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上井 進也
内海域環境教育研究センター
教授

研究者基本情報

■ 学位
  • 博士（理学）, 北海道大学
■ 研究キーワード
  • 集団構造
  • 隔離機構
  • 局所適応
  • 種分化
  • 集団遺伝学
  • 海藻

研究活動情報

■ 受賞
  • 2020年03月 日本藻類学会, 第23回日本藻類学会論文賞, Haplotypic differentiation between seasonal populations of Sargassum horneri (Fucales, Phaeophyceae) in Japan
    渡辺幸平, 本間由莉, 唐木沢秀之, 石川竜子, 上井進也

■ 論文
  • Miho Nomura, Ryoko Yasuda, Hideyuki Inui, Vladimir P. Beškoski, Djati Mardiatno, Bachtiar W. Mutaqin, Andhika Puspito Nugroho, Aditya Saputra, Christopher Gomez, Shinya Uwai, Hiroshi Kawai, Hideo Okamura
    Elsevier BV, 2026年05月, Regional Studies in Marine Science, 97, 105007 - 105007
    研究論文（学術雑誌）

  • Masakazu Hoshino, Meri Nehlsen, Rita A. Batista, Morgane Raphalen, Toshiyuki Wakimoto, Shinya Uwai, Kazuhiro Kogame, Vikram Alva, Susana Coelho
    Abstract Fertilization, the union of male and female gametes, is central to sexual reproduction, yet the molecular mechanisms that ensure partner recognition and enforce species specificity remain elusive. Here we identify PKN, a previously uncharacterized transmembrane protein expressed exclusively in female gametes of brown algae, as an essential determinant of fertilization. Loss of PKN abolishes fertilization without affecting earlier mating steps, including gamete attraction, placing its function as a key mediator of male-female recognition. PKN contains extracellular β-propeller and mucin-like domains that are enriched in predicted glycosylation sites and rapidly evolving, consistent with a role in species-specific cell-cell recognition. Notably, PKN enforces reproductive isolation within the genus Scytosiphon by preventing interspecific fertilization. Together, these findings uncover a female-encoded recognition mechanism in brown algae and reveal protein-glycan interfaces as a conserved strategy for enforcing sex- and species-specific fertilization across Eukaryotes.
    openRxiv, 2026年02月
    神戸大学リポジトリ（Kernel）へのリンク

  • Eriko Sasagawa, Shinya Uwai, Kazuhiro Kogame
    2026年01月, PHYCOLOGICAL RESEARCH, 74(1) (1), 71 - 80, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Ryuta Terada, Takuzo Abe, Shingo Akita, Mitsunobu Kamiya, Hiroshi Kawai, Akira Kurashima, Chikako Nagasato, Yoshihiko Sakanishi, Hiromori Shimabukuro, Haruka Suzuki, Jiro Tanaka, Shinya Uwai, Yuki Watanabe, Ryoko Ueno, Misuzu Aoki
    SUMMARY Significant changes in seaweed communities were identified at six sites in Japan through the long‐term monitoring program ‘ Monitoring Sites 1000 .’ This study summarizes the results of 15 years of surveys conducted from 2008 to 2022. Annual nondestructive permanent quadrat observations and line‐transect surveys, carried out perpendicular to the shoreline, were used to assess species composition, coverage, and vertical distribution. Canopy‐forming seaweeds were present at all sites from 2008 to 2015; however, Ecklonia radicosa at the Satsuma‐Nagashima site on Kyushu, facing the open ocean, suddenly disappeared in 2016 and has not recovered since. As this species currently persists only in a nearby semi‐enclosed area, monitoring continues at both the disappeared and remaining locations. Similarly, Ecklonia cava and Eisenia bicyclis at the Shimoda site in central Honshu, facing the Pacific Ocean, gradually declined after 2018 and had completely disappeared by 2022. At the Shizugawa site on the Pacific coast of northern Honshu, the upward shift of Eisenia bicyclis communities to shallower depths—caused by seafloor subsidence following the 2011 earthquake—has persisted, with no recovery at the species' former deepest distribution. Saccharina japonica at the Muroran site in Hokkaido was abundant nearshore but showed considerable interannual variation offshore. At the remaining two sites, Takeno and Awaji‐Yura, located on the coasts of the Sea of Japan and the Pacific Ocean in central Honshu, respectively, Ecklonia and Sargassum communities appeared relatively stable. Nonetheless, shifts in canopy‐forming species were frequently observed, suggesting ongoing gap dynamics driven by community succession and episodic disturbances such as typhoons and heavy rainfall. Over the 15‐year period, canopy‐forming species disappeared from two of the six sites, apparently due to direct or indirect impacts of environmental change. Even at the other four sites, persistent communities were influenced by abiotic and biotic factors, underscoring the need for continued long‐term monitoring.
    Wiley, 2025年12月, Phycological Research
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Christophe Vieira, Shingo Akita, Masahiro Suzuki, Ryuta Terada, Takeaki Hanyuda, Satoshi Shimada, Shinya Uwai, Hiroshi Kawai
    Abstract Japanese Dictyoteae have been documented since 1838, with a historical checklist of 21 names recorded prior to 1990. Persistent misidentifications—particularly of species originally described from Europe and the Americas—have complicated the taxonomy of the group in Japan. We reevaluated historical records and revised the national checklist for Canistrocarpus, Dictyota, Dilophus, and Rugulopteryx using integrated morpho‐genetic analyses. Broad sampling from Hokkaido to Okinawa, including Japanese type localities, together with sequence data from type localities of species described elsewhere but reported in Japan, corrected persistent taxonomic ambiguities. The long‐standing misapplication of the Asian D. dichotoma as D. spathulata was resolved. The revised checklist recognizes 19 species: 17 Dictyota, Canistrocarpus cervicornis, and Rugulopteryx okamurae. Species richness peaks in Kyushu with 15 species, whereas only D. spathulata extends to Hokkaido. Eight taxa appear native to the Northwest Pacific, including D. coriacea, D. haenyeosa, D. spathulata, D. spinulosa, D. sumbisoria, D. taewakia, Dictyota churaumia sp. nov., and R. okamurae. Twelve taxa exhibit broad, transoceanic distributions. We describe Dictyota churaumia sp. nov. and formally report nine species from Japan for the first time: Dictyota acutiloba, D. ceylanica, D. haenyeosa, D. humifusa, D. liturata, D. pfaffii, D. sandvicensis, D. sumbisoria, and D. taewakia. By integrating molecular data with morphological analyses, we resolved major taxonomic misidentifications and implemented the necessary taxonomic treatments (synonymies and typifications) to provide an updated taxonomic framework for the Dictyoteae flora of Japan. The presence of unique morphologies in historical herbarium specimens, coupled with unexplored regions of Japan, indicates a potential for additional, unidentified species.
    Wiley, 2025年10月, Journal of Phycology
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Shinya Hosokawa, Kyosuke Momota, Masaaki Sato, Kenta Watanabe, Yuki Watanabe, Shota Homma, Shota Okura, Shinya Uwai, Taichi Kosako, Yusuke Uchiyama
    Abstract Gene flow is a crucial concept in the delineation of conservation units for natural populations of a species. Seagrasses are marine species targeted for conservation because their abundance has declined worldwide during the last century. However, knowledge of how to delineate seagrass conservation units based on their genetic structure is inadequate. In this study, the genomes of Zostera marina L. (eelgrass) populations in three semi-enclosed areas with different spatial scales in Japan were analyzed using single nucleotide polymorphisms within genome-wide loci, and their genetic structures were explored in the context of their isolation caused by geographical distance and barriers. Isolation by distance was apparent at spatial scales of 200–2000 km. A barrier apparently due to a narrow strait in an area with linear dimensions less than 200 km led to greater genetic isolation than did distance. On a more local scale, we found that heterogeneity among sites and intra-site variability rather than isolation by distance or barriers governed the genetic structure of eelgrass on spatial scales less than ~ 20 km. Our results imply that future seagrass conservation efforts should make more use than before of genomic tools so that greater attention can be focused on the complex structures formed on local scales. Identifying the ecological importance of genetic heterogeneity and the functional meaning of genetic differences on local scales will be among the next challenges to the delineation of seagrass conservation units.
    Springer Science and Business Media LLC, 2025年05月, Estuaries and Coasts, 48(4) (4)
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Masakazu Hoshino, Satoru Tadokoro, Shingo Akita, Shinya Uwai
    2024年09月, Phycological Research
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）
    神戸大学リポジトリ（Kernel）へのリンク

  • Shinya Hosokawa, Kyosuke Momota, Masaaki Sato, Kenta Watanabe, Yuki Watanabe, Shota Homma, Shota Okura, Shinya Uwai, Taichi Kosako, Yusuke Uchiyama
    2024年08月

  • Shinya Uwai, Daisuke Saito, Yoichi Sato
    Abstract To improve the quality and quantity of seaweed mariculture harvests, seedlings are frequently introduced from regions geographically apart from cultivation sites. The effects of such introduction have been insufficiently studied, despite increasing demands on seaweed cultivation as a measure against global warming. We here evaluated the degree of cryptic invasion occurring through mariculture using a brown algal species, Undaria pinnatifida. Cultivated materials used in the Seto Inland Sea, Japan, were introduced from northern Japan in the 1970s. Based on the clear genetic structure among Japanese Undaria populations, we compared mitochondrial haplotypes between wild populations and cultivated materials in the Seto Inland Sea. All cultivated materials analyzed had haplogroups native to northern Japan. Multiple haplogroups were observed in the wild populations, especially those in the eastern Seto Inland Sea, which is exceptional considering the reported genetic structure. Some northern Japan haplotypes were observed both in cultivated materials and wild individuals. A northern Japan haplogroup was predominant at several sites near Undaria-cultivation sites. These results strongly suggested that cryptic invasion through Undaria mariculture occurred here, although its ecological impact remains unclear. There is a clear risk of invasion by mariculture seedlings from other regions, even when native conspecific populations are present.
    Walter de Gruyter GmbH, 2024年06月, Botanica Marina, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Masakazu Hoshino, Kevin C. Wakeman, Aki Kato, Taiju Kitayama, Alison R. Sherwood, Shinya Uwai, Kazuhiro Kogame
    2024年02月, Phycological Research, 72(2) (2), 133 - 148, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）
    神戸大学リポジトリ（Kernel）へのリンク

  • Valérie Stiger-Pouvreau, Lydiane Mattio, Antoine De Ramon N’Yeurt, Shinya Uwai, Herminia Dominguez, Noelia Flórez-Fernández, Solène Connan, Alan T. Critchley
    Springer Science and Business Media LLC, 2023年05月, Journal of Applied Phycology
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Shinya Uwai, Satomi Takagi, Takuma Sekiguchi, Nozomi Emura, Teruwo Morita, Akira Kurashima, Yoichi Sato
    Abstract Genetic structure analyses have yielded some examples of inconsistencies between genetic and morphological information. Here, eleven nuclear microsatellite markers and mitochondrial haplotypes were used to examine the genetic structure and gene flow among Japanese Undaria pinnatifida populations and the congeneric species U. undarioides and U. peterseniana. Undaria pinnatifida was subdivided into four “Groups” of populations based on Bayesian clustering analysis, Neighbor-net analysis and Principal coordinate analysis (PCoA). Undaria undarioides samples formed a unique Group. In contrast, U. peterseniana samples either grouped with a mixture of U. pinnatifida and U. undarioides clusters or were included within one of the U. pinnatifida clusters. More significantly, Groups of populations shared alleles with geographically adjacent Groups even between different morphospecies. No clear differences between the inter-and intra-specific genetic divergence were observed in either nuclear or mitochondrial markers. As a result, U. undarioides and U. peterseniana were synonymized with U. pinnatifida. Isolation-by-distance suggested the significance of geographical isolation for maintaining the observed divergence.
    Walter de Gruyter GmbH, 2023年01月, Botanica Marina
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）
    神戸大学リポジトリ（Kernel）へのリンク

  • M. Nomura, H. Okamura, Y. Horie, C.K. Yap, C. Emmanouil, S. Uwai, H. Kawai
    Elsevier BV, 2022年11月, Chemosphere, 137141 - 137141
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）
    神戸大学リポジトリ（Kernel）へのリンク

  • Masakazu Hoshino, Atsuko Tanaka, Mitsunobu Kamiya, Shinya Uwai, Masanori Hiraoka, Kazuhiro Kogame
    2021年04月, Journal of Phycology, 57(2) (2), 416 - 434, 英語
    研究論文（学術雑誌）

  • Christophe Vieira, Shingo Akita, Shinya Uwai, Takeaki Hanyuda, Satoshi Shimada, Hiroshi Kawai
    Wiley, 2021年02月, Phycological Research, 69(3) (3), 166 - 170, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Hiroshi Kawai, Takeaki Hanyuda, Shingo Akita, Shinya Uwai
    Informa UK Limited, 2020年08月, Applied Phycology, 1(1) (1), 1 - 8, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）
    神戸大学リポジトリ（Kernel）へのリンク

  • Y Homma, S Okuda, M Kasahara, F Takahashi, S Yoshikawa, S Uwai
    Marked seasonality, especially in sexual reproduction, is common among seaweed species along temperate coasts and increases the possibility of successful fertilization in outcrossing species. A phenological shift in reproductive seasons, therefore, could be an effective isolation barrier between conspecific seasonal populations, although its power has not been verified in algae. Sargassum horneri, a major component of seaweed beds along the temperate coast of Japan, is known for variability in its reproductive phenology. To understand the significance of phenological shift as an isolation barrier in seaweed species, phenological investigations of S. horneri seasonal populations on the Sea of Japan coast of central Honshu, Japan, were combined with Bayesian cluster analysis based on a nuclear simple sequence repeat genotype. Results from these analyses concordantly suggest a genetic differentiation between the seasonal populations, although almost 20% of field-collected plants were estimated to be hybrids or have a hybrid origin based on results of Bayesian cluster analyses using experimental hybrids. A collapse of seasonal isolation was also detected at the site of the field investigation, and a high percentage of putative hybrids in the following generation at the site (41%) suggested significant seasonal isolation in the differentiation observed in this study.
    Inter-Research Science Center, 2020年05月, Marine Ecology Progress Series, 642, 103 - 116, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Haplotypic differentiation between seasonal populations of Sargassum horneri (Fucales, Phaeophyceae) in Japan
    Watanabe K, Homma Y, Karakisawa H, Ishikawa R, Uwai S
    2019年01月, Phycological Research, 67(1) (1), 59 - 64, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Wilfred John E. Santiañez, Kyung Min Lee, Shinya Uwai, Akira Kurihara, Paul John L. Geraldino, Edna T. Ganzon-Fortes, Sung Min Boo, Kazuhiro Kogame
    Allen Press Publishing Services, 2018年, Phycologia, 57(1) (1), 61 - 78, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • A late Pleistocene marine glacial refugium in the south‐west of Hainan Island, China: Phylogeographical insights from the brown alga Sargassum polycystum
    Hu Z.-M., Kantachumpoo A., Liu R.-Y., Sun Z.-M., Yao J.-T., Komatsu T., Uwai S., Duan D.-R.
    2018年, Journal of Biogeography, 45, 355 - 366, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • K. Kogame, S. Uwai, R. J. Anderson, H. G. Choi, J. J. Bolton
    Elsevier B.V., 2017年01月, South African Journal of Botany, 108, 337 - 341, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Hiroshi Kawai, Takeaki Hanyuda, Shinya Uwai
    Springer Netherlands, 2016年01月, Seaweed Phylogeography: Adaptation and Evolution of Seaweeds under Environmental Change, 227 - 249, 英語
    [査読有り]
    論文集(書籍)内論文

  • Cladosiphon takenoensis sp. nov. (Ectocarpales s.l., Phaeophyceae) from Japan
    Kawai H., Hanyuda T., Kim S.-H., Ichikawa Y., Uwai S., Peters A.F.
    2016年, Phycological Research, 64, 212 - 218, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Kousuke Yaegashi, Yukimasa Yamagishi, Shinya Uwai, Tsuyoshi Abe, Wilfred John Eria Santianez, Kazuhiro Kogame
    2015年10月, BOTANICA MARINA, 58(5) (5), 331 - 343, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Kazuhiro Kogame, Shozo Ishikawa, Kei Yamauchi, Shinya Uwai, Akira Kurihara, Michio Masuda
    2015年07月, PHYCOLOGICAL RESEARCH, 63(3) (3), 167 - 177, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Attachai Kantachumpoo, Shinya Uwai, Thidarat Noiraksar, Teruhisa Komatsu
    2015年06月, OCEAN SCIENCE JOURNAL, 50(2) (2), 251 - 262, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Mark D. Rothman, Lydiane Mattio, Thomas Wernberg, Robert J. Anderson, Shinya Uwai, Margaret B. Mohring, John J. Bolton
    2015年04月, Journal of Phycology, 51(2) (2), 236 - 246, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Attachai Kantachumpoo, Shinya Uwai, Thidarat Noiraksar, Teruhisa Komatsu
    2014年04月, Journal of Applied Phycology, 26(2) (2), 1301 - 1308, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Zi-Min Hu, Shinya Uwai, Shen-Hui Yu, Teruhisa Komatsu, Tetsuro Ajisaka, De-Lin Duan
    2011年09月, Molecular Ecology, 20(18) (18), 3894 - 3909, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Atsuko Tanaka, Shinya Uwai, Wendy Nelson, Hiroshi Kawai
    2010年02月, European Journal of Phycology, 45(1) (1), 109 - 117, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Kei Kimura, Chikako Nagasato, Shinya Uwai, Taizo Motomura
    2010年, Cytologia, 75(4) (4), 353 - 361, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Shinya Uwai, K. Kogame, G. Yoshida, H. Kawai, T. Ajisaka
    2009年04月, Marine Biology, 156(5) (5), 901 - 911, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Origin and dynamics of the introduced populations of Undaria pinnatifida (Phaeophyceae) and detection of introduced populations of Ulva spp. (Ulvophyceae) by the analyses using molecular markers
    Hiroshi Kawai, Shinya Uwai, Takeaki Hanyuda, Kiyonori Nakamura, Satoshi Shimada, Judie Broom, Wendy Nelson, Frederique Viard
    2009年, Japanese Journal of Ecology, 59(2) (2), 145 - 152, 日本語
    研究論文（学術雑誌）

  • 遺伝子マーカーを用いた褐藻ワカメ移入集団の起源・動態解析と緑藻アオサ類移入集団の検出
    川井浩史, 上井進也, 羽生田岳昭, 中村規代典, 嶌田智, Broom J., Nelson W., Viard F.
    2009年, 日本生態学会誌, 59, 145 - 152, 日本語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Teruhisa Komatsu, Daisuke Matsunaga, Atsuko Mikami, Tatsuyuki Sagawa, Etienne Boisnier, Kenichi Tatsukawa, Masakazu Aoki, Tetsuro Ajisaka, Shinya Uwai, Katsuhiko Tanaka, Kenichi Ishida, Hideaki Tanoue, Takashige Sugimoto
    2008年10月, JOURNAL OF APPLIED PHYCOLOGY, 20(5) (5), 801 - 809, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Shinya Uwai, Shogo Arai, Teruwo Morita, Hiroshi Kawai
    2007年12月, Phycological Research, 55(4) (4), 263 - 271, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Ajisaka T., Kim S.-H., Uwai S., Kawai H.
    The new species Cladosiphon umezakii Ajisaka (Ectocarpales, Phaeophyceae) is described from Japan based on morphology and DNA sequences. The species resembles Cladosiphon okamuranus Tokida in its gross morphology; somewhat slimy, cylindrical, multiaxial and sympodial erect thallus, arising from a small disc-shaped holdfast, and branching once to twice. However, C. umezakii has considerably longer assimilatory filaments (up to 840 mu m long, composed of up to 90 cells) than any known taxa of the genus. The species is a winter to spring annual, growing on lower intertidal to subtidal rocks of more or less exposed sites on the north-eastern coast of Kyushu and on both the Pacific and the Sea of Japan coasts of Honshu. Specimens from the Sea of Japan coast had both unilocular and plurilocular zoidangia, whereas those from Kyushu and from the Pacific had only unilocular zoidangia. Unilocular zoidangia were formed on the basal part of assimilatory filaments, and plurilocular ones were transformed from the distal part of assimilatory filaments. DNA sequences of the Rubisco-spacer (rbc-spacer) region and the nuclear rDNA ITS region (ITS1, 5.8S and ITS2) supported the distinctness of the species.
    BLACKWELL PUBLISHING, 2007年09月, PHYCOLOGICAL RESEARCH, 55(3) (3), 193 - 202, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Tanaka A., Nagasato C., Uwai S., Motomura T., Kawai H.
    2007年09月, PHYCOLOGICAL RESEARCH, 55(3) (3), 203 - 213, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Kathy Ann Miller, John M. Engle, Shinya Uwai, Hiroshi Kawai
    2007年07月, Biological Invasions, 9(5) (5), 609 - 613, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • メキシコ太平洋岸における褐藻シダモクの新記録
    L.E. Aguilar-Rosas, R. Aguilar-Rosas, H. Kawai, S. Uwai, E. Valenzuela-Espinoza
    2007年, Algae, 22, 17 - 21, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Ohtani M., Ohmi T., Uwai S., Hanyuda T, Prabowo R.E., Yamaguchi T, Kawai H.
    The occurrence and diversity of barnacles attached to the hulls of two intercontinental bulk carriers were studied at the port in Osaka Bay, Japan, to assess the potential risk of introduction of exotic species to the inner part of the bay. Barnacles were sampled from the bulbous bows, near the midship draft marks, and around the propeller posts and rudders. Twenty-two species were found, with 14 of these not previously recorded in Osaka Bay, including four species not previously recorded elsewhere in Japan. From an assessment of environmental similarity between Osaka Bay and native ranges, of the 14 species, Elminius modestus and Amphibalanus variegatus were considered to have the highest risk of introduction to the inner part of the bay.
    TAYLOR & FRANCIS LTD, 2007年, BIOFOULING, 23(4) (4), 277 - 286, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Shinya Uwai, Wendy Nelson, Kate Neill, Wei Ding Wang, Luis E. Aguilar-Rosas, Sung Min Boo, Taiju Kitayama, Hiroshi Kawa
    2006年11月, Phycologia, 45(6) (6), 687 - 695, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Uwai S., Yotsukura N., Serisawa Y., Muraoka D., Hiraoka M., Kogame K.
    2006年01月, Hydrobiologia, 553, 345 - 356, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Kogame K., Uwai S., Shimada S., Masuda M.
    The presence or absence of gamete fusion in the dioecious and isogamous brown alga Scytosiphon lomentaria (Scytosiphonaceae, Phaeophyceae) was investigated for thalli collected from three localities, Oshoro, Asari and Muroran in Hokkaido, northern Japan. Both sexual and asexual thalli were found in each locality. These sexual (35 samples) and asexual thalli (15 samples) were used to establish unialgal cultures. ITS2 sequences were determined in all cultures, the rbcL-spacer-S in 14, and cox3 in 25 cultures. Thirteen haplotypes (A1-4, B; C1-4 D E1-3) were found in ITS2 sequences (241-252 bp). Ten haplotypes (A1-4, B, C1-4 and D) were found in sexual samples: haplotypes A and B were found in Oshoro, C and D in Asari, and C in Muroran. Haplotypes E1-3 were found in asexual samples. Sequence divergence values (including gap information) were less than 4.03% among sexual samples (A, B C and D types), 0.38-0.77% among asexual samples (E types) and 4.39-5.70% between sexual and asexual samples. In the mitochondrial cox3 gene region (543 bp), six haplotypes (K 1-3, L, M and N) were obtained. Cox3-K types were found in samples of ITS2-A types, cox3-L type in ITS2-B type, cox3-M type in ITS2-C and D types, and cox3-N type in ITS2-E types. For cox3 sequences, nucleotide differences were 0.18-4.42% among sexual samples (K, L and M types), but 8.66-10.31% between sexual and asexual samples (N type). In partial rbcL (174 bp)-spacer (188 bp)-partial rbcS (90 bp) sequences, six haplotypes (R-W) were found although there were 1-4 bp nucleotide differences among these haplotypes. R, U and W types were found in sexual samples, and S, T and V types in asexual samples. Results of the sequence analyses suggest that our presumed asexual thalli are genetically different from sexual thalli and may be derived from populations that lack sexual reproduction.
    TAYLOR & FRANCIS LTD, 2005年08月, EUROPEAN JOURNAL OF PHYCOLOGY, 40(3) (3), 313 - 322, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • S Uwai, C Nagasato, T Motomura, K Kogame
    2005年05月, European Journal of Phycology, 40(2) (2), 179 - 194, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Taxonomic notes on marine algae from Malaysia. X. Four species of Dasya (Rhodophyceae), with the descriptions of Dasya longifila sp nov and D-malaccensis sp nov.
    M Masuda, S Uwai, K Kogame, S Kawaguchi, SM Phang
    2003年05月, BOTANICA MARINA, 46(3) (3), 243 - 255, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Y Yamagishi, M Masuda, T Abe, S Uwai, K Kogame, S Kawaguchi, SM Phang
    2003年, BOTANICA MARINA, 46(6) (6), 534 - 547, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Shinya Uwai, Kazuhiro Kogame, Michio Masuda
    Blackwell Publishing, 2002年, Phycological Research, 50(3) (3), 217 - 225, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • S Uwai, K Kogame, M Masuda
    2001年05月, European Journal of Phycology, 36(2) (2), 103 - 111, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Kazuhiro Kogame, Shinya Uwai, Shigeo Kawaguchi
    Blackwell Publishing, 2001年, Phycological Research, 49(4) (4), 281 - 284, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • A taxonomic study of the Elachista taeniaeformis complex and E-vellosa from the western Pacific (Elachistaceae, Phaeophyceae)
    S Uwai, K Kogame, M Masuda
    2001年01月, PHYCOLOGIA, 40(1) (1), 67 - 77, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • S. Uwai, K. Kogame, M. Masuda
    Blackwell Publishing, 2000年, Phycological Research, 48(4) (4), 267 - 279, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Kintarosiphonia (Rhodomelaceae, Ceramiales), a new red algal genus based on Pterosiphonia fibrillosa Okamura from Japan
    S Uwai, M Masuda
    1999年05月, PHYCOLOGIA, 38(3) (3), 225 - 233, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Shinya Uwai, Michio Masuda
    Blackwell Publishing, 1999年, Phycological Research, 47(2) (2), 125 - 133, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Shinya Uwai, Michio Masuda
    Blackwell Publishing, 1999年, Phycological Research, 47(4) (4), 241 - 250, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Michio Masuda, Shinya Uwai, Kazuhiro Kogame
    Blackwell Publishing, 1998年, Phycological Research, 46(4) (4), 239 - 251, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

■ MISC
  • 5) 植生の特徴と現存量の変化; 6) 15年間の藻場生態系モニタリングで確認された変化; 7) 藻場生態系のまとめと展望
    寺田竜太, 川井浩史, 倉島彰, 坂西芳彦, 島袋寛盛, 田中次郎, 阿部拓三, 上井進也, 長里千香子
    環境省自然環境局生物多様性センター, 2025年03月, モニタリングサイト1000沿岸域調査 磯・干潟・アマモ場・藻場 2008-2022年度とりまとめ報告書, 266 - 282, 日本語, 国際共著していない
    その他

  • 4. 藻場生態系
    寺田竜太, 川井浩史, 倉島彰, 坂西芳彦, 島袋寛盛, 田中次郎, 阿部拓三, 上井進也, 長里千香子
    環境省自然環境局生物多様性センター, 2025年03月, モニタリングサイト1000沿岸域調査 磯・干潟・アマモ場・藻場 2008-2022年度とりまとめ報告書, 230 - 235, 日本語, 国際共著していない
    その他

  • ２）各サイトの状況：竹野サイト；淡路由良サイト
    上井進也, 川井浩史
    環境省自然環境局生物多様性センター, 2025年03月, モニタリングサイト1000沿岸域調査 磯・干潟・アマモ場・藻場 2008-2022年度とりまとめ報告書, 252 - 259, 日本語, 国際共著していない
    その他

  • 水産研究のフロントから 神戸大学内海域環境教育研究センター マリンサイト
    上井 進也
    2022年07月15日, 日本水産学会誌, 88(4) (4), 313 - 313
    その他

  • 外来種になった日本の海藻類--遺伝子からみたその起源と動態 (海洋環境研究の新たな展開--生態系管理の視点)
    川井 浩史, 上井 進也, 羽生田 岳昭
    国際環境研究協会, 2011年, 地球環境, 16(1) (1), 45 - 52, 日本語

  • ホンダワラ類流れ藻の生態学的特徴(シンポジウム:海洋生物の漂流-沿岸からの輸送と生態-)
    小松 輝久, 三上 温子, 鰺坂 哲朗, 上井 進也, 青木 優和, 田中 克彦, 福田 正浩, 國分 優孝, 田中 潔, 道田 豊, 杉本 隆成
    海面に浮遊している藻類や海草のパッチは流れ藻と呼ばれ,世界の海で見られる.日本周辺では,ホンダワラ類がそのほとんどを占めている.ホンダワラ類は,葉が変形し,内部にガスを貯め浮力を得ることのできる気胞を有しており,繁茂期には数メートルにまで成長する.沿岸から波などにより引き剥がされた後,その多くは海面を漂流し,流れ藻となる.東シナ海の流れ藻の起源を,固着期と流れ藻期のアカモクの分布調査,遺伝子解析,衛星位置追跡ブイ調査をもとに推定した.その結果,中国浙江省沖合域の島嶼沿岸から流出している可能性が示された.ホンダワラ類の流れ藻は,漂流中も光合成,成長などの生物活動を行っている.伊豆半島下田地先のガラモ場での現地調査および陸上水槽実験を通じて,流れ藻の発生時期とその量,成長,成熟,光合成速度,浮遊期間を調べた.最後に,ホンダワラ類にとっての流れ藻期の生態的意義について議論した.
    日本海洋学会沿岸海洋研究部会, 2009年, 沿岸海洋研究, 46(2) (2), 127 - 136, 日本語

  • 日本のワカメは外国の海に侵入したか―分子系統地理学的知見―
    川井浩史, 上井進也, 北山太樹, Wendy Nelson, Kate Neill, 夫性民
    2008年, 海藻資源, (19) (19), 38, 日本語
    速報，短報，研究ノート等（大学，研究機関紀要）

  • 大型海藻類の大陸間越境移動--遺伝子マーカーを用いた移入集団の起源と拡散経路の解析 (特集 海洋生物の越境移入と沿岸生態系の撹乱)
    川井 浩史, 上井 進也, 羽生田 岳昭
    生物研究社, 2007年06月, 海洋と生物, 29(3) (3), 212 - 220, 日本語

  • アカモク・シダモク種群における集団間の遺伝的多様性について (ホンダワラ類--分布と生態)
    上井 進也, 小亀 一弘, 吉田 吾郎
    海洋出版, 2005年07月, 海洋, 37(7) (7), 466 - 470, 日本語

  • 藻場生態系の維持と再生 ホンダワラ類(褐藻類)の形態変異の研究-特に気胞について-
    鯵坂哲朗, 新井章吾, 石樋由香, 上井進也, 小亀一弘
    2004年, 月刊海洋, 36(11) (11)

■ 書籍等出版物
  • 佐渡市レッドデータブック
    上井進也
    分担執筆, 海藻類（クロメ、スギモク）, 佐渡市, 2022年04月

■ 講演・口頭発表等
  • 瀬戸内海東部の海藻の多様性について〜ワカメ・ヒロメの遺伝的多様性を中心に
    上井進也
    南紀生物同好会2025年度秋の研究発表大会, 2025年12月, 日本語
    [招待有り]
    口頭発表（招待・特別）

  • 瀬戸内海沿岸におけるワカメの遺伝的構造について
    上井進也, 星野雅和, 焦天怡, 白樫真, 伊藤龍星, Shan Tifeng, 斎藤大輔, 佐藤陽一
    日本藻類学会第49回大会ー沖縄2025ー, 2025年03月, 日本語, 国内会議, 国際共著している
    ポスター発表

  • 藻場におけるモニタリング方法
    上井進也
    竹野における藻場保全に関する勉強会, 2025年02月, 日本語, 国内会議, 国際共著していない
    [招待有り]
    シンポジウム・ワークショップパネル（指名）

  • 大阪湾の地域ごとの海域環境と藻場に与える影響
    上井 進也
    大阪湾ブルーカーボン生態系アライアンス（MOBA）第１回ワーキング, 2024年09月, 日本語, 国内会議, 国際共著していない
    [招待有り]
    公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等

  • KU-MACC ~ a macroalgal culture collection in Japan" Mini Symposium Algal culture collection".
    Uwai S., Hoshino M., Kawai H.
    9th Asian Pacific Phycological Forum. Hokkaido University, Sapporo, Japan, 2024年04月, 英語, 国際会議, 国際共著していない
    [招待有り]
    シンポジウム・ワークショップパネル（指名）

  • Genetic diversity of Undaria populations in Seto Inland Sea, an enclosed coastal sea of Japan
    Uwai S., Hoshino M., Saito D., Jiao T., Sato Y.
    9th Asian Pacific Phycological Forum. Hokkaido University, Sapporo, Japan, 2024年04月, 英語, 国際会議, 国際共著していない
    ポスター発表

  • 一塩基多型にもとづく瀬戸内海のワカメの遺伝的多様性の解析
    上井進也, 斎藤大輔, 佐藤陽一
    本藻類学会第47回大会．北海道大学（オンライン）, 2023年03月
    ポスター発表

  • 海藻にみられる集団構造は何を教えてくれるのか
    上井進也
    2022年度藻類談話会, 2022年11月
    [招待有り]
    口頭発表（招待・特別）

  • 環境省モニタリングサイト1000沿岸域調査における藻場のモニタリング 2021年の成果
    寺田竜太, 阿部拓三, 神谷充伸, 川井浩史, 倉島彰, 長里千香子, 坂西芳彦, 島袋寛盛, 田中次郎, 上井進也, 青木美鈴
    日本藻類学会第46回大会 福井（オンライン）, 2022年03月, 日本語
    ポスター発表

  • 天然ワカメ集団における養殖の遺伝的影響について
    上井進也, 斎藤大輔, 羽生田岳昭, 高木聖実, 辰野敦俊, 佐藤陽一
    日本藻類学会第46回大会 福井（オンライン）, 2022年03月, 日本語
    ポスター発表

  • 褐藻アカモクの季節集団間にみられる遺伝的分化について
    本間由莉, 奥田修二郎, 笠原賢洋, 高橋文雄, 吉川伸哉, 上井進也
    日本植物学会第83回大会, 2019年09月, 日本語
    ポスター発表

■ 共同研究・競争的資金等の研究課題
  • 瀬戸内海の褐藻ワカメ集団の起源ー系統地理解析と人為的導入の影響評価
    上井 進也
    日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 基盤研究(C), 神戸大学, 2022年04月01日 - 2025年03月31日

  • 褐藻アカモクにおける生殖隔離機構の解明
    上井 進也
    日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 基盤研究(C), 神戸大学, 2019年04月01日 - 2022年03月31日
    本課題により、褐藻アカモクにおける同所的な季節性集団が遺伝的分化を伴うものであることが確認され、それと同時に一定の遺伝子流動を持ちながら、それぞれの固有性を維持していることが明らかになった。培養実験の結果から、季節集団の成熟時期の違いは光周性の違いにより説明でき、また季節集団間の交雑個体が稔性をもつことも確認された。これらの結果は野外サンプルの成熟時期の観察や遺伝的解析結果と矛盾しない。また、新潟と瀬戸内海という異なる地域の季節性集団が遺伝的に大きく異なることも確認され、瀬戸内海のアカモクの遺伝的距離に比べると、新潟の季節性集団間の遺伝的距離は非常に小さいものであった。

  • 海藻類における成熟時期多型の維持機構の解明
    上井 進也, 吉川 伸哉, 本間 由莉, 渡辺 幸平
    日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 基盤研究(C), 新潟大学, 2014年04月01日 - 2018年03月31日
    褐藻アカモクは、10m以上にまで成長することもある1年生の海藻である。新潟県沿岸においては1～6月までアカモクの成熟が見られる。本研究は、この長い繁殖期の実態の解明と、集団分化に及ぼす影響を解明することを目的とした。 野外調査の結果、新潟県沿岸の地点ごとに成熟期間が異なっていることを確認できた。また培養実験の結果から、春成熟個体と冬成熟個体では光周性が異なることを確認した。遺伝的にはミトコンドリアマーカーを用いた解析でも、核マイクロサテライトマーカーを用いた解析でも、冬（1－3月）と春（4－6月）成熟集団の間に明確な遺伝的分化が確認され、さらに、それぞれの季節の中で地点間の分化も確認された。

  • 東シナ海流れ藻の起源とＦａｔｅ
    小松 輝久, 青木 優和, 鯵坂 哲朗, 石田 健一, 道田 豊, 上井 進也, 宍道 敏弘, 安倍 弘, 立川 賢一
    日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 基盤研究(A), 東京大学, 2010年04月01日 - 2015年03月31日
    東シナ海では、流れ藻はサンマ等の産卵基質、ブリ等の稚魚の生息場となっている。研究船による2010-2012年の各2-3月に流れ藻の目視・採集調査を行い、流れ藻がアカモクというホンダワラ科海藻のみによって構成されていること、黒潮前線から西の大陸棚上に主に分布することを明らかにした。東シナ海沿岸のアカモクの分布を、中国、台湾、韓国の研究者と調べ、アカモクの遺伝子情報を蓄積し、出版した。流れ藻の食物連鎖や生物相、浮遊期間を調べた。数値モデルでアカモクに見立てた粒子の時間を遡る追跡実験により、中国沿岸がアカモクの起源と推定した。着底トロールにより流れ藻が海底に堆積していることを明らかにした。

  • 褐藻ワカメにおける温度要求性と集団間の遺伝的分化の相関
    上井 進也
    日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 若手研究(B), 新潟大学, 2008年 - 2010年
    北関東地方の野生ワカメ集団の遺伝的構造についてミトコンドリアマーカーおよび核ゲノムコードのマイクロサテライトマーカーを用いて解析を行った。小名浜、十王、大洗、銚子、勝浦の5集団のそれぞれから30-50個体を採集し、解析にかけた。ミトコンドリアにおいても核マイクロサテライトマーカーにおいても、小名浜集団は、マイクロサテライトでFst 値が0.46-0.56と、他の4集団との間に顕著な分化をしめした。小名浜集団は、ミトコンドリアハプロタイプにおいては、他の4集団との間に共通するものはみられなかったが、マイクロサテライトの対立遺伝子においては、特に十王や大洗と共通するものが見られた。これらの結果は、ミトコンドリアマーカーの解析から知られていた遺伝的構造が核ゲノムにおいてもみられること、また卵配偶を行う本種における遺伝子流動が、メス配偶子や遊走子よりも、雄配偶子において生じていることを示唆している。

  • 東シナ海沿岸域におけるガラモ場の分布とその流れ藻への寄与
    小松 輝久, 青木 優和, 鰺坂 哲朗, 石田 健一, 道田 豊, 上井 進也
    日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 基盤研究(B), 東京大学, 2007年 - 2010年
    東シナ海においてブリやマアジの稚魚の生育場として流れ藻は重要な役割をはたしている.しかし,流れ藻についての知見は今までほとんどなかった.そこで,東シナ海の流れ藻の分布,生態,供給源について調べた.その結果,流れ藻がホンダワラ類のアカモクのみから構成されていること,黒潮フロントよりも大陸側に多数分布すること,中国浙江省沖合の島のガラモ場ではアカモクが卓越し,供給源となっていることを明らかにした.

  • 日本産大型褐藻の種内の遺伝的多様性の解析
    上井 進也
    日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 特別研究員奨励費, 2003年 - 2005年
    アカモク・シダモク種群における集団間の遺伝的多様性について、これまで用いてたミコトンドリアゲノム由来のマーカーに加え、核ゲノム由来のマーカーをSSCP法を用いた解析により導入し、これまで別種とされてきたアカモクとシダモクの間に雑種とみられる個体が存在することを確認した。またミトコンドリアマーカーによる解析についてもnested clade analysisという統計的手法を用い、より詳細に日本沿岸のアカモク・シダモク種群の系統地理について解析をおこない、最終氷期以降本種群が日本沿岸において気候変動の経影響を強く受けて集団サイズの変動を繰り返してきたことをあきらかにした。 また日本沿岸において様々な魚種の稚魚の生育場所として水産的重要性が認識されている流れ藻がどこから流れてくるか、といり問題について、アカモク集団間の遺伝的変異の地埋的分布を利用した推定を試み、東シナ海のアカモク流れ藻集団、日本沿岸のアカモク固着集団、中国上海沖の流れ藻の起源地といわれている乗四諸島の固着集団を比較した。その結果従来言われてきた説とは異なり、乗四諸島は東シナ海の流れ藻の起源地としては考えにくいことが明らかになった。また九州沿岸や高知沖で採集されたアカモク流れ藻集団同士をくらべ、従来いわれてきたように沿岸域と沖合の流れ藻では地埋的起源が異なること、また同じ海域でも一か月の差で流れ藻の遺伝的組成が大きく異なることを明らかにした。 ワカメ属の種間雑種の解析では、ワカメ、アオワカメ、ヒロメの3種についてマイクロサテライトによる解析を導入し、ワカメについて開発されたマイクロサテライト遺伝子座のいくつかについてヒロメ、アオワカメでも利用可能のであることを確かめた。

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