptide, thanatin, engineered by site-specific chemical modification: Activity improvement and spectrum alteration

  Tomohiro Imamura, Naoki Yamamoto, Atsuo Tamura, Shinji Murabayashi, Shigeki Hashimoto, Hiroaki Shimada, Selichi Taguchi

  2008年05月, BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 369(2) (2), 609 - 615, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• 3P-040 抗菌ペプチドデザインの際に鍵となる因子の探索(蛋白質・機能,第46回日本生物物理学会年会)

  Yamamoto Naoki, Tamura Atsuo

  一般社団法人 日本生物物理学会, 2008年, 生物物理, 48, S133, 英語


• Structural changes of poly-L-lysine in solution and lyophilized form

  Ohki Kambara, Atsuo Tamura, Akira Naito, Keisuke Tominaga

  2008年, PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS, 10(33) (33), 5042 - 5044, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• Transformation of an alpha-helix peptide into a beta-hairpin induced by addition of a fragment results in creation of a coexisting state

  Mitsugu Araki, Atsuo Tamura

  2007年03月, PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS, 66(4) (4), 860 - 868, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• 3P013 金属イオン結合性ペプチドナノチューブのデザイン(蛋白質(構造・構造機能相関),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)

  木戸脇 彩, 田村 厚夫

  一般社団法人 日本生物物理学会, 2007年, 生物物理, 47, S206, 英語


• 3P025 凍結乾燥状態におけるpoly-L-lysineの低振動スペクトルとその二次構造(ヘム蛋白質、電子状態、蛋白質(構造・構造機能相関,口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)

  神原 大, 田村 厚夫, 内藤 晶, 内野 隆司, 富永 圭介

  一般社団法人 日本生物物理学会, 2007年, 生物物理, 47, S209, 英語


• 1P025 立体構造変化に伴い機能発現する抗菌ペプチドの設計(蛋白質(構造・構造機能相関),口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)

  山本 直樹, 田村 厚夫

  一般社団法人 日本生物物理学会, 2007年, 生物物理, 47, S29, 英語


• Characterization of heme-coordinating histidyl residues of cytochrome b(5) based on the reactivity with diethylpyrocarbonate: A mechanism for the opening of axial imidazole rings

  Nobuyuki Nakanishi, Fusako Takeuchi, Hidetsugu Okamoto, Atsuo Tamura, Hiroshi Hori, Motonari Tsubaki

  2006年10月, JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, 140(4) (4), 561 - 571, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• Terahertz time-domain spectroscopy of amino acids and polypeptides

  K Yamamoto, K Tominaga, H Sasakawa, A Tamura, H Murakami, H Ohtake, N Sarukura

  2005年09月, BIOPHYSICAL JOURNAL, 89(3) (3), L22 - L24, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• Crystal structure of M-Ras reveals a GTP-bound "off" state conformation of Ras family small GTPases

  M Ye, F Shima, S Muraoka, JL Liao, H Okamoto, M Yamamoto, A Tamura, N Yagi, T Ueki, T Kataoka

  2005年09月, JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 280(35) (35), 31267 - 31275, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• Formation of morphologically similar globular aggregates from diverse aggregation-prone proteins in mammalian cells

  H Mukai, T Isagawa, E Goyama, S Tanaka, NF Bence, A Tamura, Y Ono, RR Kopito

  2005年08月, PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 102(31) (31), 10887 - 10892, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• Guiding the search for a protein's maximum rate of folding

  YJ Zhu, XR Fu, T Wang, A Tamura, S Takada, JG Savan, F Gai

  2004年12月, CHEMICAL PHYSICS, 307(2-3) (2-3), 99 - 109, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• Mapping the position of the transition state in the folding of a small α/β protein, POIA1

  Shuhei Tanaka, Shuichi Kojima, 田村 厚夫

  2004年12月, Chemical Physics, 307(2-3) (2-3), 233 - 242, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• Key elements for protein foldability revealed by a combinatorial approach among similarly folded but distantly related proteins

  S Morimoto, A Tamura

  2004年06月, BIOCHEMISTRY, 43(21) (21), 6596 - 6605, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• 2P086 シトクロムb5のDEPC処理によって明らかにされたアスコルビン酸依存性シトクロムb561の還元機構(ヘム蛋白質)

  中西 伸行, 武内 総子, 堀 洋, 岡本 英嗣, 田村 厚夫, 鍔木 基成

  一般社団法人 日本生物物理学会, 2004年, 生物物理, 44, S131, 日本語


• 3P109 単層βシートに基づく安定なβシートペプチドのデザイン(蛋白質 F) 蛋白質工学/進化工学)

  岡本 英嗣, 笹川 拡明, 中川 とも子, 田村 厚夫

  一般社団法人 日本生物物理学会, 2004年, 生物物理, 44, S217, 日本語


• Structural characterization of fibrillar aggregates of proteins by mass spectroscopy

  YONEHARA Kumiko, TAMURA Atsuo

  Fibrillar aggregates observed in vivo and in vitro are part of "abnormal" structures of proteins. Since many proteins are capable of forming such fibrillar aggregates that share characteristics of the cross-β structure at an atomic level, we consider the fibril structure as one of general states of proteins. It is thus profoundly important to reveal the fibril structure and mechanism of its formation. To this end, mass spectrometry is used as an essential tool by making full use of the inherent sensitivity and high information content. Especially, combination of proteolysis and mass spectrometry is a powerful technique to characterize structural features of the aggregated state of proteins. By identifying fragments produced in the course of proteolysis, it is possible to discern differences in local stability within the analyzed protein and to reconstruct the structure of the mature fibril. In this review, we explain several useful methods to characterize fibrillar aggregates by the combined use of proteolysis and mass spectrometry.

  The Mass Spectrometry Society of Japan, 2004年, J. Mass Spectrom. Soc. Jpn., 52(3) (3), 102 - 105, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• De novo design of foldable proteins with smooth folding funnel: Automated negative design and experimental verification

  WZ Jin, O Kambara, H Sasakawa, A Tamura, S Takada

  2003年05月, STRUCTURE, 11(5) (5), 581 - 590, 英語

  研究論文（学術雑誌）


• 単層シートを基としたβ-sheet構造を持つペプチドのデザイン

  笹川 拡明, 中川 とも子, 岡本 英嗣, 田村 厚夫

  一般社団法人 日本生物物理学会, 2003年, 生物物理, 43, S77, 日本語


• Calorimetric dissection of thermal unfolding of OspA, a predominantly β-sheet protein containing a single-layer β-sheet

  Tomoko Nakagawa, Hirotaka Shimizu, Karl Link, Akiko Koide, Shohei Koide, 田村 厚夫

  2002年11月, J. Mol. Biol., 323(4) (4), 751 - 762, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• Far-infrared absorption measurements of polypeptides and cytochrome c by THz radiation

  K Yamamoto, K Tominaga, H Sasakawa, A Tamura, H Murakami, H Ohtake, N Sarukura

  2002年05月, BULLETIN OF THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN, 75(5) (5), 1083 - 1092, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• Structure of POIA1, a homologous protein to the propeptide of subtilisin: Implication for protein foldability and the function as an intramolecular chaperone

  H Sasakawa, S Yoshinaga, S Kojima, A Tamura

  2002年03月, JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 317(1) (1), 159 - 167, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• 1L1330 活性型subtilisin生成過程におけるpropeptide機能領域の同定(1.蛋白質(D)機能,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)

  森本 さゆり, 田村 厚夫

  一般社団法人 日本生物物理学会, 2002年, 生物物理, 42(2) (2), S69, 日本語


• Formation of the single-layer β-sheet of Borrelia burgdorferi OspA in the absence of a cappping globular domain

  Xiaolin Huang, Tomoko Nakagawa, 田村 厚夫, Karl Link, Akiko Koide, Shohei Koide

  2001年04月, J. Mol. Biol., 308(2) (2), 367 - 375, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• 1P054タンパク質のde novoデザイン-3 helix bundleの場合 : (I)エネルギーランドスケープ理論による配列設計

  金 文珍, 神原 大, 田村 厚夫, 高田 彰二

  一般社団法人 日本生物物理学会, 2001年, 生物物理, 41, S46, 日本語


• Application of THz radiation to far-infrared absorption measurements of biopolymers

  K Yamamoto, K Tominaga, H Sasakawa, A Tamura, H Murakami, H Ohtake, N Sarukura

  2001年, CLEO(R)/PACIFIC RIM 2001, VOL II, TECHNICAL DIGEST, 200 - 201, 英語

  研究論文（国際会議プロシーディングス）


• Secondary structures and structural fluctuation in a dimeric protein, Streptomyces subtilisin inhibitor

  H Sasakawa, A Tamura, S Fujimaki, S Taguchi, K Akasaka

  1999年11月, JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, 126(5) (5), 859 - 865, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• Backbone H-1, C-13, and N-15 resonance assignments of Streptomyces subtilisin inhibitor

  H Sasakawa, A Tamura, K Akasaka, S Taguchi, Y Miyake, M Kainosho

  1999年07月, JOURNAL OF BIOMOLECULAR NMR, 14(3) (3), 285 - 286, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• Multi-step denaturation of Borrelia burgdorferi OspA, a protein containing a single-layer -sheet

  Shohei Koide, Zimei Bu, Dipesh Risal, Thuy-Nga Pham, Tomoko Nakagawa, 田村 厚夫, Donald M. Engelman

  1999年04月, Biochemistry, 38(15) (15), 4757 - 4767, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• 2PA012 プロテアーゼインヒビターPOIA1の溶液内立体構造

  吉永 壮佐, 笹川 拡明, 田村 厚夫, 赤坂 一之, 小島 修一, 三浦 謹一郎

  一般社団法人 日本生物物理学会, 1999年, 生物物理, 39, S103, 日本語


• 3PA057 Outer surface protein A (OspA)の多段階変性

  中川 とも子, 田村 厚夫, 赤坂 一之, 小出 昌平, Huang Xiaolin, Link Karal, 小出 明子

  一般社団法人 日本生物物理学会, 1999年, 生物物理, 39, S163, 日本語


• Mutational effects on cold denaturation and hydration of a protein, Streptomyces subtilisin inhibitor

  A Tamura

  1998年01月, THERMOCHIMICA ACTA, 308(1-2) (1-2), 35 - 40, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• The entropy cost of protein association

  A Tamura, PL Privalov

  1997年11月, JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 273(5) (5), 1048 - 1060, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• Dynamics of the three methionyl side chains of Streptomyces subtilisin inhibitor. Deuterium NMR studies in solution and in the solid state

  A Tamura, M Matsushita, A Naito, S Kojima, KI Miura, K Akasaka

  1996年01月, PROTEIN SCIENCE, 5(1) (1), 127 - 139, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• A thermodynamic study of mutant forms of Streptomyces subtilisin inhibitor. II. Replacements at the interface of dimer formation, Val13

  Atsuo Tamura, Shuichi Kojima, Kin-Ichiro Miura, Julian M. Sturtevant

  1995年06月, Journal of Molecular Biology, 249(3) (3), 636 - 645, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• A THERMODYNAMIC STUDY OF MUTANT FORMS OF STREPTOMYCES SUBTILISIN INHIBITOR .3. REPLACEMENTS OF A HYPER-EXPOSED RESIDUE, MET73

  A TAMURA, JM STURTEVANT

  1995年06月, JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 249(3) (3), 646 - 653, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• A THERMODYNAMIC STUDY OF MUTANT FORMS OF STREPTOMYCES SUBTILISIN INHIBITOR .1. HYDROPHOBIC REPLACEMENTS AT THE POSITION OF METL03

  A TAMURA, JM STURTEVANT

  1995年06月, JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 249(3) (3), 625 - 635, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• A THERMODYNAMIC STUDY OF MUTANT FORMS OF STREPTOMYCES SUBTILISIN INHIBITOR .2. REPLACEMENTS AT THE INTERFACE OF DIMER FORMATION, VAL13

  A TAMURA, S KOJIMA, KI MIURA, JM STURTEVANT

  1995年06月, JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 249(3) (3), 636 - 645, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• SIGNIFICANT DISCREPANCIES BETWEEN VANT HOFF AND CALORIMETRIC ENTHALPIES

  H NAGHIBI, A TAMURA, JM STURTEVANT

  1995年06月, PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 92(12) (12), 5597 - 5599, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• タンパク質低温変性の熱力学

  田村 厚夫

  1995年, 熱測定, 22, 186 - 189, 日本語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• タンパク質の低温変性

  田村 厚夫

  It has been known that proteins can be denatured not only by increasing the temperature but also by decreasing it. The latter phenomenon, which is normally called "cold denaturation", shows common features of protein unfolding as well as characteristics that are specific to each protein.

  一般社団法人日本生物物理学会, 1995年, 生物物理, 35(1) (1), 40 - 43, 日本語

  [査読有り][招待有り]

  研究論文（学術雑誌）


• EFFECT OF AN INTERSUBUNIT DISULFIDE BOND ON THE STABILITY OF STREPTOMYCES SUBTILISIN INHIBITOR

  A TAMURA, S KOJIMA, K MIURA, JM STURTEVANT

  1994年12月, BIOCHEMISTRY, 33(48) (48), 14512 - 14520, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• QUANTITATIVE-EVALUATION OF WATER-CONTENT IN A SOLID PROTEIN BY DEUTERIUM NMR

  A TAMURA, K AKASAKA

  1992年02月, BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA, 1119(2) (2), 178 - 184, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• STRUCTURE OF THE ACTIVE 27-RESIDUE FRAGMENT OF HUMAN CALPASTATIN

  R ISHIMA, A TAMURA, K AKASAKA, K HAMAGUCHI, K MAKINO, T MURACHI, M HATANAKA, M MAKI

  1991年12月, FEBS LETTERS, 294(1-2) (1-2), 64 - 66, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• COLD DENATURATION AND HEAT DENATURATION OF STREPTOMYCES SUBTILISIN INHIBITOR .2. H-1-NMR STUDIES

  A TAMURA, K KIMURA, K AKASAKA

  1991年11月, BIOCHEMISTRY, 30(47) (47), 11313 - 11320, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• COLD DENATURATION AND HEAT DENATURATION OF STREPTOMYCES SUBTILISIN INHIBITOR .1. CD AND DSC STUDIES

  A TAMURA, K KIMURA, H TAKAHARA, K AKASAKA

  1991年11月, BIOCHEMISTRY, 30(47) (47), 11307 - 11313, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• MECHANISMS OF TEMPORARY INHIBITION IN STREPTOMYCES SUBTILISIN INHIBITOR INDUCED BY AN AMINO-ACID SUBSTITUTION, TRYPTOPHAN-86 REPLACED BY HISTIDINE

  A TAMURA, K KANAORI, S KOJIMA, KUMAGAI, I, K MIURA, K AKASAKA

  1991年05月, BIOCHEMISTRY, 30(21) (21), 5275 - 5286, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• INTERNAL MOTION OF A TRYPTOPHAN RESIDUE IN STREPTOMYCES SUBTILISIN INHIBITOR - DEUTERIUM NUCLEAR MAGNETIC-RESONANCE IN SOLUTION

  K AKASAKA, T INOUE, A TAMURA, H WATARI, K ABE, M KAINOSHO

  1988年, PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND GENETICS, 4(2) (2), 131 - 136, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）


• PROTON NUCLEAR-MAGNETIC-RESONANCE STUDY ON THE SOLUTION CONFORMATION OF HUMAN EPIDERMAL GROWTH-FACTOR

  K MAKINO, M MORIMOTO, M NISHI, S SAKAMOTO, A TAMURA, H INOOKA, K AKASAKA

  1987年11月, PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 84(22) (22), 7841 - 7845, 英語

  [査読有り]

  研究論文（学術雑誌）

• アミロイド核形成メカニズムの解明を目指した核形成中間体の捕捉と構造解析

  吉川祐樹, 山本直樹, 井上倫太郎, 守島健, 杉山正明, 田村厚夫, 茶谷絵理

  2020年, KURNS-EKR (Web), (6) (6)


• フィブリノーゲンによるインスリンB鎖アミロイド線維の形成阻害

  茶谷絵理, 山本直樹, 赤井大気, 井上倫太郎, 杉山正明, 田村厚夫

  2019年, KURNS-EKR (Web), (3) (3)


• タンパク質の動的挙動に及ぼす水和および熱活性の影響；広帯域誘電分光法による観測

  YAMAMOTO Naoki, OHTA Kaoru, TAMURA Atsuo, TOMINAGA Keisuke

  応用物理学会, 2016年, 応用物理, 85(8) (8), 689 - 692, 日本語

  [査読有り]

  記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）


• 3Fa04 部位特異的化学修飾された抗菌ペプチドThanatinのNMR構造解析と抗菌活性との関係(ペプチド工学・プロテオーム,一般講演)

  折笠 善丈, 今村 智弘, 山本 直樹, 田村 厚夫, 橋本 茂樹, 島田 浩章, 田口 精一

  日本生物工学会, 2008年, 日本生物工学会大会講演要旨集, 20, 167 - 167, 日本語


• Functional tolerance of Streptomyces subtilisin inhibitor toward conformational and stability changes caused by single-point mutations in the hydrophobic core

  M Oda, A Tamura, K Kanaori, S Kojima, K Miura, K Momma, B Tonomura, K Akasaka

  2002年12月, JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, 132(6) (6), 991 - 995, 英語


• 生体高分子の遠赤外吸収スペクトルにおけるパワー則

  山本晃司, 富永圭介, 笹川拡明, 田村厚夫, 村上英利, 大竹秀幸, 猿倉信彦

  2001年09月24日, 分子構造総合討論会講演要旨集, 2001, 250, 日本語


• テラヘルツ電磁波を利用した遠赤外吸収測定 生体高分子への応用

  山本晃司, 富永圭介, 笹川拡明, 田村厚夫, 村上英利, 大竹秀幸, 猿倉信彦

  2000年09月27日, 分子構造総合討論会講演要旨集, 2000, 279, 日本語


• 1A1445 テラヘルツ電磁波を用いた遠赤外吸収分光によるタンパク質の低振動モードの追跡

  山本 晃司, 富永 圭介, 笹川 拡明, 田村 厚夫, 村上 英利, 大竹 秀幸, 猿倉 信彦

  一般社団法人 日本生物物理学会, 2000年, 生物物理, 40(0) (0), S9, 日本語


• SSIの低温変性構造のキャラクタリゼーション

  笹川 拡明, 北脇 晶子, 中川 とも子, 田村 厚夫, 赤坂 一之

  一般社団法人日本生物物理学会, 1997年10月, 生物物理, 37, S106, 日本語


• SSIの低温変性構造の形成過程

  竹下 陽子, 藤巻 慎一, 笹川 拡明, 田村 厚夫, 赤坂 一之

  一般社団法人日本生物物理学会, 1997年10月, 生物物理, 37, S105, 日本語


• FUNCTIONAL STRUCTURE OF PROTEASE INHIBITOR - STRUCTURAL REQUIREMENTS IN SSI FOR ITS INHIBITORY-ACTION

  S KOJIMA, A TAMURA, KUMAGAI, I, K AKASAKA, K MIURA

  1994年09月, PROTEIN ENGINEERING, 7(9) (9), 1156 - 1157, 英語

  研究発表ペーパー・要旨（国際会議）


• INTERACTION OF SUBTILISIN BPN' AND RECOMBINANT STREPTOMYCES SUBTILISIN INHIBITORS WITH SUBSTITUTED-P(1) SITE RESIDUES

  K MASUDAMOMMA, T HATANAKA, K INOUYE, K KANAORI, A TAMURA, K AKASAKA, S KOJIMA, KUMAGAI, I, K MIURA, B TONOMURA

  1993年10月, JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, 114(4) (4), 553 - 559, 英語

• 微生物機能を活用したレアメタル・貴金属リサイクル

  田村 厚夫, 飯田 禎弘

  分担執筆, 人工設計ペプチドを用いたレアメタルの選択回収, シーエムシー・リサーチ, 2024年03月, ISBN: 9784910581507


• 熱量測定・熱分析ハンドブック 第3版

  田村厚夫

  分担執筆, タンパク質の低温変性, 丸善出版, 2020年08月


• ペプチド医薬品のスクリーニング・安定化・製剤化技術

  田村 厚夫

  その他, 技術情報協会, 2017年12月, 日本語

  学術書


• バイオベース資源確保戦略 –都市鉱山・海底鉱山に眠る貴金属・レアメタル等の 分離・回収技術-

  田村 厚夫

  その他, シーエムシー出版, 2015年07月, 日本語, 選択的レアメタル/アース回収能を持った人工設計ペプチドの創製

  学術書


• Temperature and hydration dependence of low-frequency dynamics of two muscle proteins studied by terahertz time-domain spectroscopy

  Naoki Yamamoto, Feng Zhang, Atsuo Tamura, 富永 圭介

  その他, Proceedings of 3rd International THz-Bio Workshop, 2012年, 英語

  学術書


• Low-frequency dynamics of functional proteins studied by terahertz time-domain spectroscopy

  Naoki Yamamoto, Feng Zhang, Atsuo Tamura, 富永 圭介

  その他, Proceedings of the conference IRMMW-THz 2011, 2011年, 英語

  学術書


• 「タンパク質フォールディングの新旧視点」低温変性とタンパク質の低温でのフォールディング

  田村 厚夫

  Elsevier, Amsterdam, 1999年


• Cold denaturation and folding/unfolding of a protein at low temperature in “Old and New Views of Protein Folding”

  TAMURA Atsuo

  共著, Elsevier; Amsterdam, 1999年, 英語

  学術書

• 人工設計ペプチドナノファイバーの構造・熱力学的解析

  黒川南, 田村厚夫

  バイオインタラクション研究会第11回ワークショップ(オンライン), 2020年11月, 日本語, 京都, 日本国, 国内会議

  [招待有り]

  シンポジウム・ワークショップパネル（指名）


• Secondary structure transformation of artificially designed peptide nanofibers

  Minami Kurokawa, Mika Hirose, Kodai Kawamoto, Atsuo Tamura

  第58回日本生物物理学会年会, 2020年09月, 英語, Web上での発表, 国内会議

  口頭発表（一般）


• Design of cyclic and linear peptides interacting with transition metal ions

  森下梨佳子, 田村厚夫

  第58回日本生物物理学会年会, 2020年09月, 日本語, Web上での発表, 国内会議

  ポスター発表


• 腫瘍細胞破壊能を有するpH応答性人工設計ペプチド

  櫻井遥, 西村香音, 山本翔太, 丸山達夫, 田村厚夫

  若手フロンティア研究会2019, 2019年12月, 日本語

  ポスター発表


• 亜鉛結合能を持つペプチドの人工設計

  本多紘, 田村厚夫

  若手フロンティア研究会2019, 2019年12月, 日本語

  ポスター発表


• 遷移金属イオンと相互作用する環状及び鎖状ペプチドの設計

  森下梨佳子, 田村厚夫

  若手フロンティア研究会2019, 2019年12月, 日本語

  ポスター発表


• 構造転移能を有するペプチドナノファイバーの人工設計

  黒川南, 田村厚夫

  若手フロンティア研究会2019, 2019年12月, 日本語

  ポスター発表


• 人工設計ペプチドによる繊維状ナノ構造体の形成

  黒川南, 田村厚夫

  第10回サイエンスフロンティア研究発表会, 2019年10月, 日本語

  ポスター発表


• Artificially designed pH-responsive α helical peptides that damage tumor cells selectively

  Haruka Sakurai, Kanon Nishimura, Shota Yamamoto, Tatsuo Maruyama, Atsuo Tamura

  第56回ペプチド討論会, 2019年10月, 英語

  ポスター発表


• アミロイドベータタンパク質を分解する人工設計ペプチドの設計

  飯田禎弘, 田村厚夫

  第57回日本生物物理学会年会, 2019年09月, 日本語

  ポスター発表


• 種々の脂質に対するpH 応答性ヘリックス型人工設計ペプチドの膜破壊能の評価

  櫻井 遥, 田村 厚夫

  第19回日本蛋白質科学会年会･第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会, 2019年06月, 日本語, 神戸国際会議場, 国内会議

  ポスター発表


• Trapping and structural analysis of nucleation intermediates aimed at clarifying amyloid nucleation mechanisms

  吉川 祐樹, 山本 直樹, 井上 倫太郎, 杉山 正明, 田村 厚夫, 茶谷 絵理

  第19回日本蛋白質科学会年会･第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会, 2019年06月, 英語, 神戸国際会議場, 国内会議

  ポスター発表


• Molecular design of peptide enzymes intended to form fibers

  永瀬 陽望, 田村 厚夫

  第19回日本蛋白質科学会年会･第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会, 2019年06月, 英語, 神戸国際会議場, 国内会議

  ポスター発表


• Designing an α-helical peptide nanofiber with α-β conformational switching ability

  黒川 南, 田村 厚夫

  第19回日本蛋白質科学会年会･第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会, 2019年06月, 英語, 神戸国際会議場, 国内会議

  ポスター発表


• Artificially designed peptides that bind rare metals selectively

  飯田 禎弘, 田村

  第19回日本蛋白質科学会年会･第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会, 2019年06月, 英語, 神戸国際会議場, 国内会議

  ポスター発表


• 人工設計ペプチドによるナノファイバーの形成とその構造制御（口頭）

  黒川 南, 田村 厚夫

  第66回 日本生化学会 近畿支部例会, 2019年05月, 日本語, 京都大学宇治キャンパス, 国内会議

  口頭発表（一般）


• 人工設計ペプチドによるナノファイバーの形成とその構造制御（ポスター）

  黒川 南, 田村 厚夫

  第66回 日本生化学会 近畿支部例会, 2019年05月, 日本語, 京都大学宇治キャンパス, 国内会議

  ポスター発表


• EF-handモチーフを導入したカルシウム結合型ペプチドの設計とそのナノファイバー化（口頭）

  森下 梨佳子, 廣瀬 未果, 川本 晃大, 岩崎 憲治, 田村 厚夫

  第66回 日本生化学会 近畿支部例会, 2019年05月, 日本語, 京都大学宇治キャンパス, 国内会議

  口頭発表（一般）


• EF-handモチーフを導入したカルシウム結合型ペプチドの設計とそのナノファイバー化（ポスター）

  森下 梨佳子, 廣瀬 未果, 川本 晃大, 岩崎 憲治, 田村 厚夫

  第66回 日本生化学会 近畿支部例会, 2019年05月, 日本語, 京都大学宇治キャンパス, 国内会議

  ポスター発表


• フィブリノーゲンによるインスリンB鎖アミロイド線維の形成阻害

  茶谷 絵理, 山本 直樹, 赤井 大気, 井上 倫太郎, 杉山 正明, 田村 厚夫

  京都大学複合原子力科学研究所 第53回学術講演会プログラム, 2019年02月, 日本語, 京都大学複合原子力科学研究所, 国内会議

  ポスター発表


• ナノファイバー形成能を有するペプチド酵素の分子設計

  永瀬 陽望, 田村 厚夫

  非共有結合系の分子科学：計測技術から探る生体分子科学の新展開/研究プロジェクト「非共有結合系分子科学研究」, 2019年01月, 日本語, 神戸大学 理学部Z201・Z202号室, 国内会議

  ポスター発表


• Structural Characterization of Amyloid Nucleation Intermediates of Insulin B Chain

  ○Yuhki Yoshikawa, Naoki Yamamoto, Atsuo Tamura, Eri Chatani

  非共有結合系の分子科学：計測技術から探る生体分子科学の新展開/研究プロジェクト「非共有結合系分子科学研究」, 2019年01月, 英語, 神戸大学 理学部Z201・Z202号室, 国内会議

  ポスター発表


• pH変化に応じて膜破壊能を持つヘリックス型ペプチドの分子設計

  櫻井 遥, 田村 厚夫

  非共有結合系の分子科学：計測技術から探る生体分子科学の新展開/研究プロジェクト「非共有結合系分子科学研究」, 2019年01月, 日本語, 神戸大学 理学部Z201・Z202号室, 国内会議

  ポスター発表


• ナノファイバー形成による人工酵素ペプチドの高機能化

  永瀬 陽望, 田村 厚夫

  神戸大学 研究基盤センター 若手フロンティア研究会, 2018年12月, 日本語, 神戸大学百年記念館, 国内会議

  ポスター発表


• カルシウムイオン結合能及びナノファイバー形成能を有するペプチド設計

  滝田 茉央, 廣瀬 未果, 川本 晃大, 岩崎 憲治, 田村 厚夫

  神戸大学 研究基盤センター 若手フロンティア研究会, 2018年12月, 日本語, 神戸大学百年記念館, 国内会議

  ポスター発表


• アミロイド核形成メカニズムの解明を目指した核形成中間体の捕捉および構造解析

  吉川 祐樹, 山本 直樹, 田村 厚夫, 茶谷 絵理

  神戸大学 研究基盤センター 若手フロンティア研究会, 2018年12月, 日本語, 神戸大学百年記念館, 国内会議

  ポスター発表


• pH応答性膜破壊能を有するヘリックス型設計ペプチド

  櫻井 遥, 田村 厚夫

  神戸大学 研究基盤センター 若手フロンティア研究会, 2018年12月, 日本語, 神戸大学百年記念館, 国内会議

  ポスター発表


• Structural comparison of amyloid nucleation intermediates of insulin B chain formed at different pHs

  ○Yuhki Yoshikawa, Naoki Yamamoto, Atsuo Tamura, Eri Chatani

  第56回日本生物物理学会年会, 2018年09月, 英語, 岡山大学 津島キャンパス, 国内会議

  ポスター発表


• pH変化に応じて膜破壊能を持つヘリックス型人工設計ペプチド (口頭)

  櫻井 遥, 田村 厚夫

  第91回日本生化学会大会, 2018年09月, 日本語, 国立京都国際会館, 国内会議

  口頭発表（一般）


• pH変化に応じて膜破壊能を持つヘリックス型人工設計ペプチド (ポスター)

  櫻井 遥, 田村 厚夫

  第91回日本生化学会大会, 2018年09月, 日本語, 国立京都国際会館, 国内会議

  ポスター発表


• Investigation of multi-step nucleation of insulin B chain amyloid fibrils and its inhibition

  Naoki Yamamoto, Taiki Akai, Shoko Tsuhara, Rintaro Inoue, Masaaki Sugiyama, Atsuo Tamura, ○Eri Chatani

  第56回日本生物物理学会年会, 2018年09月, 英語, 岡山大学 津島キャンパス, 国内会議

  口頭発表（一般）


• 様々なpHにおけるインスリンB鎖のアミロイド核形成反応中間体の観察

  吉川 祐樹, 山本 直樹, 田村 厚夫, 茶谷 絵理

  第18回日本蛋白質科学会 ワークショップ「分子夾雑の蛋白質科学」, 2018年06月, 日本語, 朱鷺メッセ, 国内会議

  ポスター発表


• 様々なpHにおけるインスリンB鎖のアミロイド核形成反応中間体の観察

  吉川 祐樹, 山本 直樹, 田村 厚夫, 茶谷 絵理

  第18回日本蛋白質科学会, 2018年06月, 日本語, 朱鷺メッセ, 国内会議

  ポスター発表


• タンパク質の広帯域誘電分光；水和水ダイナミクスおよびその熱活性の検証

  山本 直樹, 伊藤 奨太, 太田 薫, 中西 真大, 田村 厚夫, 井上 圭一, 神取 秀樹, 茶谷 絵理, 富永 圭介

  第18回日本蛋白質科学会 ワークショップ「分子夾雑の蛋白質科学」, 2018年06月, 日本語, 朱鷺メッセ, 国内会議

  ポスター発表


• タンパク質の広帯域誘電分光；水和水ダイナミクスおよびその熱活性の検証

  山本 直樹, 伊藤 奨太, 太田 薫, 中西 真大, 田村 厚夫, 井上 圭一, 神取 秀樹, 茶谷 絵理, 富永 圭介

  第18回日本蛋白質科学会, 2018年06月, 日本語, 朱鷺メッセ, 国内会議

  ポスター発表


• 活性部位をbヘアピンに組み込んだミニチュア酵素の分子設計

  永瀬 陽望, 田村 厚夫

  第65回日本生化学会 近畿支部例会, 2018年05月, 日本語, 兵庫医科大学 教育研究棟, 国内会議

  口頭発表（一般）


• カルシウムイオン結合能及びナノファイバー形成能を有するペプチドの分子設計

  滝田 茉央, 田村 厚夫

  第65回日本生化学会 近畿支部例会, 2018年05月, 日本語, 兵庫医科大学 教育研究棟, 国内会議

  口頭発表（一般）


• pH応答性構造転移能および膜破壊能を有するペプチドの分子設計

  櫻井 遥, 田村 厚夫

  第65回日本生化学会 近畿支部例会, 2018年05月, 日本語, 兵庫医科大学 教育研究棟, 国内会議

  口頭発表（一般）


• Characterization and stabilization of prefibrillar aggregate of insulin B chain for inhibition of amyloid fibril formation

  ○Naoki Yamamoto, Taiki Akai, Shoko Tsuhara, Atsuo Tamura, Rintaro Inoue, Masaaki Sugiyama, Eri Chatani

  新学術領域「動的秩序と機能」第6回国際シンポジウム, 2018年01月, 英語, TKP浜松アクトタワーカンファレンスセンター, 国内会議

  ポスター発表


• 炭酸カルシウム結晶制御を目指したカルシウムイオンと結合する自己集合型ペプチドの分子設計

  滝田 茉央, 田村 厚夫

  神戸大学 研究基盤センター 若手フロンティア研究会2017, 2017年12月, 日本語, 神戸大学, 国内会議

  ポスター発表


• 耐熱性α-ヘリックス型ペプチドナノファイバーの人工設計

  大津 知也, 田村 厚夫

  2017年度生命科学系学会合同年次大会, 2017年12月, 日本語, 神戸ポートアイランド, 国内会議

  ポスター発表


• カルシウムイオンとの結合能を持った自己集合型ペプチドの分子設計(口頭)

  滝田 茉央, 田村 厚夫

  2017年度生命科学系学会合同年次大会, 2017年12月, 日本語, 神戸ポートアイランド, 国内会議

  口頭発表（一般）


• カルシウムイオンとの結合能を持った自己集合型ペプチドの分子設計(ポスター)

  滝田 茉央, 田村 厚夫

  2017年度生命科学系学会合同年次大会, 2017年12月, 日本語, 神戸ポートアイランド, 国内会議

  ポスター発表


• アミロイド分解能を有する人工ペプチドの設計

  飯田 禎弘, 田村 厚夫

  第55回日本生物物理学会年会, 2017年09月, 日本語, 熊本大学 黒髪北地区, 国内会議

  口頭発表（一般）


• アミロイド核前駆体として機能する前駆中間凝集体のキャラクタリゼーション

  山本 直樹, 津原 祥子, 田村 厚夫, 茶谷 絵理

  第55回日本生物物理学会年会, 2017年09月, 日本語, 熊本大学 黒髪北地区, 国内会議

  口頭発表（一般）


• 超音波照射によるインスリンB 鎖アミロイド前駆中間体の線維化誘導

  山本 直樹, 津原 祥子, 田村 厚夫, 茶谷 絵理

  第17回日本蛋白質科学会年会, 2017年06月, 日本語, 仙台国際センター, 国内会議

  ポスター発表


• アミロイド線維を分解する人工設計ペプチド

  飯田 禎弘, 田村 厚夫

  第17回日本蛋白質科学会年会, 2017年06月, 英語, 仙台国際センター, 国内会議

  ポスター発表


• 耐熱性ナノファイバーを形成する両親媒性ヘリックスペプチドの分子設計

  大津 知也, 田村 厚夫

  第64回日本生化学会近畿支部例会, 2017年05月, 日本語, 大阪大学豊中キャンパス, 国内会議

  口頭発表（一般）


• カルシウムイオンと結合する自己集合型ペプチドの設計

  滝田 茉央, 田村 厚夫

  第64回日本生化学会近畿支部例会, 2017年05月, 日本語, 大阪大学豊中キャンパス, 国内会議

  口頭発表（一般）


• Role of prefibrillar intermediates of insulin B chain in its amyloid fibril formation

  ○Naoki Yamamoto, Shoko Tsuhara, Atsuo Tamura, Eri Chatani

  新学術領域「動的秩序と機能」第5回国際シンポジウム, 2017年01月, 英語, 東京大学駒場キャンパス, 国際会議

  ポスター発表


• Protein Hydration Dynamics Studied by Broadband Dielectric Spectroscopy

  ○Naoki Yamamoto, Shota Ito, Kaoru Ohta, Atsuo Tamura, Eri Chatani, Hideki Kandori, Keisuke Tominaga

  Japan-Taiwan Medical Spectroscopy International Symposium, 2016年12月, 英語, 淡路夢舞台国際会議場, 国際会議

  口頭発表（一般）


• Design of peptides that specifically bind to the rare metal

  ○Yoshihiro Iida, Atsuo Tamura

  第54回日本生物物理学会年会, 2016年11月, 英語, つくば国際会議場, 国内会議

  ポスター発表


• ドラッグデリバリーを志向したペプチドナノチューブの分子設計

  齋藤 康平, 田村 厚夫

  第89回日本生化学会大会, 2016年09月, 日本語, 日本生化学会, 仙台国際センター/東北大学川内北キャンパス, 国内会議

  ポスター発表


• Artificially designed peptides that degrade amyloid fibrils.

  ○Yoshihiro Iida, Atsuo Tamura

  The Protein Society 2016 Annual Symposium, 2016年07月, 英語, The Protein Society, Baltimore, MD, USA, 国際会議

  ポスター発表


• 線維前駆中間体を経由したアミロイド線維形成機構 －インスリン B 鎖が形成する初期会合体のキャラクタリゼーション－

  山本 直樹, 津原 祥子, 田村 厚夫, 茶谷 絵理

  第16回日本蛋白質科学会年会, 2016年06月, 日本語, 福岡国際会議場, 国内会議

  ポスター発表


• 薬剤候補化合物を内包する自己集合ペプチドなのチューブの分子設計

  斎藤 康平, 田村 厚夫

  第88回日本生化学会大会, 2015年12月, 日本語, 神戸国際会議場, 国内会議

  ポスター発表


• Hydrolysis of lipid droplets by artificially designed peptides

  飯田 禎弘, 田村 厚夫

  第53回日本生物物理学会, 2015年09月, 英語, 金沢, 国内会議

  口頭発表（一般）


• アミロイド線維分解能を持つミニチュア酵素の人工設計

  田村 厚夫, 飯田 禎弘

  第3回日本アミロイドー シス研究会学術集会, 2015年08月, 日本語, 東京都(KKRホテル東京), 国内会議

  口頭発表（一般）


• Temperature and Hydration Dependence ofthe Complex Dielectric spectra of proteins at GHz and THz regions obtained by THz Time-domain spectroscopy and dielectric spectroscopy

  Naoki Yamamoto, Eri Chatani, Atsuo Tamura, Keisuke Tominaga

  AWEST2015, 2015年06月, 英語, 淡路夢舞台国際会議場, 国際会議

  口頭発表（招待・特別）


• 機能性ペプチドの人工設計：アミロイド分解能を持つミニチュア酵素の創製へ

  田村 厚夫

  ライフサイエンス ワールド 2015（第12回アカデミックフォーラム）, 2015年05月, 日本語, リード エグジビション ジャパン 株式会社, 東京ビッグサイト, 国内会議

  口頭発表（一般）


• 新機能を有するペプチド分子の人工設計:アミロイド分解能とレアメタル結合回収能

  田村 厚夫

  第33回シーズ公開会, 2015年02月, 日本語, 大阪科学技術センター, 国内会議

  [招待有り]

  口頭発表（招待・特別）


• 人工設計ペプチドを用いたレアメタルのリサイクル＆センシング

  田村 厚夫

  平成26年度「大学発！ 環境技術シーズ発表会」, 2014年12月, 日本語, 近畿経済産業局, 大阪市北区 阪急ターミナルビル17F, 国内会議

  [招待有り]

  口頭発表（招待・特別）


• 球状中空構造を有するペプチド集合体の分子設計

  枝川 朝子, 田村 厚夫

  第87回日本生化学会大会, 2014年10月, 日本語, 国内会議

  ポスター発表


• ペプチドデザイン技術を用いた新規機能性物質設計：レアメタルリサイクルとアミロイド分解

  田村 厚夫

  ライフサイエンス分野における先進研究～機能性材料とその加工技術を中心に～, 2014年10月, 日本語, 公社） 新化学技術推進協会, 新化学技術推進協会会議室(東京都), 国内会議

  [招待有り]

  口頭発表（招待・特別）


• Temperature and Hydration Dependence of Complex Dielectric Spectra of Lysozyme from GHz to THz Frequency Region

  Naoki Yamamoto, Atsuo Tamura, Keisuke Tominaga

  8th International Conference on Broadband Dielectric Spectroscopy and its Applications, 2014年09月, 英語, Wisla (POLAND), 国際会議

  口頭発表（一般）


• Hydrolysis of amyloid fibrils by artificially designed peptides

  Yoshihiro Iida, Atsuo Tamura

  第52回日本生物物理学会年会, 2014年09月, 日本語, 札幌コンベンションセンター, 国内会議

  ポスター発表


• Design of a peptide nanotube having the capability of rare metal binding./Hydrolysis of amyloid fibrils by artificially designed peptides

  Keisuke Ogihara, Tamura Atsuo

  第52回日本生物物理学会年会, 2014年09月, 英語, 札幌コンベンションセンター, 国内会議

  ポスター発表


• ナノ会合体の形成に及ぼすhelix間相互作用部位の影響

  枝川 朝子, 藤本 隼平, 田村 厚夫

  若手フロンティア研究会2013, 2013年12月, 日本語, 神戸大学 研究基盤センター, 神戸, 国内会議

  口頭発表（一般）


• Temperature and hydration dependence of low-frequency dynamics of lysozyme studied by terahertz time-domail spectroscopy

  Naoki Yamamoto, Atsuo Tamura, Keisuke Tominaga

  第51回日本生物物理学会年会, 2013年10月, 英語, 京都, 国内会議

  口頭発表（一般）


• Low-frequency dynamics of Trehalose-coated Lysozyme studied by terahertz time-domain spectroscopy

  Risa Okada, Naoki Yamamoto, Atsuo Tamura, Keisuke Tominaga

  第51回日本生物物理学会年会, 2013年10月, 英語, 京都, 国内会議

  口頭発表（一般）


• Hydrolysis of lipid droplets and amyloid fibrils by the designed peptide

  Yoshihiro Iida, Atsuo Tamura

  第51回日本生物物理学会年会, 2013年10月, 英語, 京都, 国内会議

  ポスター発表


• Design of transmembrane peptide for constructing a signaling model

  Takato Hiramatsu, Atsuo Tamura

  第51回日本生物物理学会年会, 2013年10月, 英語, 京都, 国内会議

  ポスター発表


• Design of Photo-controllable Cyclic Peptides

  Shinji Kawabata, Yasuhiro Ebisu, Yuta Saeki, Masahiko Hayashi, Atsuo Tamura

  第51回日本生物物理学会年会, 2013年10月, 英語, 京都, 国内会議

  ポスター発表


• ペプチドナノチューブの人工デザイン –新機能バイオ材料の創製を目指して-

  田村 厚夫

  新化学技術推進協会講演会, 2013年04月, 日本語, 東京, 国内会議

  [招待有り]

  口頭発表（招待・特別）


• 芳香族化合物と相互作用するペプチドナノチューブの分子設計

  中尾 みのり, 田村 厚夫

  先端融合科学シンポジウム「タンパク質アセンブリ －会合、超分子化、凝集－」, 2012年01月, 日本語, 神戸, 国内会議

  ポスター発表


• 複孔性ペプチドナノチューブの分子設計

  川端 真司, 田村 厚夫

  先端融合科学シンポジウム「タンパク質アセンブリ －会合、超分子化、凝集－」, 2012年01月, 日本語, 神戸, 国内会議

  ポスター発表


• 機能性ペプチドナノチューブの人工設計

  田村 厚夫

  先端融合科学シンポジウム, 2012年01月, 日本語, 神戸, 国内会議

  [招待有り]

  口頭発表（招待・特別）


• ヘリックス間相互作用によって誘起されるペプチドナノ構造体の設計

  藤本 隼平, 田村 厚夫

  先端融合科学シンポジウム「タンパク質アセンブリ －会合、超分子化、凝集－」, 2012年01月, 日本語, 神戸, 国内会議

  ポスター発表


• Terahertz time-domain spectroscopy on proteins and polypeptides –Effect of thermal activation and hydration on low-frequency dynamics

  Naoki Yamamoto, Azusa Kaneko, Feng Zhang, Atsuo Tamura, 富永 圭介

  DAE-BRNS 11th Biennial Trombay Symposium on Radiation & Photochemistry (TSRP 2012), 2012年01月, 英語, Mumbai, India, 国際会議

  [招待有り]

  口頭発表（招待・特別）


• 膜結合能を有するペプチドナノチューブの分子設計

  林 逸歩, 河村 芽生, 田村 厚夫

  第８４回日本生化学会大会, 2011年09月, 日本語, 京都, 国内会議

  ポスター発表


• グラファイト-液体界面に集積したペプチドナノチューブの構造

  杉原 知紀, 林 逸歩, 木村 建次郎, 田村 厚夫, 大西 洋

  分子科学討論会2011, 2011年09月, 日本語, 札幌, 国内会議

  ポスター発表


• 人工設計ペプチドが織り成す構造体の世界-分子からナノチューブまで-

  田村 厚夫

  第２回メディショナルナノテク研究会, 2011年07月, 日本語, 大阪, 国内会議

  [招待有り]

  口頭発表（招待・特別）


• シグナル伝達モデル系の構築を目指した水溶性膜貫通ペプチドの設計

  岡本 裕美, 山本 直樹, 田村 厚夫

  第１１回 日本蛋白質科学会年会, 2011年06月, 日本語, 大阪, 国内会議

  ポスター発表


• Hydration effect of biological reactions studied by terahertz time-domain spectroscopy

  Naoki Yamamoto, Ohki Kambara, 田村 厚夫, Keisuke Tominaga

  International Workshop on Optical Terahertz Science and Technology, 2011年03月, 英語, Santa Barbara, USA, 国際会議

  ポスター発表


• Peptide Nanotubes Observed by Frequency-Modulation Atomic Force Microscopy

  T. Sugihara, I. Hayashi, T. Hiasa, K. Kimura, A. Tamura, H. Onishi, M. Ohta, K. Watanabe, R. Kokawa, N. Oyabu, K. Kobayashi, H. Yamada

  18th International Colloquium on Scanning Probe Microscopy, 2010年12月, 英語, Izu, Japan, 国際会議

  口頭発表（一般）


• 周波数変調型原子間力顕微鏡によるペプチドナノチューブの観察

  杉原 知紀, 林 逸歩, 日浅 巧, 木村 建次郎, 田村 厚夫, 大西 洋, 大田 昌弘, 渡邊 一之, 粉川 良平, 大藪 範昭, 小林 圭, 山田 啓文

  分子高次系機能解明のための分子科学シンポジウム, 2010年11月, 日本語, 仙台, 国内会議

  ポスター発表


• Low-frequency Dynamics of Myoglobin by Terahertz Time-Domain Spectoscopy

  Azusa Kaneko, Ohki Kambara, 田村 厚夫, Keisuke Tominaga

  The 4th International Symposium on “Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions”, 2010年11月, 英語, Ohtsu, Japan, 国際会議

  ポスター発表


• Effect of secondary structural formation on low-frequency dynamics of poly-L-glutamic acid studied by terahertz time-domain spectroscopy

  Naoki Yamamoto, Ohki Kambara, 田村 厚夫, Keisuke Tominaga

  The 4th International Symposium on “Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions”, 2010年11月, 英語, Ohtsu, Japan, 国際会議

  ポスター発表


• DESIGN OF NOVEL METAL-BINDING PROTEINS BASED ON INFLUENZA M2 PROTEIN

  Y. Iida, 田村 厚夫

  The 4th International Symposium on “Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions”, 2010年11月, 英語, Ohtsu, Japan, 国際会議

  ポスター発表


• Terahertz time-domain spectroscopy on proteins, peptides, and small biological molecules

  Ohki Kambara, Azusa Kaneko, Feng Zhang, 田村 厚夫, Keisuke Tominaga

  International Conference on Infrared Millimeter Wave and THz, 2010年09月, 英語, Rome, Italy, 国際会議

  ポスター発表


• Terahertz Time-Domain Spectroscopy on Biological Samples

  Ohki Kambara, Azusa Kaneko, Feng Zhan+g, 田村 厚夫, Keisuke Tominaga

  Asia Pacific Symposium on Radiation Chemistry, 2010年09月, 英語, Lonavala, India, 国際会議

  ポスター発表


• GTP結合型Rasの構造遷移における分子メカニズムの解析

  井尻 悠一, 荒木 望嗣, 田村 厚夫, 片岡徹

  第32回日本分子生物学会年会, 2009年12月, 日本語, 横浜, 国内会議

  ポスター発表


• 分子間相互作用によりナノ構造体を形成するペプチドの設計

  田村 厚夫

  第８２回日本生化学会大会, 2009年10月, 日本語, 神戸, 国内会議

  [招待有り]

  口頭発表（招待・特別）


• De novo design of membrane-active proteins

  Naoki Yamamoto, 田村 厚夫

  第47回日本生物物理学会年会, 2009年10月, 英語, 徳島, 国内会議

  ポスター発表


• Designing proteins with dynamic channeling capability by utilizing membrane fluidity

  田村 厚夫, Naoki Yamamoto, Mei Kawamura

  Joint International Open Symposium, Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions and Chemistry of Biological Processes Created by Water and Biomolecules, 2009年03月, 英語, Okazaki, Japan, 国際会議

  ポスター発表


• Searching for key factors in designing antimicrobial peptides

  山本 直樹, 田村 厚夫

  第４６回生物物理学会, 2008年12月, 英語, 福岡, 国際会議

  ポスター発表


• Role of the regional polymorphism in GTP-bound H-Ras on effector recognition

  関 伸章, 村岡 真, 荒木 望嗣, 吉本 梓希子, 島 扶美, 田村 厚夫, 片岡徹

  第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会 合同大会, 2008年12月, 英語, 神戸, 国際会議

  ポスター発表


• Design of peptide-nanocage based on the coiled-coil formation

  向阪 俊祐, 田村 厚夫

  第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会 合同大会, 2008年12月, 英語, 神戸, 国際会議

  ポスター発表


• Structure-activity relatioships of designed antimicrobial peptides

  Naoki Yamamoto, 田村 厚夫

  5th Open Workshop for "Chemistry of Biological Processes Created by Water and Biomolecules", 2008年01月, 英語, Nara, Japan, 国際会議

  ポスター発表


• Decrease in solubility induces formation of a soft-packed protein structure: Implication of the primordial step in protein folding

  Mitsugu Araki, 田村 厚夫

  5th Open Workshop for "Chemistry of Biological Processes Created by Water and Biomolecules", 2008年01月, 英語, Nara, Japan, 国際会議

  ポスター発表


• 立体構造変化に伴い機能発現する抗菌ペプチドの設計

  山本 直樹, 田村 厚夫

  第４５回生物物理学会年会, 2007年12月, 日本語, 横浜, 国内会議

  口頭発表（一般）


• 凍結乾燥状態における poly-l-lysine の低振動スペクトルとその二次構造

  神原 大, 田村 厚夫, 内野 隆司, 富永 圭介

  日本生物物理学会第45回年会, 2007年12月, 日本語, 横浜, 国内会議

  口頭発表（一般）


• 金属イオン結合性ペプチドナノチューブのデザイン

  木戸脇 彩, 田村 厚夫

  日本生物物理学会第45回年会, 2007年12月, 日本語, 横浜, 国内会議

  ポスター発表


• New strategy to develop Ras-specific inhibitors based on conformational equilibrium of Ras oncoprotein

  Fumi Shima, Min Ye, Jingling Liao, Shin Muraoka, Yoko Yoshikawa, Takeshi Sugimoto, Yuichi Ijiri, Moto Hiramatsu, Mitsugu Araki, Nobuaki Seki, Mei Kawamura, Naoki Yamamoto, 田村 厚夫, Daisuke Tokushima, Kenichiro Tsuda, Tomoya Miyakawa, Tohru Kataoka

  2007 International Symposium on “G-protein Signaling”, 2007年07月, 英語, Tokyo Japan, 国際会議

  口頭発表（一般）


• 立体構造変化に伴い機能発現する抗菌ペプチドの設計

  山本 直樹, 田村 厚夫

  第７回日本蛋白質科学会年会, 2007年05月, 日本語, 仙台, 国内会議

  ポスター発表


• タンパク質の人工デザイン：分子からナノファイバーへ

  田村 厚夫

  第６回CREST 若手討論会, 2006年01月, 日本語, 神戸, 国内会議

  口頭発表（招待・特別）


• ナノエレクトロスプレーイオン化四重極/飛行時間型タンデム質量分析法を用いた分子量6,000 を超える分子量ペプチドのアミノ酸配列析：in-house 配列データベース検索エンジンの新たな利用法

  吉野 健一, 米原 久美子, 大城 紀子, 川俣 朋子, 田村 厚夫, 米澤 一仁

  第53回質量分析総合討論会, 2005年05月, 日本語, さいたま, 国内会議

  口頭発表（一般）


• Designing β-sheets from unstructured or α-helical peptides

  A Tamura

  US-Japan Symposium on Folding, Design and Dynamics, 2005年05月, 英語, Philadelphia, USA, 国際会議

  口頭発表（招待・特別）


• Formation of the peptide nanofiber and its application as functional materials

  TAMURA Atsuo

  Workshop on " Water and Biomolecules.", 2005年03月, 英語, 未記入, Tokyo, Japan, 国内会議

  口頭発表（一般）


• Crystal structure of the small G protein M-Ras and its implications

  Shin Muraoka, Masaki Yamamoto, Naoto Yagi, Tatzuo Ueki, Min Ye, Fumi Shima, Jingling Liao, Hidetsugu Okamoto, Atsuo Tamura, Tohru Kataoka

  XX Congress of the International Union of Crytallography, 2005年, 英語, Florence, Italy, 国際会議

  口頭発表（一般）


• Designing β-sheet proteins from unstructured or α-helical peptide fragments

  A Tamura

  US-Japan Symposium on Folding, Design and Dynamics, 2005年01月, 英語, 岡崎, 国内会議

  ポスター発表


• 単層bシートに基づく安定なbシートペプチドのデザイン

  岡本 英嗣, 笹川 拡明, 中川 とも子, 田村 厚夫

  第42回日本生物物理学会, 2004年12月, 日本語, 未記入, 京都, 国内会議

  口頭発表（一般）


• 進化分子工学によるsubtilisinの低温高機能化

  川端 正憲, 森本 さゆり, 田村 厚夫

  第42回日本生物物理学会, 2004年12月, 日本語, 日本生物物理学会, 京都, 国内会議

  口頭発表（一般）


• ペプチドのナノファイバーへの自己集合とそのバイオマテリアルとしての利用

  清園 真功, 田中 修平, 向井 泰子, 川端 正憲, 田村 厚夫

  第42回日本生物物理学会, 2004年12月, 日本語, 日本生物物理学会, 京都, 国内会議

  口頭発表（一般）


• シトクロムb5 のDEPC 処理によって明らかにされたアスコルビン酸依存性シトクロムb561 の還元機構

  中西 伸行, 武内 総子, 堀 洋, 岡本 英嗣, 田村 厚夫, 鍔木 基成

  第42回日本生物物理学会年会, 2004年12月, 日本語, 日本生物物理学会, 京都, 国内会議

  口頭発表（一般）


• 新規デザインを利用した小型タンパク質立体構造安定化機構

  荒木 望嗣, 田村 厚夫

  第43回NMR討論会, 2004年11月, 日本語, 未記入, 東京, 国内会議

  口頭発表（一般）


• ペプチドナノファイバー：構造デザインと機能付与

  田村 厚夫

  大阪大学蛋白質研究所セミナー「蛋白質の自己組織化メカニズム-折り畳み、デザイン、アミロイド形成-」, 2004年11月, 日本語, 未記入, 大阪, 国内会議

  口頭発表（招待・特別）


• シトクロムb5 のDEPC 処理によって明らかにされたアスコルビン酸依存性シトクロムb561 の還元機構

  中西 伸行, 武内 総子, 堀 洋, 岡本 英嗣, 田村 厚夫, 鍔木 基成

  CREST若手討論研究会, 2004年07月, 日本語, 未記入, 湯河原、神奈川, 国内会議

  口頭発表（一般）


• タンパク質のフォールディング理論、立体構造予測、及び分子設計

  田村 厚夫

  特定領域「水と生体分子」合同班会議, 2004年06月, 日本語, 未記入, 滋賀, 国内会議

  口頭発表（招待・特別）


• Fibrious assembly of the amphipathic α-helix forming polypeptide

  田村 厚夫

  The 1st Pacific-Rim International Conferenceon Protein Science, 2004年04月, 英語, 未記入, Yokohama, Japan, 国内会議

  ポスター発表


• Drsigning stable b-sheet peptides based on the single layer b-sheet

  田村 厚夫

  The 1st Pacific-Rim International Conferenceon Protein Science, 2004年04月, 英語, 未記入, Yokohama, Japan, 国内会議

  ポスター発表


• Creation of a new biomaterial by the self-assembled peptide nanofiber

  田村 厚夫

  The 1st Pacific-Rim International Conference on Protein Science, 2004年04月, 英語, 未記入, Yokohama, Japan, 国内会議

  ポスター発表


• Structural and Thermodynamic Characterization of Designed Proteins

  田村 厚夫

  The 9th Keihanna Conference on Molecular Biophysics,"Physical Aspects of Protein Folding and Function", 2004年01月, 英語, 未記入, kyoto, Japan, 国内会議

  口頭発表（招待・特別）

• 日本蛋白質科学会


• 日本生化学会


• 日本生物物理学会


• 日本化学会

• 人工設計ペプチド集合体を用いた放射性/安定レアメタル選択回収システム

  田村 厚夫

  学術研究助成基金助成金／挑戦的萌芽研究, 2015年04月 - 2018年03月, 研究代表者

  競争的資金


• アミロイド分解能を有するミニチュア酵素の人工設計

  田村 厚夫

  科学研究費補助金／基盤研究(B), 2014年04月 - 2017年03月, 研究代表者

  競争的資金


• レアメタルの回収/センシング能を有するペプチドナノチューブの人工設計

  田村 厚夫

  研究成果展開事業（マッチングプランナー プログラム）, 2016年, 研究代表者

  競争的資金


• マッチングプランナー「レアメタルの回収/センシング能を有するペプチドナノチューブの人工設計」

  田村 厚夫

  科学技術振興機構, 研究成果展開事業 マッチングプランナープログラム 探索試験, 2015年, 研究代表者

  競争的資金


• Ｒａｓ－Ｒａｆ結合阻害活性を有する抗がん剤の創製

  島 扶美, 田村 厚夫

  日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 基盤研究(C), 神戸大学, 2011年 - 2013年

  rasがん遺伝子産物Rasは低分子量G蛋白質であり、多くの癌において活性化が認められることから、その機能を阻害する抗癌剤の開発が切望されている。我々は、GTP結合型Rasに特異的なポケット構造に基づいた大規模なスクリーニングを通じて、担がん動物において抗がん活性を示す複数の化合物群（Kobe0065ならびにその誘導体）の同定に成功した。これらの化合物は、Rasと標的蛋白質ならびに上流の調節因子との結合を阻害することでRasのシグナル伝達を阻害し、顕著な抗がん作用を示すことが明らかになった。さらに、これらの化合物は、市販の抗癌剤には認められない癌細胞の転移抑制作用を示すことも明らかになった。


• A-STEP「PdまたはPtイオンの選択的抽出に向けた環状ペプチドナノチューブの最適化」

  田村 厚夫

  研究成果最適展開支援プログラム フィージビリティスタディステージ 探索タイプ, 2013年, 研究代表者

  競争的資金


• A-STEP「PdまたはPtイオンの選択的抽出に向けた環状ペプチドナノチューブの最適化」

  田村 厚夫

  研究成果最適展開支援プログラム フィージビリティスタディステージ 探索タイプ, 2012年, 研究代表者

  競争的資金


• フラーレン様構造を持った機能スイッチング型ペプチド立体の創製

  田村 厚夫

  学術研究助成基金助成金／基盤研究(C), 2011年, 研究代表者

  競争的資金


• ペプチドナノチューブ：統合的設計と機能付与

  田村 厚夫

  科学研究費補助金／基盤研究(B), 2007年, 研究代表者

  競争的資金


• タンパク質分子と集合体の機能化デザイン

  田村 厚夫

  科学研究費補助金／特定領域研究, 2006年, 研究代表者

  競争的資金


• 小型タンパク質の構造形成能を左右する必要十分条件の探索

  田村 厚夫

  日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 若手研究(B), 神戸大学, 2001年 - 2002年

  タンパク質が構造を形成し、安定に存在するための、必要十分条件を探索することを目的としている。 タンパク質の構造には、アルファヘリックスとベータシートという2種類の二次構造が存在する。アルファヘリックスについては、既にかなり研究されているが、ベータシートに関しては未知な点が多い。そこで、まずベータシートを豊富に含むタンパク質について、その構造安定性について、熱力学的および構造的測定を行うことで、詳細に研究を行った。この結果、1)静電的な相互作用が強くその安定化に寄与していること、2)疎水相互作用が構造単位を維持することに必要なこと、3)構造転移の多段階性、などが明らかになった。特に、1)の結果は、研究に用いたタンパク質に、リジンやグルタミン酸などの電荷を持つたアミノ酸残基が多数存在することで、初めて明らかになったことである。また、2)と3)については、このタンパク質が加熱に従って3段階に変性していくが、これらの構造単位を明らかにし、またその構造がなぜ1単位として安定に存在し得るかを明らかにしたものである。 一方、タンパク質の三次元構造の形成には、これらの二次構造とアミノ酸側鎖を含めた相互作用が必要となる。特に疎水相互作用が重要と考えられるため、タンパク質内部に存在する疎水アミノ酸残基を遺伝子操作によって他のアミノ酸に変換し、その構造形成能の評価を行った。測定には、核磁気共鳴などの分光学的手法と熱測定などの熱力学的手法を併用した。この結果、内部の大きな変換の影響は内部で吸収され、全体立体構造や活性には影響を与えないことが明らかになった。これはタンパク質構造の柔軟性というものを示した点で注目される。


• 原子空間に着目する蛋白質研究の新展開

  月向 邦彦, 赤坂 一之, 大前 英司, 郷 通子, 月向 邦彦, 田村 厚夫

  日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 基盤研究(B), 2000年 - 2001年

  ジヒドロ葉酸還元酵素(DHFR)は、補酵素NADPHを水素供与体としてジヒドロ葉酸(DHF)をテトラヒドロ葉酸(THF)に還元する反応を触媒する。月向は、この反応に含まれる種々の中間複合体の断熱圧縮率を測定し、反応の進行とともにリガンドの結合・反応・解離により圧縮率が大きく変化すること、また、X線構造から求めたキャビティー量が多いほど圧縮率が大きいことを見出した。このことは、キャビティーがゆらぎの発現の場となっており、機能発現に重要な役割を演じていることを示している。DHFRの3つのフレキシブルループに存在するGly67,Gly121,Ala145位を種々のアミノ酸に置換した結果、圧縮率は1アミノ酸置換により大きく影響を受けることを見出した。圧縮率の大きい変異体ほど酵素活性が高く、構造のゆらぎは機能発現に有利に働いていることがわかった。また、圧縮率の大きい変異体はキャビティーも多く、アミノ酸置換の影響は置換部位から遠く離れた部位でのキャビティーの数や大きさに影響し、ゆらぎの改変をとおして機能にまで及んでいることがわかった。赤坂は高圧NMRを用い、RalGDSのRas結合ドメインは2000気圧までの圧力下で全体の立体構造は壊れないものの、疎水性キャビティーの近傍の構造が解けることを見出した。また、c-Myb R2蛋白質のサブドメインにおいてキャビティーを埋めるようなアミノ酸置換により、耐圧性が増すことを見出した。さらに、Ubiquitinは天然状態で2つのコンフォマーが存在することを見出し、高圧NMRがわずかなエネルギー差による構造変化を敏感に観察できることを示した。このように、蛋白質の原子空間(圧力効果)に着目することにより、蛋白質の構造と機能において新規で重要な知見が得られることがわかった。


• 人工タンパク質の理論設計と合成

  高田 彰二, 田村 厚夫

  日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 特定領域研究(A), 神戸大学, 2000年 - 2001年

  本プロジェクトでは、理論モデルに基づいて人工タンパク質を設計し、それを実際に生合成し、その立体構造や折れたたみ反応の熱力学的および速度論的解析を行う。その結果を理論にフィードバックさせることにより理論モデルを改良する。理論家と実験家の共同によりこのサイクルを繰り返し、それを通じてタンパク質の立体構造を形作っている物理化学的な原理を理解するとともに、新規な人工タンパク質を造ることを目指した。【配列設計の結果】モンテカルロアニーリングシミュレーションによって、Zスコアを最小にする配列を探した。設計と折りたたみの繰り返しによる変性状態構造アンサンブルの構築とZスコアの改良によって設計された配列は高いフォールド能力を持ち、Target構造との相同性を高めている。エネルギーランドスケープを見ると、Target構造との相同性(Q値、Q値が大きい程Target構造に近い)が高い程エネルギーが低くなっており、このデザイン配列の高いフォールド能力を示唆している。上の方法を用いてDHB01からDHB20までの配列を設計した。【人工設計タンパク質の合成実験】設計されたアミノ酸配列が実際に立体構造をとっているかどうかを調べるために、この20種のうち、cavity体積などのスコアから評価した上位3種(DHβ06、DHB09、DHB19)を選択しペプチド合成機を用いて化学合成を行い、その構造安定性をCD(円二色性)、NMR(核磁気共鳴)の手法を用いて調べた。far UV領域でのCD測定においてDHB09、DHB19の2種はランダムコイル状のスペクトルであったが、DHB06は典型的なα-ヘリックス様のスペクトルを示した。DHB06の温度に対する安定性を調べたところ90℃において完全変性し、かつこの変性が可逆であることが分かった。そこで、Native-Denatured間の二状態転移モデルで波長222nmにおけるCD値の熱変性曲線のcurve-fittingを行った結果、エンタルピー変化25kcal/mo1および転移中点温度79℃を得た。これは、野性型の値(ΔH=20kcal/mo1、Tm=80℃)に匹敵する値である。一方、1H-NMR測定によるとDHB09やDHB19の一次元NMRスペクトルは、アミノ酸由来のシャープな様相を呈した。対照的にDHB06のスペクトルでは高磁場シフトしたメチル基や低磁場シフトしたヒスチジン残基のピークなど、DHB06が三次構造を持つことが示唆された。この結果は、天然状態様の三次構造を持つ配列設計の成功を示している。


• 氷温でのタンパク質構造変化と進化工学による高機能化因子の関連

  田村 厚夫

  日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 奨励研究(A), 神戸大学, 1999年 - 2000年

  タンパク質として、プロテアーゼの1種サチライシンを用いて、低温での高機能化を進化工学の手法を用いて果たした。具体的には、まず、サチライシンの遺伝子を出発点として、error-prone PCR法という手法で、ランダムに遺伝子DNAに変異を生じさせた。変異確率は、第1回目の集団では、アミノ酸変異として平均2.7個、第2回目の集団では平均1.0個の割合で起こった。第1集団については、サチライシンを単離、精製し、酵素反応速度のパラメーターを分光測定によって求め、活性上昇率が10℃において、3%であることを見い出した。上昇率が高くないのは、変異が多いにもかかわらず、サンプリング数(4万個)が少ないためであると見積ることができたので、第2集団から選び出すことにした。この結果、野生型に比べ明らかに高速に活性が出現するものが約10種、特に2倍以上高速なものが2種得られた。また、高活性体の中で、共通する位置に変異があるものが複数得られ、これら「ホットスポット」を同定することができた。現在これら高活性体の酵素反応速度パラメーターの定量測定を行っている。 一方、サチライシンの一部とアミノ酸配列の相同性のあるタンパク質POIA1について、その立体構造を核磁気共鳴法を用いて決定した。また、構造の基本単位であるαヘリックス構造やβシート構造についての構造生物学的な基礎研究を各種測定法を用いて行った。この結果、長くつらなったβシート構造の意義、分光学的な測定法の開発などに成功した。


• 人工タンパク質の理論設計と合成

  高田 彰二, 田村 厚夫

  日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 特定領域研究(A), 神戸大学, 1999年 - 1999年

  本プロジェクトでは、理論モデルに基づいて人工タンパク質を設計し、それを実際に生合成を行う。理論モデルとしてタンパク質骨格の原子NH、C_αH、COをunited atomとしてあらわに表現する一方、側鎖はその重心に一つの球を置いた粗視化モデルを構築した。理論設計は、鋳型構造に対してもっとも適合するアミノ酸配列(σと書く)を探索する。今回は、鋳型構造としてAlbumin binding domainの3本へリックス束構造を選んだ。適合度としてZスコアを使うのが良い。ランダム配列から、配列σを動的変数としてシミュレーテッドアニーリング法を行い、Zスコアが最適になる配列を10個求めた。我々の粗視化モデルに含まれていない側鎖のぶつかり合いを確認するため、AMBER力場による全原子モデルで構造最適化を行って、そのエネルギーが最低のアミノ酸配列を最終的に理論予測配列とした。この配列に相当する遺伝子を合成し、ベクターDNA(pET11)に組み込み大腸菌(BL21(DE3))を形質転換した。現在、大腸菌の大量培養およびタンパク質精製を進めている。


• 蛋白質の基本構造に対する圧力効果

  赤坂 一之, 田村 厚夫, 山田 博昭

  日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 特定領域研究(A), 神戸大学, 1998年 - 1998年

  蛋白質の基本構造に対する圧力の効果を知る目的で、申請者の研究室で開発した加圧試料セル型超高磁場高分解能NMR(750MHz)を用いて、1〜2000気圧の範囲で圧力を変化させ、(1)典型的なヘリックス、(2)典型的なランダムコイル構造、及び(3)β-シートをもつ小蛋白質(35残基)について、加圧による構造変化、水との水素結合変化、及びダイナミックスの変化を1H、15Nの化学シフトとスピン緩和に基づいて研究した。 1。ヘリックス及びランダムコイル状態の蜂毒蛋白質メリチンの加圧による水素結合の変化メリチンのへリックス構造(メタノール中)の主鎖アミドプロドン(NH)とプロトンの信号が、圧力に対して直線的にかつ可逆的にしかも部位特異的にシフトすることが明かとなった。これらのシフトは、加圧による二次構造(ヘリックス)の変化、特にアミドとカルボニル基との分子内水素結合(NH…O=C)の短縮を示す。またランダムコイル構造(酸性軽水溶液中)について同様の実験を行い、加圧に伴いポリペプチド鎖と水との水素結合が強化されることを明かにした。 2。バクテリオロドプシンヘリックスの加圧によるダイナミックスの変化15N同位体で均一標識したbacteriorhodopsinのhelix(1-36残基)を対象として、軽水溶液中(90%H20/10%D20)で主鎖アミドの15Nスピン緩和とNOEの測定を行った。 解析の結果、30〜2000barの範囲でヘリックス構造の速いゆらぎには大きな変化がないことが明かとなった。 3。水溶液中の小蛋白質グルマリン(甘味抑制蛋白質;35残基)について、加圧による1H化学シフトの測定を行い、加圧に伴うβ-シートの構造変化、溶媒の水との水素結合の短縮を明らかにした。


• リアルタイム測定によるタンパク質折りたたみ機構の高空間分解能解析

  田村 厚夫

  日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 奨励研究(A), 神戸大学, 1997年 - 1998年

  1、 タンパク質の同位体標識とその低温での構造 標的タンパク質である、Streptomyces subtilisin inhibitor(SSI)の同位体標識を、15Nを含む硫酸アンモニウムを唯一の窒素源として含む培地で大腸菌を培養することによって得た。これについて、15Nと1H即ち主鎖のペプチド結合に関する相関を、2次元NMRで温度を変化させ測定した。この結果、SSIは0℃という氷温付近に於いて、pH2.7以上では低温変性し構造を失っていること、しかしながら、pHをこれより下げるとnative構造とは異なった特異な構造体となることを、原子レベルの分解能で明らかにした。 2、 重水素ラベル法を用いた構造解析 上記の低温時の特異な構造を決定する際、問題となったのは、シグナルの重複であった。実際、直接決定は不可能であったので、間接的な重水素ラベル法を考案して適用した。これは、低温時に溶媒を重水から軽水(または、軽水から重水)へ変化させ、次にpHと温度をnative条件までジャンプし、測定容易な条件で、タンパク質中の交換不可能な水素、即ち内部に埋もれ構造を取っているアミノ酸残基を特定するものである。この結果、native構造に存在していた強固なβ鎖の内の1本は完全に失われていることなどを見い出した。 3、 リアルタイム測定による折りたたみ機構 折りたたみをpHジャンプまたは温度ジャンプで引き起こし、その後の過程をNMR法または、CD、蛍光法でリアルタイムに測定した。この結果、2段階以上の過程を見い出し、プロリン残基のシス-トランス異性化反応がどの段階に相当するか、また、それより遅い段階で3次構造が形成されることなどを明らかにした。 4、 他のタンパク質への適用 SSI以外のタンパク質(myoglobin,SNase,OspAなど)にも、上記手法の適用を試み、または適用のための基礎的データを得た。これより、タンパク質折りたたみ機構の一般的解明を現在も目指している。


• 加圧による蛋白質立体構造変化の解析

  赤坂 一之, 田村 厚夫, 山田 博昭

  日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 基盤研究(B), 神戸大学, 1997年 - 1998年

  1. 当研究室で開発した、1barから2000barまで任意の圧力で高分解能高圧NMR測定可能なオンライン高圧NMR装置(プロトン周波数750MHz)を用い、加圧下での水溶液中の蛋白質のNMR信号の変化を、原則的に全1H、15N(一部13C)原子毎の分解能で解析した。 2. 15N標識したBPTI(basic pancreatic trypsin inhibitor)、Bacteriorhodopsinのhelix(1-36)、HPr(histidine-containing phospho-carrier protein)、RalGEF-RBD(Ral guaninie-nucleotide exchange factor-Ras binding domain)、melittin(蜂毒)などを対象に、軽水中で、主として1H二次元NMR測定と15N/1H二次元NMR測定を行った。 3. 主鎖のほとんどすべてのアミドの1H,15N NMR化学シフトが圧力に対して直線的に、可逆的に、しかも部位特異的に変化した。これらの解析の結果 (1) 加圧に伴い、主鎖アミドの関与するNH…O間水素結合距離の短縮が起こること (2) 加圧に伴い、主鎖コンフォーメーションが部位特異的に変化する。特にヘリックスとループ領域が柔らかいことが明かとなった。 4。 BPTIについて、加圧による1H/1H核オ一バーハウザー効果(NOE)の変化を測定することに成功した。解析の結果、加圧に伴い、三次構造の部位特異的構造変化(主として圧縮)が起こり、同時に芳香族環のフリップ-フロップ運動が抑制されることが判明した。 5. RalGEF-RBDについて、ループ領域から選択的に圧力変性が起こることが15N/1H二次元NMRによって明かとなった。これは圧力変性中間体の存在を明確に示したものであり、今後の蛋白質フォールディング研究へのインパクトが期待される。


• 重水素交換と高圧NMRによる蛋白質構造のゆらぎに関する共同研究

  赤坂 一之, 田村 厚夫, 山田 博昭, WOODWARD Cla, CLARE K. Woo

  日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 国際学術研究, 神戸大学, 1997年 - 1998年

  本共同研究では、蛋白質ウシ脾臓トリブシンインヒビターBPTIを主たる対象に、神戸大学で開発されたオンライン超高分解能高圧NMR装置(750MHz)を用い、1〜2000barの任意の圧力下で、加圧による蛋白質の構造及びダイナミクスの変化について初めて原子レベルの分解能で研究した。通常のBPTI試料はシグマ社製から購入し、15N標識BPTI試料はC.Woodward教授(ミネソタ大学)が作成、また13C標識BPTIはG.Montelione教授(Rutgers大学)から提供していただいた。その成果は以下の通りまとめられる。なお以下の実験の成功に鑑み、多大の時間を要する重水素交換反応に対する圧力効果の測定は中断した。 1. 軽水中のプロトン二次元NMR測定及び15N/1H二次元NMR測定で、主鎖アミドの1H,15Nの信号がともに圧力に対して強い低磁場シフト(それぞれ平均0.075ppm/2kbar,0.47ppm/2kbar)を示すことから、加圧による主鎖アミドの水素結合距離の短縮が明かとなった。 2. 15N信号の圧力シフトはアミノ酸毎に顕著なバリエーション(0〜1.5ppm/2kbar)を示すことから、加圧により二面角φとΨも変化すると考えられる。特にヘリックスとループがβ-シートに比べその変化が大きいことが明かとなった。 3. プロトン核オーバーハウザー(NOE)の測定から、加圧によるBPTIの三次構造変化を測定し、特に酵素との結合セグメントが圧縮され易いことが明かとなった。 4. 15Nスピン緩和の測定から、加圧による主鎖のnsec〜psec程度の速い内部運動の変化について研究したところ、部位により若干の変化が認められ、詳細を解析中である。 5. ミリ秒程度の時間域での遅い運動については、プロトンNMRスペクトルから、加圧により一部のTyr,Pheの環回転が遅くなることが判明し、その原因が残基間距離の短縮によることが明かとなった 6. 13C信号の化学シフトの加圧に伴うシフトの測定に成功し、結果を解析中である。


• タンパク質構造転移の多層性

  田村 厚夫

  日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 奨励研究(A), 神戸大学, 1996年 - 1996年

  Streoptomyces subtilisin inhibitor(SSI)というタンパク質の存在状態が、温度、pHによってどう変わるかを示す相図を作成した。これは、円二色性(CD)装置を用い、タンパク質の二次構造を反映する遠紫外領域、および三次構造を反映する近紫外領域の測定を、温度、pHを変化させて行うことで得たものである。この結果、SSIの構造転移について以下のことが明らかになった。 1,native構造は、室温から温度を上げた場合だけでなく、下げた場合にも壊れる。後者即ち低温変性は、以前報告されたような特殊なものではなく、タンパク質に一般的なメカニズムおよび熱力学的量を示した。 2,ところが、1で述べた一般的な低温変性が起こった後に、native構造とは全く異なった三次構造および熱力学量をもった状態(D′)を新たに形成する。 3,pH2.4以下では、D′状態から温度を上げると、三次構造はほとんど高温変性構造と同等に壊れているが、二次構造は半分程度しか壊れていない中間状態となる1段目の転移と、引き続き高度に変性する2段目の転移が起こる。熱力学量を得るプログラムでの解析と併せて、この2段目の転移は1次の相転移ではないと考えられた。 さらに詳細な情報を得るため、SSI中の窒素を15Nで標識し、窒素と水素の2次元相関核磁気共鳴(NMR)測定をpH1.5で温度を変えて行った。この結果、D′状態では相当量の明確な3次構造が存在すること、この構造が20℃以上ではほぼ消滅することなどがわかり、CDの結果をさらに高い空間分解能で支持することができた。


• Osmolyteを利用したタンパク質の折りたたみ機構の解析

  田村 厚夫

  日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 重点領域研究, 神戸大学, 1996年 - 1996年

  まず、タンパク質SSIの構造形成機構を速度論的に探るため、pHジャンプ法をCDあるいはNMR測定を組み合わせて行った。実験条件としては4℃、pH5付近でSSIがnative構造が保持している状態から、pH1.5付近で低温変性後の特殊な3次構造(D′)をとる状態までのジャンプとした。これより、 1、CDによると。3次構造が一度かなり壊れてから序々にD′構造が形成されることがわかった。これは、native構造とD′構造のCDスペクトル上の交点で測定を行うことで精密に測定できた。 2、NMR法では、まずジャンプ直後、装置のdead timeに大きな構造転移があり、100秒かけてαヘリックスC端側にあるHis106やタンパク質内部にあるTrp86のシグナルが別の転移を示し、さらに320秒で最終的なD′構造となることがわかった。 また、SSI主鎖ププチド結合のNH水素の重水素交換反応を2次元NMR法により全シグナルを分離して観測することにより、βシート中でも部位によて異なるゆらぎを持っていることを明らかにした。この際、大腸菌による発現システムによって同位体標識を行ったSSIも用いた。 Osmolyteの効果は、まず安定性を熱測定によって調べた。この結果、最も効果の高かったsarcosineでは変性温度が10℃以上上昇し飛躍的に安定化に寄与することが明らかになった。ところが、変性の可逆性は逆減衰してしまい、平衡系として扱えないことがわかった。また、低温変性は、Osmolyteの添加によって0℃以上では明確に観測できないことがわかった。これらの結果は、Osmolyteが熱容量変化を減少させること、変性状態のタンパク質とも強く相互作用することを示唆するものである。


• タンパク質の非天然構造の研究

  赤坂 一之, 田村 厚夫, 今野 卓, 橘 秀樹

  日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 一般研究(A), 神戸大学, 1993年 - 1995年

  1。x線溶液散乱等による蛋白質の変性状態の構造(赤坂、今野) (1)低温変性状態の構造 x線小角散乱、円二色性(CD)、NMRの3つの方法を総合的に用いることにより、蛋白質SSIの低温変性構造(D′)を天然構造(N)、熱変性構造(D)と比較し、それぞれの構造の特徴を明らかにした。 (2)蛋白質のメタノール変性状態の構造(赤坂、鎌足) Cytochrome c及びMyoglobinにおいて円二色性(CD)、蛍光、NMR、X線溶液散乱を用いて詳しく追跡し、一定のpHとメタノール濃度に依存してコンパクトな変性中間体(モルテングロビュール)が出現し、さらにメタノール濃度が上がると伸びた高ヘリックス状態が出現することを発見した。しかしLysozymeのように、コンパクトな変性中間体は出現せず、伸びた高ヘリックス状態のみが出現するものもあることも明らかとなった。 (3)ウレア溶液中でのStreptomyces Subtilisin Inhibitor(SSI)の変性構造 ウレア濃度に依存して、変性状態の構造が段階的にに変化することを明らかにした。 2。高圧下での蛋白質の立体構造及び圧力変性(赤坂) RibonucelaseAにおいて、高圧NMRの手法によって高圧下での変性に伴う熱力学関数の変化を算出した。これによって圧力変性における疎水効果が明らかになった。 3。温度シャンプNMRによる蛋白質アンフォールディングの過程(赤坂) 当研究室で開発したマイクロ波パルス温度ジャンプNMR装置を用いて、RibonucelaseAのアンフォールディングの中間体を検出した。 4。蛋白質フォールディングにおけるS-S結合の役割(橘) 遺伝子工学的手法により、4または2個のS-S結合を欠損した変異リゾチームを発現し、これを用いてフォールディング過程におけるS-S結合の役割について研究した。

• ペプチド結合切断活性を有する人工ペプチドおよびその利用

  飯田禎弘, 田村厚夫

  特願2021- 062637, 2021年04月01日, 国立大学法人神戸大学

  特許権


• アミロイド分解能を有する人工ぺプチドおよびその利用

  田村 厚夫, 飯田 禎弘

  特願2015-543878, 2014年10月22日, 大学長, 特許6455983, 2018年12月28日

  特許権


• レアメタル結合能を有する人工ペプチドおよびその利用(2)

  田村 厚夫, 飯田 禎弘

  特願2013-182954, 2013年09月04日, 大学長, 特許6108549, 2017年03月17日

  特許権


• レアメタル結合能を有する人工ペプチドおよびその利用

  田村 厚夫, 飯田 禎弘

  特願2012-047585, 2012年03月05日, 大学長, 特許5943463, 2016年06月03日

  特許権


• 金属イオン結合能およびナノチューブ形成能を有する環状ペプチドと、それを用いたペプチドで構成されるナノチューブ、並びにそれらの製造方法

  田村 厚夫, 田中 修平, 木戸脇 彩

  特願2006-053253, 2006年02月28日, 大学長, 特許4915986, 2012年02月03日

  特許権


• 導電性ペプチドナノファイバー及びその製造方法

  田村 厚夫

  特願2004-308542, 2004年10月22日, 大学長, 特許4448949, 2010年02月05日

  特許権


• ナノファイバー形成能を有するペプチド、及びペプチドナノファイバー

  田村 厚夫

  特願2004-151698, 2004年05月21日, 大学長, 特許4448947, 2010年02月05日

  特許権


• 導電性ペプチドナノファイバー及びその製造方法

  田村 厚夫, 田中 修平, 鬼塚 健太郎, 杉原 宏和

  11/252719, 2005年10月19日, 大学長, 7449445, 2008年11月11日

  特許権