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石川 亮
大学院農学研究科 資源生命科学専攻
准教授

研究者基本情報

■ 学位
  • 博士（バイオサイエンス）, 奈良先端科学技術大学院大学
■ 研究ニュース
■ 研究キーワード
  • 植物育種学
■ 研究分野
  • 環境・農学 / 遺伝育種科学
■ 委員歴
  • 2024年04月 - 現在, 日本育種学会, 会計担当
  • 2020年12月 - 現在, Genetica, Editorial Board of Genetica
  • 2014年04月 - 2016年03月, 近畿作物育種学会, シンポジウム委員

研究活動情報

■ 受賞
  • 2023年10月 神戸大学農学部六篠会, 六篠論文賞

  • 2018年09月 日本育種学会, 第134回講演会日本育種学会優秀発表賞 (2), Exomeと果実・葉形状にみる日本のウメの多様性
    沼口孝司, 赤木剛士, 北村祐人, 大江孝明, 石川亮, 石井尊生
    国内学会・会議・シンポジウム等の賞

  • 2018年09月 日本育種学会, 第134回講演会日本育種学会優秀発表賞, ジャポニカ型栽培イネ（日本晴）の非脱粒性に関与する新規遺伝子座の離層形成への効果
    杉山 昇平, 辻村 雄紀, 大塚 宏太郎, Htun, Than Myint, 石井 尊生, 石川 亮
    国内学会・会議・シンポジウム等の賞

  • 2017年11月 公益財団法人 農学会, 第16回日本農学進歩賞, 栽培イネの成立に関与した遺伝子の同定と栽培化過程の解明
    石川亮
    国内学会・会議・シンポジウム等の賞

  • 2016年09月 日本育種学会, 第130回講演会日本育種学会優秀発表賞, Oryza rufipogonとインディカ型栽培イネ（カサラス）の戻し交雑集団を用いた種子脱粒性に関する新規遺伝子座の探索
    岡 佑美, 竹中 祥尭, 高間 菜摘, 井上 千鶴, Than Myint Htun, 辻村 雄紀, 石井 尊生, 石川 亮
    国内学会・会議・シンポジウム等の賞

  • 2014年09月 日本育種学会, 第126回講演会日本育種学会優秀発表賞, 野生イネ(Oryza rufipogon)の遺伝的背景における種子脱粒性遺伝子座間の相互作用と離層形態
    井上 千鶴, Than Myint Htun, 井上 加奈子, 池田 健一, 石井 尊生, 石川 亮
    国内学会・会議・シンポジウム等の賞

  • 2014年03月 日本育種学会, 第125回講演会日本育種学会優秀発表賞, 野生イネ(Oryza rufipogon)の遺伝的背景における種子脱粒性遺伝子座間の相互作用
    井上 千鶴, Than Myint Htun, 石井 尊生, 石川 亮
    国内学会・会議・シンポジウム等の賞

■ 論文
  • Zin Mar Myint, Yohei Koide, Wakana Takanishi, Tomohito Ikegaya, Choi Kwan, Kiwamu Hikichi, Yoshiki Tokuyama, Shuhei Okada, Kazumitsu Onishi, Ryo Ishikawa, Daisuke Fujita, Yoshiyuki Yamagata, Hideo Matsumura, Yuji Kishima, Akira Kanazawa
    2024年05月, iScience, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Evaluation of agricultural characteristics among local rice varieties collected more than half-century ago in Indochinese countries
    Sathya Lim, Chhourn Orn, Hiroki Saito, Ryo Ishikawa, Yutaka Sato, Takashige Ishii
    2024年, Journal of Crop Research, 69, 1 - 7, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Ryo Ishikawa
    2024年, Breeding Science, 74(4) (4), 285 - 294, 英語
    [査読有り][招待有り]
    研究論文（学術雑誌）
    神戸大学リポジトリ（Kernel）へのリンク

  • Phuong Dang Thai Phan, Akinori Nishimura, Chika Yamamoto, Pham Thien Thanh, Toshihiro Niwa, Yaddehige Priya Jayantha Amarasinghe, Ryo Ishikawa, Takashige Ishii
    Japanese Society of Breeding, 2023年09月, Breeding Science, 73(4) (4), 373 - 381, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）
    神戸大学リポジトリ（Kernel）へのリンク

  • Koji Numaguchi, Tomoaki Kashiwamoto, Ryo Ishikawa, Takashige Ishii, Yuto Kitamura
    2023年08月, Horticulturae, 9(8) (8), 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）
    神戸大学リポジトリ（Kernel）へのリンク

  • Shohei Sugiyama, Motoki Sakuta, Yuki Tsujimura, Yudai Yamaguchi, Than Myint Htun, Chizuru Inoue, Koji Numaguchi, Takashige Ishii, Ryo Ishikawa
    Asian rice (Oryza sativa) was domesticated from O. rufipogon, and reduced seed-shattering behaviour was selected to increase yields. Two seed-shattering loci, qSH3 and sh4, are involved in reducing seed shattering in both japonica and indica rice cultivars, while qSH1 and qCSS3 are likely specific to japonica cultivars. In indica cultivars, qSH3 and sh4 fail to explain the degree of seed shattering, as an introgression line (IL) of O. rufipogon W630 carrying domesticated alleles at qSH3 and sh4 still showed seed shattering. Here we analysed differences in seed-shattering degree between the IL and the indica cultivar IR36. The values for grain detachment in the segregating population between the IL and IR36 were continuous. Based on QTL-seq analysis using the BC1F2 population between the IL and IR36, we detected two novel loci, qCSS2 and qCSS7 (QTLs for the Control of Seed Shattering in rice on chromosomes 2 and 7), which contributed to the reduced seed shattering in IR36. We further investigated the genetic interaction of qCSS2 and qCSS7 under the presence of qSH3 and sh4 mutations in O. rufipogon W630 and found that IL carrying IR36 chromosomal segments covering all four loci are required to explain seed-shattering degree in IR36. Since qCSS2 and qCSS7 were not detected in previous studies on seed shattering in japonica, their control may be specific to indica cultivars. Therefore, they are important to understanding the history of rice domestication as well as to adjusting the seed-shattering degree of indica cultivars to maximise their yield.
    2023年05月, Molecular Genetics and Genomics, 英語, 国際誌
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）
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  • Sathya Lim, Anna Onoda, Chhourn Orn, Hiromu Iwamoto, Ryo Ishikawa, Hiroki Saito, Yutaka Sato, Takashige Ishii
    More than half-century ago, local rice varieties were collected from Indochinese countries (Cambodia, Thailand, Laos, and Vietnam). Of these, 162 local varieties were examined for 7 grain-size traits: seed length/width/thickness, brown rice length/width/thickness, and 100-seed weight. Since these traits varied considerably, a survey of functional mutations was performed in the genes related to these traits. In total, 19 markers (12 InDel and 7 dCAPS markers) were used to investigate the mutations at 14 grain-size loci of GW2, GS2, qLGY3, GS3, GL3.1, TGW3, GS5, GW5, GS6, TGW6, GW6a, GLW7, GL7, and GW8. Significant allele effects were observed with six markers detecting base substitution mutations at GW2 and GS3 and insertion/deletion mutations at GS5, GW5, and GW6a, suggesting that these mutations might have affected the grain trait and caused variation among local varieties in the Indochinese countries. In addition to grain size, the hull color, grain color, and glutinosity were also examined using a survey of loss-of-function mutations at major responsible loci. Most phenotypes were reflected based on functional mutations at these loci. Since the local varieties have wide genetic variation, they are important genetic resources for future rice breeding.
    2022年12月, Plants (Basel, Switzerland), 12(1) (1), 133, 英語, 国際誌
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）
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  • Ryo Ishikawa, Cristina Cobo Castillo, Than Myint Htun, Koji Numaguchi, Kazuya Inoue, Yumi Oka, Miki Ogasawara, Shohei Sugiyama, Natsumi Takama, Chhourn Orn, Chizuru Inoue, Ken-Ichi Nonomura, Robin Allaby, Dorian Q Fuller, Takashige Ishii
    Asian rice (Oryza sativa L.) is consumed by more than half of the world's population. Despite its global importance, the process of early rice domestication remains unclear. During domestication, wild rice (Oryza rufipogon Griff.) acquired non-seed-shattering behavior, allowing humans to increase grain yield. Previous studies argued that a reduction in seed shattering triggered by the sh4 mutation led to increased yield during rice domestication, but our experiments using wild introgression lines show that the domesticated sh4 allele alone is insufficient for shattering loss in O. rufipogon. The interruption of abscission layer formation requires both sh4 and qSH3 mutations, demonstrating that the selection of shattering loss in wild rice was not as simple as previously suggested. Here we identified a causal single-nucleotide polymorphism at qSH3 within the seed-shattering gene OsSh1, which is conserved in indica and japonica subspecies but absent in the circum-aus group of rice. Through harvest experiments, we further demonstrated that seed shattering alone did not significantly impact yield; rather, yield increases were observed with closed panicle formation controlled by SPR3 and further augmented by nonshattering, conferred by integration of sh4 and qSH3 alleles. Complementary manipulation of panicle shape and seed shattering results in a mechanically stable panicle structure. We propose a stepwise route for the earliest phase of rice domestication, wherein selection of visible SPR3-controlled closed panicle morphology was instrumental in the sequential recruitment of sh4 and qSH3, which together led to the loss of shattering.
    2022年06月, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 119(26) (26), e2121692119, 英語, 国際誌
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）
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  • Miki Ogasawara, Naoya Miyazaki, Gotaro Monden, Kenta Taniko, Sathya Lim, Masahide Iwata, Takashige Ishii, Jian Feng Ma, Ryo Ishikawa
    2021年09月, Theoretical and Applied Genetics, 134(9) (9), 3013 - 3022, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）
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  • Yaddehige P.J. Amarasinghe, Mitsuharu Otsuka, Sathya Lim, Ryo Ishikawa, Takashige Ishii
    AbstractCultivated rice (Oryza sativa L.) was domesticated from the Asian wild species O. rufipogon. Compared with cultivated rice, wild rice has spikelets/seeds with long barbed awns. In order to evaluate the role of awns in wild rice, four seed groups with different awn lengths (full, half, quarter and no awns) were prepared, and the following seed dispersal movements were investigated under simulated natural conditions as observed in the tropical Asian habitat: (1) seed detachment from the parent plant; (2) falling angle of mature seed; (3) ability to slip into small spaces; (4) horizontal movement on the ground and (5) horizontal movement in water. As a result, awns were found to enhance the detachment of matured seeds from the panicles in the initial seed dispersal step. They regulated vertical orientation in the air, and the vertical form may enable seeds to squeeze to the ground. The awned seeds also showed advantages in horizontal movements on the ground and in the water. In most of the experiments, seeds with full awns showed the best performance for seed dispersal, suggesting that wild rice keeps long awns to survive under natural conditions. Since seed awning is dominantly controlled by wild functional alleles at several loci, wild rice may be able to prevent a drastic reduction of awn length.
    Cambridge University Press (CUP), 2020年12月, Seed Science Research, 30(4) (4), 319 - 324
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）
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  • Yaddehige Priya Jayantha Amarasinghe, Rie Kuwata, Akinori Nishimura, Phuong Dang Thai Phan, Ryo Ishikawa, Takashige Ishii
    BACKGROUND: Awns are bristle-like organs at the tips of the glumes. Wild rice has maintained long awns for successful seed propagation through seed dispersal. Seed awning is an interesting trait in rice domestication. Long awns might have been beneficial for seed gatherers in the initial phase of domestication; however, awnless phenotypes were preferably selected in a later phase with non-seed-shattering plants. Investigation of domestication loci associated with awnlessness in cultivated rice will be useful in clarifying the process and history of rice domestication. RESULTS: Quantitative trait locus (QTL) analysis for seed awning was carried out using a BC3F2 population between Oryza sativa IR36 (a cultivated donor parent with awnless phenotype) and O. rufipogon W630 (a wild recurrent parent with awns). As a result, two QTLs on chromosome 4 (corresponding to An-1 and LABA1) and one on chromosome 2 (designated as qAWNL2) were detected. Gene interaction among three seed-awning QTLs were further examined with the plants having eight different combinations of homozygous genotypes. Their awn length variation indicated that the IR36 alleles at these loci had the additive awnlessness effects in the genetic background of wild rice. The shortest awn length was observed for the plants having IR36 homozygous alleles at all loci, giving about 75% reduction in awn length. By the fine mapping, the candidate region of the novel qAWNL2 locus was delimited in a 157.4-kb region containing 22 predicted genes in Nipponbare genome. CONCLUSIONS: QTL analysis revealed that three loci, An-1, LABA1 and qAWNL2, were mainly responsible for the awnlessness of O. sativa IR36. In the wild genetic background, loss-of-function alleles at three awning loci showed additive effects on length reduction. In rice domestication, awnless forms may be gradually generated through the accumulation of mutations at awning loci.
    Springer Science and Business Media LLC, 2020年12月, Rice, 13(1) (1), 26 - 26, 英語, 国際誌
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）
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  • Koji Numaguchi, Takashi Akagi, Yuto Kitamura, Ryo Ishikawa, Takashige Ishii
    Domestication and population differentiation in crops involve considerable phenotypic changes. The logs of these evolutionary paths, including natural/artificial selection, can be found in the genomes of the current populations. However, these profiles have been little studied in tree crops, which have specific characters, such as long generation time and clonal propagation, maintaining high levels of heterozygosity. We conducted exon-targeted resequencing of 129 genomes in the genus Prunus, mainly Japanese apricot (Prunus mume), and apricot (Prunus armeniaca), plum (Prunus salicina), and peach (Prunus persica). Based on their genome-wide single-nucleotide polymorphisms merged with published resequencing data of 79 Chinese P. mume cultivars, we inferred complete and ongoing population differentiation in P. mume. Sliding window characterization of the indexes for genetic differentiation identified interspecific fragment introgressions between P. mume and related species (plum and apricot). These regions often exhibited strong selective sweeps formed in the paths of establishment or formation of substructures of P. mume, suggesting that P. mume has frequently imported advantageous genes from other species in the subgenus Prunus as adaptive evolution. These findings shed light on the complicated nature of adaptive evolution in a tree crop that has undergone interspecific exchange of genome fragments with natural/artificial selections.
    Wiley, 2020年11月, Plant Journal, 104(6) (6), 1551 - 1567, 英語, 国際誌
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Ryo Ishikawa, Cristina C. Castillo, Dorian Q. Fuller
    Springer Science and Business Media {LLC}, 2020年08月, Archaeological and Anthropological Sciences, 12(8) (8), 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）
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  • Koji Numaguchi, Yuto Kitamura, Ryo Ishikawa, Takashige Ishii
    ウメ(Prunus mume)はPrunus属の果樹であり,300以上の品種が東アジアを中心に分布しているが,日本の実ウメ,小ウメ,花ウメおよび台湾由来のウメもこれらに含まれる.そこで,日本と台湾のウメの過去の集団動態を推定するために,53品種(実ウメ20品種,小ウメ8品種,花ウメ20品種,台湾5品種)のSSRマーカー20座における遺伝子型のデータセットに基づき,近似ベイズ計算(approximate Bayesian computation)を用いた解析を行った.まず,6つの起こりうる分岐シナリオから最適モデル(事後確率0.501)を推定し,そのモデルの集団動態に関するパラメーターの中央値を算出した.また,ウメの世代時間を7年(生殖可能年齢)と仮定し,世代数を年代に換算した.最適モデルでは,日本と台湾の集団が10360年(95%信頼区間:2079-56910年)前に初めに分岐し,その後3633年(95%信頼区間:1218-12740年)前に日本の集団から花ウメが分かれ,最終的に2387年(95%信頼区間:623-6258年)前に実ウメと小ウメが分化したと推定された.これらの分岐年代は粗く推定されたものであるが,異なった気候条件を伴う地理的隔離により日本と台湾のウメが分化し,その後日本で人の用途に応じて花ウメ,実ウメ,小ウメが最近分化したことを示唆する結果となった.
    近畿作物・育種研究会, 2020年, Journal of Crop Research, 65, 31 - 35, 英語
    [査読有り]

  • Fang X, Wang L, Ishikawa R, Li Y, Fiedler M, Liu F, Calder G, Rowan B, Weigel D, Li P, Dean C
    2019年05月, Nature, 569, 265 - 269, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Funa Ogawa, Ryo Ishikawa, Takashige Ishii
    イネにおいて小穂開花は種子生産に直結する受粉のための重要な過程のひとつである.小穂開花には,温度,湿度,光および物理的なストレスが大きく影響している.そこで,小穂開花に必要な要因を明らかにするために,まず日本型イネ品種の日本晴を用いて,4つの蒸散を制御した条件下(水没,シャワー,油,高湿度条件と表記)で小穂の開花調査を行なった.水没条件では,植物体の穂のみからの蒸散が可能な状態を設定した.その他の3条件では,水,油,高湿度により穂からの蒸散を制御するように設定した.それぞれの条件につき,開花直前の15小穂を残した4穂を処理し,翌日の午後に開花率を調査した.そして,同じ調査を3日間繰り返し,それぞれの処理区の開花率の平均値を比較した.水没条件下では多くの小穂が開花し,平均83.3%の開花率であった.一方,シャワーおよび油処理の条件下ではほとんど開花が見られなかった(シャワー:17.8%,油:0.6%).また,高湿度条件下ではほぼ半数(46.1%)の小穂の開花が観察された.これらの平均開花率はそれぞれ無処理のコントロール区(約92%)のものと比較すると有意に低い値となった.これらの結果は,内穎と外穎からの蒸散は小穂の開花に必要であることを示唆するものであった.次に,野生イネを用いて,外穎の先端に位置する芒からの蒸散が開花時間に関与しているか否かを調査した.3個体から8穂を準備し,１次枝梗ごとに交互に小穂の芒を切除した.植物体を野外の自然条件下に配置し,翌朝開花した全ての小穂の正確な開花開始時刻を分刻みで記録した.その結果,芒の有無によって開花開始時間に有意な差がないことがわかった.芒からの蒸散は直接開花開始時間には関係しなかったが,小穂の開花の正確なスイッチは内穎または外穎の表面からの蒸散に同調しているものと思われた.
    近畿作物・育種研究会, 2019年, Journal of Crop Research, 64, 31 - 35, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Yaddehige P, J. Amarasinghe, Rie Kuwata, Ryo Ishikawa, Takashige Ishii
    野生イネの種子の長い芒は自然状態での繁殖に必要な形質の一つである.しかし,イネの栽培化において,長い芒は種子の収穫や作業の邪魔になるため,より短い芒を持つ個体が徐々に選抜されてきたと考えられる.そこで,無芒性のイネの栽培化過程を明らかにするため,O. rufipogon W630(反復親)とO. sativa IR36(一回親)間のBC2F7世代の146系統からなる戻し交雑自殖系統群を育成した.そしてそれらから,もっとも短い芒を持つG5系統を選抜した.このG5系統は,167のSSRマーカー座のうち20座においてIR36の対立遺伝子がホモ型であること,また野生イネの遺伝的背景において7箇所のIR36の染色体断片を持つことがわかった.そこで,この系統をさらにW630と交雑して,160個体からなるBC3F2植物を作出した.これらを圃場に展開し,第5小穂の芒の長さのデータに基づき,無芒性に関するQTL解析を行った.その結果,第2染色体上に弱い効果を持つ1カ所のQTLと第4染色体上に強い効果を持つ2カ所のQTLが検出された.さらに,関連するマーカーの位置情報から,第4染色体上の2つのQTLはAn-1およびLABA1と同座であること,また第2染色体上のQTLは新規のものであることが示唆された.これら3つの遺伝子座によって,O. rufipogon W630とG5系統の芒の長さの違いがほぼ説明されるものの,まだいくつかの無芒性に関する微動遺伝子が無芒のIR36ゲノム中に存在すると考えられる.
    近畿作物・育種研究会, 2019年, Journal of Crop Research, 64, 43 - 46, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Koji Numaguchi, Shogo Ishio, Yuto Kitamura, Kentaro Nakamura, Ryo Ishikawa, Takashige Ishii
    Japanese Society for Horticultural Science, 2019年, The Horticulture Journal, 88(2) (2), 222 - 231, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）
    神戸大学リポジトリ（Kernel）へのリンク

  • Yuki Tsujimura, Shohei Sugiyama, Kotaro Otsuka, Than Myint Htun, Koji Numaguchi, Cristina Castillo, Takashi Akagi, Takashige Ishii, Ryo Ishikawa
    Springer Science and Business Media LLC, 2019年, Theoretical and Applied Genetics, 132(9) (9), 2615 - 2623, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）
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  • Takashige Ishii, Ryo Ishikawa
    Springer Singapore, 2018年03月, Rice Genomics, Genetics and Breeding, 207 - 221, 英語
    [査読有り]
    論文集(書籍)内論文

  • Ryo Ishikawa, Masahide Iwata, Kenta Taniko, Gotaro Monden, Naoya Miyazaki, Chhourn Orn, Yuki Tsujimura, Shusaku Yoshida, Jian Feng Ma, Takashige Ishii
    2017年10月, Plos One, 12(10) (10), e0187224, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）
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  • Ryo Ishikawa, Akinori Nishimura, Than Myint Htun, Ryo Nishioka, Yumi Oka, Yuki Tsujimura, Chizuru Inoue, Takashige Ishii
    2017年04月, Genetica, 145(2) (2), 201 - 207, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Mai Ikemoto, Mitsuharu Otsuka, Pham Thien Thanh, Phuong Dang Thai Phan, Ryo Ishikawa, Takashige Ishii
    2017年02月, Genes & Genetic Systems, 92(1) (1), 21 - 26, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • 大久保和男, 井上千鶴, 辻村雄紀, 石川亮
    Crop Science Society of Japan, 2017年, 日本作物学会紀事, 86(4) (4), 358 - 366, 中国語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Yuki Tsujimura, Chizuru Inoue, Than Mynt Htun, Yumi Oka, Takashige Ishii, Ryo Ishikawa
    栽培イネ(Oryza sativa L.）はアジアの野生イネO. rufipogonから栽培化されたことが知られている.栽培化では種子脱粒性の喪失など農業上好ましい形質が選抜された.これまでの研究から,ジャポニカ型栽培イネ日本晴の非脱粒性には3つの遺伝子座(qSH1,sh4,qSH3)が報告されている.一方,部分的な離層形成を示すインディカ型栽培イネのIR36 の非脱粒性にはsh4とqSH3座が関与していると考えられる.ジャポニカ型栽培イネとインディカ型栽培イネの脱粒程度の違いを説明する主要因はqSH1座の遺伝子型である.しかしながら,インディカ型栽培イネの非脱粒性を支配する遺伝子座についてはsh4とqSH3座以外に詳しいことは分かっていない.我々はこれまでの研究において,野生イネO. rufipogon W630の遺伝的背景において,qSH3とsh4座において日本晴の対立遺伝子を持つイントログレッション系統IL(3+4)を作出している.このIL(3+4)はqSH3とsh4座においてインディカ型栽培イネIR36と同様に栽培イネの対立遺伝子を持っているが,野生イネに似た強い脱粒性を持つ.本研究では,これらの脱粒性の違いに着目し両者のF1ならびにF2植物の脱粒性の評価を行った.F1植物の離層形成について樹脂切片を用いて観察したところ,IL(3+4)と同様の離層形成が見られたため,IR36には未知の遺伝子座における劣性変異が存在する可能性が示唆された.続いて,F2植物を評価したところ,種子脱粒性に明瞭な分離が観察された.以上の結果から,インディカ型栽培イネIR36の非脱粒性には,未知の遺伝子座における変異が存在する可能性が確認された.今後は戻し交雑系統などを作出し,これらの新規遺伝子座の同定を進める必要がある.
    近畿作物・育種研究会, 2017年, Journal of Crop Research, 62, 19 - 23, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Ryo Ishikawa, Takafumi Watabe, Ryo Nishioka, Pham Tien Thanh, Takashige Ishii
    Differences in floral morphologies affect pollination behaviour in many flowering plants. In the genus Oryza, several differences in the size of floral organs are known. In this study, we focused on the differences in the size of floral organs between common cultivated rice, Oryza sativa L. and its wild ancestor, O. rufipogon. We compared floral morphologies between cultivated rice O. sativa cv. Nipponbare and O. rufipogon W630. We first evaluated temporal changes in filament and anther lengths. W630 had longer filaments with rapid elongation within 15 min after spikelet opening. W630 also had longer anthers than Nipponbare, and size of anther was consistent throughout all time examined. We also analysed other six floral traits, and found that W630 had higher stigma and style length, as well as lemma and palea length, but lower lemma and palea width. Quantitative trait locus (QTL) analysis was performed to identify the loci controlling these floral traits, using backcross recombinant inbred lines derived from a cross between Nipponbare and W630. A total of 11 significant QTLs were identified. Of these, two pairs of QTLs for lemma and palea length and one pair for lemma and palea width overlapped, suggesting that common genetic factors may be the reason for the differences in these traits. In addition, we performed QTL analysis for grain size, and found that QTLs for grain size coincided with those for lemma and palea size, indicating that grain size is partly controlled by glume capacity. The QTLs identified in this study will be informative for understanding genetic changes associated with rice domestication.
    Scientific Research Publishing, 2017年, American Journal of Plant Science, 8, 734 - 744, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）
    神戸大学リポジトリ（Kernel）へのリンク

  • Ryo Nishioka, Hiromi Mikazuki, Than Myint Htun, Ryo Ishikawa, Takashige Ishii
    栽培イネ（Oryza sativa L.）はアジアの野生イネO. rufipogon に由来する．イネの栽培化初期において，つまり種子が非脱粒性である植物の出現以前において，穂の形態は鍵となった形質であると考えられている．なぜなら，栽培イネのように穂が閉じた形態をしている野生イネは，種子の脱落を一時的に抑制することが観察されているからである．以前我々は，この穂の形態を支配する主要な遺伝子座は第4染色体に座乗しているSPR3であり，OsLG1遺伝子の発現制御に関係していることを明らかにした．しかし我々は同時に，研究材料であったO. sativa NipponbareとO. rufipogon W630間のBC2F8世代の戻し交雑自殖系統のいくつかに，SPR3遺伝子座に野生イネの対立遺伝子を持たないにもかかわらず，穂が開帳性であるものを見つけた．そこで本研究では，野生イネにおける穂の開帳性を支配する新たな遺伝子領域の推定を行うために，それらからAsN136系統を選抜した．このAsN136系統は，180のSSRマーカー座のうち27座において野生イネの対立遺伝子がホモ型であること，またNipponbareの遺伝的背景において9つの野生イネの染色体断片を持つことがわかった．そこで，この系統をNipponbareと交雑して，150個体からなるBC3F2世代の分離集団を作出した．これらを圃場に展開し，穂の形態調査を枝梗基部の観察に基づき行った．そして，27の分子マーカー座の遺伝子型のデータ用いて，穂の形態に関するQTL解析を行った．その結果，第5および11染色体上に2つのQTLが推定された．また，それぞれの集団全体の形質分離に対する寄与率は37.6%と4.9%であった．効果の大きかった第5染色体に座乗する遺伝子座については，BC3F3世代の植物を用いてその効果の後代検定を行った．その結果，穂の形態に関する新たな因子がRM421とRM274の分子マーカー座間の領域に存在することが示唆された．今後，OsLG1の発現解析および新規遺伝子座のファインマッピングを行うことにより，穂の開帳性を制御する遺伝子のメカニズムが明らかになると思われる．
    近畿作物・育種研究会, 2016年, Journal of Crop Research, 61, 23 - 26, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Mai Ikemoto, Tetsuya Ohyagi, Pham Thien Thanh, Ryo Ishikawa, Takashige Ishii
    イネにおける1年生と多年生の分化はこれまでイネの遺伝学者や生態学者にとって大きな関心事のひとつであった．本研究では，生殖に関係する形質のうち，節からの出芽・出根能力およびひこばえの発生能力に焦点を当てた．これらの形質は，多年生の性質を持つ栽培イネOryza sativa Nipponbareと1年生の野生イネO. rufipogon W630の間の戻し交雑自殖系統によって評価した．まず，登熟前と登熟後の時期に，戻し交雑自殖系統の植物より上位第1節および第2節を収集した．個体あたり5組の節は3週間水に半分浸した状態で保った後，節からの発生した芽と根を調査した．戻し交雑自殖系統の植物の第1 節からはどちらの時期でも芽の発生がほとんど見られなかったが，それらの多くは第2節からの出芽能力を持っていた．出根能力は登熟後の第1節にはほとんど見られなかったが，登熟前のほぼ半数の第1節からは根の発生が見られた．また，多くの戻し交雑自殖系統の植物の第2節からはどちらの時期でも根の発生が見られた．戻し交雑自殖系統における連続的な頻度分布は登熟後の第2 節からの出芽・出根能力に関してみられたため，これらのデータを基にQTL解析を行ったところ，有意な遺伝子座は検出されなかった．この結果は，水温などの環境要因が形質評価に影響したのではないかと思われる．次に，ひこばえの発生能力については，圃場に展開したもう1組の戻し交雑自殖系統を用いて，出穂後約60日に有効分げつに対するひこばえ数の割合を調査した．これらのデータを用いてQTL解析を行ったところ，第8 染色体上のRM25とRM44の間にLOD値が4.2のQTLが1つ検出された．このQTLの位置確認には，推定領域に関して染色体断片を置換した系統を用いた解析が今後必要となる．
    近畿作物・育種研究会, 2016年, Journal of Crop Research, 61, 13 - 17, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Chhourn Orn, Rieko Shishido, Masahiro Akimoto, Ryo Ishikawa, Than Myint Htun, Ken-Ichi Nonomura, Yohei Koide, Men Sarom, Seng Vang, Sakhan Sophany, Ouk Makara, Takashige Ishii
    2015年12月, Breeding Science, 65(5) (5), 430 - 437, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Chizuru Inoue, Than Myint Htun, Kanako Inoue, Ken-ichi Ikeda, Takashige Ishii, Ryo Ishikawa
    2015年02月, Genes & Genetic Systems, 90(1) (1), 1 - 9, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Tomomi Hara, Hirokazu Katoh, Daisuke Ogawa, Yasuaki Kagaya, Yutaka Sato, Hidemi Kitano, Yasuo Nagato, Ryo Ishikawa, Akemi Ono, Tetsu Kinoshita, Shin Takeda, Tsukaho Hattori
    2015年01月, Plant Journal, 81(1) (1), 1 - 12, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Than Myint Htun, Chizuru Inoue, Orn Chhourn, Takashige Ishii, Ryo Ishikawa
    2014年09月, Breeding Science, 64(3) (3), 199 - 205, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Orn Chhourn, Ryo Ishikawa, Sakhan Sophany, Ouk Makara, Takashige Ishii
    カンボジアのイネ品種における遺伝的多様性の評価を276系統の在来品種ならびに60系統の改良品種を用いて行った.在来品種は50年以上前に収集されたもので,"floating rice(浮稲)","rice in dry regions(乾燥地稲)","non-glutinous rice(粳稲)","glutinous rice(糯稲)"の4つに分類されている.また,改良品種は国内で育成された35系統および外国から導入された25系統からなる.これらよりDNAサンプルを抽出し,12対の染色体にそれぞれ座乗する12個のSSRマーカーを用いて解析を行った.まず,遺伝子多様度の値に基づき在来品種分類群内における遺伝的多様性を調べたところ,それぞれほぼ同じレベルの変異がみられ,在来品種276系統全体における遺伝子多様度は0.55であった.一方,国内で育成された改良品種35系統を用いて調べたところ,遺伝子多様度は0.46というやや低めの値が得られた.このようにカンボジアで育成された改良品種の遺伝的多様性が在来品種より減少したことは,近代の植物育種法の導入とこれまでの社会状況の変化によるものと考えられた.しかし,外国から導入された25系統を含めた,改良品種60系統全体における遺伝子多様度は0.61であった.このことは,現在カンボジアで栽培されている改良品種は,国内育成品種と外国導入品種を混在させることによって高い遺伝的多様性が維持されていることを示すものである.カンボジアで育成された4つの在来品種分類群と国内改良品種における分化の程度をNei の遺伝的距離に基づき調査したところ,0.09という一番低い値が"non-glutinous rice"と国内改良品種の間で検出された.この結果は,国内改良品種が主に在来品種の"non-glutinous rice"グループから育成されたことを示唆するものであった.また"floating rice"と他の4群の間では,0.32-0.51という高い値が観察され,深水生態環境が"floating rice"の独特な遺伝的分化に大きく影響したことが示唆された.
    近畿作物・育種研究会, 2014年, Journal of Crop research, 59, 37 - 41, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Takashige Ishii, Koji Numaguchi, Kotaro Miura, Kentaro Yoshida, Pham Thien Thanh, Than Myint Htun, Masanori Yamasaki, Norio Komeda, Takashi Matsumoto, Ryohei Terauchi, Ryo Ishikawa, Motoyuki Ashikari
    2013年04月, Nature Genetics, 45(4) (4), 462 - 465, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • The role of DNA methylation in plants
    Kenji Osabe, Taku Sasaki, Ryo Ishikawa, Ryo Fujimoto
    Nova Science Publishers, Inc., 2013年02月, DNA Methylation: Principles, Mechanisms and Challenges, 35 - 66, 英語
    論文集(書籍)内論文

  • Phuong Dang Thai Phan, Hiroki Kageyama, Ryo Ishikawa, Takashige Ishii
    2012年09月, Breeding Science, 62(3) (3), 256 - 262, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Ryo Fujimoto, Taku Sasaki, Ryo Ishikawa, Kenji Osabe, Takahiro Kawanabe, Elizabeth S. Dennis
    2012年08月, International Journal of Molecular Sciences, 13(8) (8), 9900 - 9922, 英語
    [査読有り]

  • Kenji Osabe, Takahiro Kawanabe, Taku Sasaki, Ryo Ishikawa, Keiichi Okazaki, Elizabeth S. Dennis, Tomohiko Kazama, Ryo Fujimoto
    2012年07月, International Journal of Molecular Sciences, 13(7) (7), 8696 - 8721, 英語
    [査読有り]

  • Takashige Ishii, Takashi Hiraoka, Tomoyuki Kanzaki, Masahiro Akimoto, Rieko Shishido, Ryo Ishikawa
    2011年12月, Rice, 4(3-4) (3-4), 170 - 177, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Ryo Ishikawa, Mayumi Aoki, Ken-ichi Kurotani, Shuji Yokoi, Tomoko Shinomura, Makoto Takano, Ko Shimamoto
    2011年06月, Molecular Genetics and Genomics, 285(6) (6), 461 - 470, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Ryo Ishikawa, Takayuki Ohnishi, Yuki Kinoshita, Mitsugu Eiguchi, Nori Kurata, Tetsu Kinoshita
    2011年03月, Plant Journal, 65(5) (5), 798 - 806, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Pham Thien Thanh, Phuong Dang Thai Phan, Naoki Mori, Ryo Ishikawa, Takashige Ishii
    2011年03月, Breeding Science, 61(1) (1), 76 - 79, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Than Myint Htun, Takashige Ishii, Ryo Ishikawa
    野生イネ(Oryza rufipogon)は種子脱粒性を示すが,この性質は栽培イネ(O.sativa)においては収量低下につながるため,栽培化の過程で淘汰されている.これまでに,脱粒性を支配する効果の強い2つの遺伝子座(qSH1とsh4)が明らかにされてきたが,これらの解析は栽培イネの遺伝的背景で行われたものである。本研究では,イネの栽培化過程において脱粒性がどのように失われたかを解明するため,まず,野生イネの遺伝的背景に栽培品種「日本晴」の非脱粒性を促す対立遺伝子を戻し交雑によって導入した系統をSSRマーカーを用いた選抜に基づき育成した.これらの置換系統における脱粒性程度を経時的に計測したところ,開花後5日目の脱粒強度は栽培イネよりも低く,野生イネとほぼ同じであり,置換系統の種子基部に離層が形成されつつあることを示していた.さらに,10日以降の置換系統の脱粒強度は,「日本晴」の約半分であった.以上の結果から,栽培イネの非脱粒程度はqSH1とsh4の2つの遺伝子座だけでは説明できず,野生イネには離層形成を促進する新たな因子が存在することが示唆された.
    近畿作物・育種研究会, 2011年, Journal of Crop research, 56, 39 - 44, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Phuong Dang, Thai Phan, Pham Thien Thanh, Naoki Mori, Ryo Ishikawa, Takashige Ishii
    栽培品種の遺伝的背景における遠縁種由来の有用農業形質の評価は戻し交雑集団を用いると効率的である.そこで本研究では,まず野生イネ系統O.rufipogon W630を栽培イネ品種Oryza sativa Japonica NipponbareおよびIndica IR36でそれぞれ戻し交雑し,自殖を繰り返した159および170系統からなるBC2F8世代の系統群を育成した.これらよりDNAを抽出し,ゲノムをカバーする約180のマイクロサテライトマーカー座の遺伝子型を調べたところ,ほぼホモ型に固定していた.次にこれら系統を用いて,湛水条件下における葉鞘の伸長程度に基づき、湛水回避性に関するQTL解析を行ったところ,3つ(第2,3,10染色体上)および2つ(第3,4染色体上)のQTLがそれぞれNipponbareおよびIR36の遺伝的背景の自殖系統群で推定された.これらのうち,それぞれ1つの遺伝子座において,野生種の対立遺伝子が湛水条件下での葉鞘を伸長させる効果を持っていた.検出された野生種の対立遺伝子は,洪水地帯における直播栽培に適したイネの改良に有用であると考えられた.
    近畿作物・育種研究会, 2011年, Journal of Crop research, 56, 45 - 49, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Pham Thien Thanh, Phuong Dang Thai Phan, Ryo Ishikawa, Takashige Ishii
    2010年08月, Genes & Genetic Systems, 85(4) (4), 273 - 279, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Ryo Ishikawa, Pham Thien Thanh, Naoto Nimura, Than Myint Htun, Masanori Yamasaki, Takashige Ishii
    2010年08月, Genes & Genetic Systems, 85(4) (4), 265 - 271, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • エピジェネティクスが制御する植物の形質
    藤本 龍, 石川 亮
    遺伝子の発現情報の伝達は塩基配列に依存するジェネティックな遺伝と塩基配列によらず、遺伝子の修飾状態の変化に依存するエピジェネティックな遺伝が存在する．植物のエピジェネティクス研究は、モデル植物であるシロイヌナズナで進んでおり、特に突然変異体を用いた解析がこの分野の進展に大きく貢献している．動物のエピジェネティックな制御に関連する遺伝子の突然変異体は、致死に到ることが多いが、植物の突然変異体では致死に到らず、遺伝学的な解析が可能であることが理由として挙げられる．また、エピジェネティックな遺伝子の発現制御は、遺伝子機能・環境応答・生殖制御などとの関連性が示唆されていることからも育種において重要な研究課題である．本総説では、育種学的観点からエピジェネティックな制御機構の重要性について、トランスポゾン・生殖・環境応答の項目に分けて概説し、またエピジェネティックな現象による重要農業形質の例について最近の話題を交えて紹介する．
    日本育種学会, 2010年, 育種学研究, 12(4) (4), 123 - 131, 日本語
    [査読有り]

  • Ryo Ishikawa, Tetsu Kinoshita
    2009年07月, Molecular Plant, 2(4) (4), 589 - 599, 英語
    [査読有り][招待有り]

  • Ryo Ishikawa, Tomoko Shinomura, Makoto Takano, Ko Shimamoto
    2009年04月, Genes & Genetic Systems, 84(2) (2), 179 - 184, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Evaluation of genetic diversity among rice local varieties in Vietnam
    Takashi Hiraoka, Nobuyuki Ikeda, Ryo Ishikawa, Takashige Ishii
    近畿作物・育種研究会, 2009年, Journal of Crop Research, 54, 125 - 130, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Tetsu Kinoshita, Yoko Ikeda, Ryo Ishikawa
    2008年12月, Seminars in Cell and Developmental Biology, 19(6) (6), 574 - 579, 英語
    [査読有り][招待有り]

  • Molecular basis of night break effect on the photoperiodic control of flowering in rice
    Ishikawa R, Yokoi S, Shimamoto K
    8, 2006年07月, Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme., 51(8) (8), 933 - 942, 日本語
    [査読有り]

  • 野生イネの種子脱粒性、穂の開帳性、頴の色を支配する遺伝子のマッピング
    石井 尊生, 崎山 弘樹, 石川 亮, 上島 脩志
    2006年, 近畿作育研究, 51, 23 - 26, 日本語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

  • Ryo Ishikawa, Shyojiro Tamaki, Shuji Yokoi, Noritoshi Inagaki, Tomoko Shinomura, Makoto Takano, Ko Shimamoto
    2005年12月, Plant Cell, 17(12) (12), 3326 - 3336, 英語
    [査読有り]
    研究論文（学術雑誌）

■ MISC
  • イネの種子亜鉛濃度向上に向けて
    片岡 仁史, 石川 亮
    2025年04月, アグリバイオ, 9(4) (4), 58 - 59, 日本語
    [招待有り]
    記事・総説・解説・論説等（その他）

  • 小出陽平, 藤田大輔, 石川亮, 山形悦透, 塩野克宏, 清水元樹, 殿崎薫, 吉川貴徳
    2025年03月, 育種学研究, 日本語
    [招待有り]
    記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）

  • 石川 亮, 山形 悦透, 小出 陽平, 石井 尊生, 石川 隆二, 秋本 正博, 津田 勝利, 藤田 大輔
    日本育種学会, 2023年, 育種学研究, 25(1) (1), 50 - 54, 日本語
    [招待有り]
    記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）

  • イネの栽培化において種子脱粒性の喪失に関わった新規遺伝子座の同定
    石川亮, 松田暢啓, 辻村雄紀
    2020年07月, アグリバイオ, 4(7) (7), 91 - 92, 日本語
    [招待有り]
    記事・総説・解説・論説等（その他）

  • アフリカイネOryza glaberrima多様性パネルのリシーケンスによる遺伝的多様性の評価
    平尾愛喜, 藤田大輔, 石川亮, 小出陽平, 安井秀, 山形悦透
    2020年, 育種学研究, 22

  • 野生イネOryza meridionalisの育種利用-イネ種子亜鉛濃度向上に向けて
    宮崎直哉, 石川亮
    2019年01月, アグリバイオ, 3(1) (1), 45 - 46, 日本語
    [招待有り]
    記事・総説・解説・論説等（その他）

  • 熱帯アジアにおける栽培イネから野生イネへの遺伝子流動について
    谷尾侑香, ORN Chhourn, 秋本正博, 宍戸理恵子, HTUN Than Myint, PHAN Phuong, Dang Thai, 野々村賢一, 小出陽平, 石川亮, 石井尊生
    2018年09月22日, 育種学研究, 20, 131, 日本語

  • オーストラリアの野生イネOryza meridionalisを利用したイネ種子亜鉛濃度を向上させる遺伝子座の検出
    石川亮
    2018年, NBRP Rice Newsletter, 1, 5 - 6, 日本語
    [招待有り]
    記事・総説・解説・論説等（その他）

  • イネの種子脱粒性制御機構の解明 : アジアにおける新品種育成を目指して
    石川 亮
    日揮・実吉奨学会, 2017年, 研究助成金受給者研究報告集, 36, 44 - 48, 日本語

  • 野生イネと栽培イネの間で検出されたアルミニウムストレス耐性を支配する遺伝子座qAl1の遺伝学的解析
    和田もりえ, 岩田将英, 横正健剛, 吉田周作, THANH Pham Thien, 石井尊生, MA J, 石川亮
    2016年03月21日, 育種学研究, 18, 202, 日本語

  • Ryo Ishikawa
    The F1000.com, 2015年03月, F1000 Prime, 1, 英語
    [査読有り][招待有り]
    書評論文,書評,文献紹介等

  • Ryo Ishikawa
    Using a whole-genome-sequencing approach to explore germplasm resources can serve as an important strategy for crop improvement, especially in investigating wild accessions that may contain useful genetic resources that have been lost during the domestication process. Here we sequence and assemble a draft genome of wild soybean and construct a recombinant inbred population for genotyping-by-sequencing and phenotypic analyses to identify multiple QTLs relevant to traits of interest in agriculture. We use a combination of de novo sequencing data from this work and our previous germplasm re-sequencing data to identify a novel ion transporter gene, GmCHX1, and relate its sequence alterations to salt tolerance. Rapid gain-of-function tests show the protective effects of GmCHX1 towards salt stress. This combination of whole-genome de novo sequencing, high-density-marker QTL mapping by re-sequencing and functional analyses can serve as an effective strategy to unveil novel genomic information in wild soybean to facilitate crop improvement.
    The F1000.com, 2014年07月, F1000 Prime, 5, 4340 - 4340, 英語, 国際誌
    [査読有り][招待有り]
    書評論文,書評,文献紹介等

  • Ryo Ishikawa
    2013年10月, F1000 Prime, 76(1) (1), 36 - 46, 英語
    [査読有り][招待有り]
    書評論文,書評,文献紹介等

  • Ryo Ishikawa
    The F1000.com, 2013年10月, F1000 Prime, 9(6) (6), 英語
    [査読有り][招待有り]
    書評論文,書評,文献紹介等

  • フィトクロムによるHd1を介したフロリゲン遺伝子Hd3aの転写制御と日長認識機構
    石川亮, 青木麻由美, 黒谷賢一, 横井修司, 篠村知子, 高野誠, 島本功
    2011年03月29日, 育種学研究, 13, 273, 日本語

  • 加藤 大和, 原 睦美, 佐藤 豊, 北野 英己, 長戸 康郎, 石川 亮, 木下 哲, 武田 真, 服部 束穂
    イネ無胚乳変異体enl1は劣性一遺伝子座の変異で、その種子は胚乳を形成できない。一方、その胚は肥大化し休眠性を喪失しているが発芽能をもつ。我々はenl1のマッピングを行い、第4染色体長腕上テロメア近くに存在する推定遺伝子領域のエキソン内に欠失変異を見つけた。さらにこの遺伝子領域を含む野生型ゲノム断片を用いた形質転換によりenl1変異の表現型が完全に相補されたことから、本遺伝子がenl1変異の原因遺伝子であると結論した。ENL1遺伝子はSNF2ファミリーATPaseドメインとHELICcドメインを持つSNF2様ヘリカーゼをコードし、植物のみならず広く真核生物にそのオルソログが存在する。ヒトのENL1オルソログであるPICHタンパク質は細胞分裂時の染色体凝集や染色体腕部のアーキテクチャー維持、あるいは姉妹染色分体の解離に必要であることが報告されている。PI染色法を用いて初期胚乳形成過程の核・染色体の様子を共焦点レーザー顕微鏡観察したところ、野生型では細胞化に先立つ遊離核の一様な分布が見られたのに対し、enl1変異体では染色体の分離異常の結果と考えられる巨大化した核が観察された。これらの結果は、多核期胚乳における染色体サイクルの異常が、enl1変異体における無胚乳表現型の原因であることを示している。
    日本植物生理学会, 2011年, 日本植物生理学会年会およびシンポジウム 講演要旨集, 2011, 0060 - 0060

  • 石川 亮, Htun Than Myint, 山崎 将紀, Thanh Pham Thien, 石井 尊生
    栽培イネ（Oryza sativa）は、アジアの野生イネ（O. rufipogon）から栽培化されたことが知られており、種子脱粒性の喪失は栽培化の最も初期に生じたと考えられている。我々はこれまでの研究から、栽培イネO. sativa 日本晴と野生イネO. rufipogon W630の脱粒性を制御する効果の大きい2つのQTLを同定し、それらはこれまでに報告されたqSH1とsh4と同じ領域にあることを確認した。栽培化は野生イネを対象に始められてきたため、非脱粒性遺伝子の効果を検証するためには、野生イネの遺伝的背景で脱粒性の評価を行う必要が考えられる。そこで、栽培イネ（日本晴）の持つqSH1とsh4の非脱粒性遺伝子を戻し交雑と選抜によって野生イネの遺伝的背景に導入した系統を作出し、これらの植物において脱粒性を調査した。興味深いことにどちらか片方の非脱粒性遺伝子をホモに持った場合においても、自然脱粒が生じることが明らかになった。また、qSH1とsh4座ともに栽培イネの非脱粒性遺伝子に置き換えた植物体においても、脱粒強度は日本晴の半分程度であった。これらの結果から、野生イネの遺伝的背景では、効果の小さな複数の微働遺伝子が種子脱粒性の制御に関与していることが示唆された。
    日本植物生理学会, 2011年, 日本植物生理学会年会およびシンポジウム 講演要旨集, 2011, 0037 - 0037

  • 石川 亮, 永口 貢, 新崎 由紀, 倉田 のり, 木下 哲
    多くの植物では、種間や倍数体間の交雑を行うと胚乳発生が抑制、あるいは促進される異常により生殖隔離が生じることが知られている。この現象には、父親ゲノムと母親ゲノムの拮抗関係を担うゲノムインプリンティングが関わっていることが示唆されているが、その実体は明らかではない。
    本研究では栽培イネと様々な野生イネを用いた間交雑を行い、雑種胚乳の発生について樹脂切片を作成し、ステージを追って解析した。胚乳では受精後、胚乳核が多核体を形成したのちに、細胞化がおこる。雑種胚乳では、細胞化、中心液胞の消失、デンプン蓄積などの発生のタイミングが早まること、もしくは遅延が種間の組み合わせにより観察された。しかしながら、この過程での胚乳の核分裂率にはどの組み合わせにおいても殆ど変化が見られなかった。従って、種間交雑で見られる胚乳発生の抑制や促進は、細胞分裂異常によるものではなく、ヘテロクロニックな発生異常が原因であることが明らかとなった。さらに、O. sativaと O. longistaminataの雑種胚乳を用いたマイクロアレイ解析の結果から、雑種胚乳特異的に発現が上昇する遺伝子群として、シロイヌナズナのインプリント遺伝子PHERES1と相同性の高い遺伝子が同定された。本発表では、野生イネと栽培イネの雑種胚乳におけるヘテロクロニックな発生異常と、これらの原因となる分子機構について考察したい。
    日本植物生理学会, 2009年, 日本植物生理学会年会およびシンポジウム 講演要旨集, 2009, 0114 - 0114

  • 石川亮, 永口貢, 池田陽子, 倉田のり, 木下哲
    栽培イネと野生イネを交雑すると雑種が得られないことがあり、胚乳の崩壊が原因のひとつであると報告されている。胚乳は胚に栄養分を供与する組織であることから、その形成異常は自然界において生殖隔離を引き起こすと考えられる。イネを始め、多くの植物で古くから知られている交雑による胚乳形成異常には一般性が見られ、父親ゲノムと母親ゲノムの拮抗関係を担うゲノムインプリンティングがかかわっていることが示唆されている。
    ゲノムインプリンティングは、二つの対立遺伝子が父親・母親のどちらから遺伝したかによって、遺伝子発現のオン・オフを決定される機構である。父由来・母由来のゲノムは、このような仕組みが原因で両者に機能的な違いが生じると考えられている。最近のシロイヌナズナを用いた研究から、ゲノムインプリンティングの分子基盤が明らかになってきており、胚乳におけるゲノムインプリンティングの制御に分子レベルでのアプローチが可能になりつつある。
    本研究では栽培イネ（Oryza sativa ）と野生イネ(O. punctata、O. australiensisなど)を用いて、それらの交雑後の胚乳について樹脂切片を作成し胚乳発生異常のステージを明らかにした。またイネにおけるインプリント遺伝子の発現解析を行うことにより、胚乳発生異常とゲノムインプリンティングの関連性について報告したい。
    日本植物生理学会, 2008年03月15日, 日本植物生理学会年会要旨集, 49th, 225 - 0488, 日本語

  • 木下 哲, 池田 陽子, 石川 亮
    植物の発生過程では,発生のフェイズに応じて様々なセットの遺伝子発現が必要となる.例えば,花を咲かせるフェイズ(生殖成長相)では, AGAMOUS, PISTILATA等の様々なホメオティック遺伝子の発現が必要であるが,これらの遺伝子は栄養成長のフェイズ(栄養成長相)においては必ずしも必要ではない.また,種子形成に必要な遺伝子群も,他の発生過程では発現が抑制されている必要がある.シロイヌナズナの突然変異体の解析から,これらの遺伝子の発現抑制に関与するポリコームグループ(PcG)タンパク質の役割が明らかになっている.PcGタンパク質は進化的に保存された複合体を形成し,ショウジョウバエやヒトではヒストンH3の27番目のリジンをメチル化する活性を持つ. PcG複合体によるヒストン修飾が,細胞分裂を通じた遺伝子の発現抑制に重要であると考えられている.本稿では,シロイメナズナの解析から明らかになってきた,PcG複合体による植物の発生制御を概説する.
    一般社団法人植物化学調節学会, 2008年, 植物の生長調節, 43(1) (1), 29 - 34, 日本語
    [査読有り][招待有り]
    記事・総説・解説・論説等（商業誌、新聞、ウェブメディア）

  • Role of phytochrome on the photoperiodic control of flowering in rice
    Ryo Ishikawa, Mayumi Aoki, Ken-ichi Kurotani, Hisayo Shimizu, Shuji Yokoi, Noritoshi Inagaki, Tomoko Shinomura, Makoto Takano, Ko Shimamoto
    2007年, PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, 48, S112 - S112, 英語
    研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

  • イネコアコレクションを用いた開花関連遺伝子の多様性の解明
    高橋靖幸, 石川亮, 横井修司, 島本功
    2006年, 日本植物生理学会年会要旨集, 47th

  • イネの光中断における光質とフィトクロムの役割
    石川亮, 篠村知子, 七夕高也, 清水久代, 稲垣言要, 高野誠, 島本功
    2006年, 日本植物生理学会年会要旨集, 47th

  • ～温故知新～ 光中断の実験から植物の光周性による開花の分子機構に迫る
    石川 亮, 横井 修司, 島本 功
    2006年, 蛋白質 核酸 酵素, 551, 993 - 942, 日本語
    [査読有り][招待有り]
    記事・総説・解説・論説等（商業誌、新聞、ウェブメディア）

  • イネの光中断におけるフィトクロムの役割
    石川亮, 高橋靖幸, 石塚徹, 横井修司, 稲垣言要, 篠村知子, 高野誠
    2005年, 日本植物生理学会年会要旨集, 46th

  • Molecular genetic approach for the search of florigen; Rice as an example
    K Shimamoto, S Tamaki, R Komiya, S Matsuo, R Ishikawa, M Ikeda, M Abe, K Kurotani, S Yokoi
    2005年, PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, 46, S11 - S11, 英語
    研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

  • 短日植物イネの開花を制御する遺伝子ネットワーク
    横井修司, 石川亮, 玉置祥二郎, 松尾祥一, 阿部誠, 小宮玲奈, 黒谷賢一, 島本功
    2005年, 日本分子生物学会年会講演要旨集, 28th

  • 分子遺伝学的な方法論での探索-短日植物イネでの研究例
    島本功, 玉置祥二郎, 小宮怜奈, 松尾祥一, 石川亮, 池田美香, 阿部誠, 黒谷賢一, 横井修司
    2005年, 日本植物生理学会年会要旨集, 46th

  • イネの開花制御における光中断の遺伝子発現に与える影響
    石川亮, 横井修司, 島本功
    2004年, 日本植物生理学会年会要旨集, 45th

  • 島本 功, 石川 亮, 阿部 誠, 玉置 祥二郎, 早間 良輔, 井澤 毅, 横井 修司
    日長による開花の制御の分子生物学的研究は、主に長日植物のシロイヌナズナを用いて行われている。シロイヌナズナにおいては、開花時期に変異を持つ突然変異とその原因遺伝子の単離により、概日時計と、その下流で機能する開花誘導に関与する遺伝子群が開花制御の中心的な役割を担っていることが最近明らかになってきている。しかし、概日時計の実体や、概日時計による花成に関与する遺伝子の発現制御、あるいは光による影響については、まだあまり分かっていない。一方、短日植物においては、長年の生理学的な研究の蓄積は多いが、日長による開花制御に関する分子生物学的知見はまだ少ない。
    我々のグループは最近、イネのGI相同遺伝子をディファレンシャルディスプレイ法により単離した。さらに、このGI相同遺伝子をイネで過剰発現させたところ、短日および長日いずれの条件下でも開花が遅くなることを見いだした。さらに、これらの植物体ではイネFT相同遺伝子の発現が強く抑制されており、一方CO相同遺伝子の発現は上昇していた。このことから、短日植物イネにおいては、GIおよびCO遺伝子の発現制御は長日植物シロイヌナズナと同じであるが、COによるFTの制御がシロイヌナズナとは逆に働いており、長日条件下でFTの発現を抑制することが示された。本シンポジウムではこうした結果に基づいた考察を行う予定である。
    日本植物生理学会, 2003年, 日本植物生理学会年会およびシンポジウム 講演要旨集, 2003, S40 - S40

  • 植物の開花における短日・長日性はどうして決められるか
    島本功, 玉置祥二郎, 石川亮, 阿部誠, 池上顕子, 横井修司
    2003年, 日本発生生物学会大会発表要旨集, 36th

  • イネ野生種(Oryza rufipogon)由来の脱粒性遺伝子のマッピング
    石川 亮, 上島 脩志, 石井 尊生
    2002年03月30日, 育種学研究 = Breeding research, 4(1) (1), 70 - 70, 日本語

■ 書籍等出版物
  • アフロ・ユーラシアの考古植物学
    石川亮, 杉山昇平, 辻村雄紀, 沼口孝司, クリスティーナ・コボ・カスティヨ, 石井尊生
    その他, クバプロ, 2019年05月, 日本語
    学術書

  • Rice Genomics, Genetics and Breeding - Domestication loci controlling panicle shape, seed shattering and seed awning
    Takashige Ishii, Ryo Ishikawa
    その他, Springer, 2018年, 英語
    学術書

  • DNA methylation; principles, mechanisms and challenges
    Kenji Osabe, Taku Sasaki, Ryo Ishikawa, Ryo Fujimoto
    その他, Nova Science, 2012年, 英語
    学術書

■ 講演・口頭発表等
  • Target capture法に基づく日本と中国のウメの集団構造および系統関係について
    沼口孝司, 赤木剛士, 北村祐人, 石川亮, 石井尊生
    園芸学会 平成30年度秋季大会, 2019年03月, 日本語, 園芸学会, 明治大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • QTL analysis for awnlessness using a backcross population between Oryza rufipogon and O. sativa IR36
    Priya J.A. Yaddehige, Rie Kuwata, Ryo Ishikawa, Takashige Ishii
    近畿作物・育種研究会 第186回例会, 2018年11月, 英語, 近畿作物・育種研究会, 京都大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • 野生イネOryza meridionalisを用いて同定されたイネ種子亜鉛濃度を支配するqGZn9は連鎖した２つの遺伝子座によって制御される
    宮崎直哉, 谷古健太, 岩田将英, 門田剛太郎, Orn Chhourn, 吉田周作, 石井尊生, 馬建鋒, 石川亮
    日本育種学会第134回講演会, 2018年09月, 日本語, 日本育種学会, 岡山大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • 穂の開帳性が栽培イネ(Oryza sativa)の穂形態に与える影響について
    窪田芳生, 西岡諒, 石井尊生, 石川亮
    日本育種学会第134回講演会, 2018年09月, 日本語, 日本育種学会, 岡山大学, 国内会議
    ポスター発表

  • 熱帯アジアにおける栽培イネから野生イネへの遺伝子流動について
    谷尾侑香, Chhourn Orn, 秋本正博, 宍戸理恵子, Than Myint Htun, Phuong Dang, Thai Phan, 野々村賢一, 小出陽平, 石川亮, 石井尊生
    日本育種学会第134回講演会, 2018年09月, 日本語, 日本育種学会, 岡山大学, 国内会議
    ポスター発表

  • ジャポニカ型栽培イネ（日本晴）の非脱粒性に関与する新規遺伝子座の離層形成への効果
    杉山昇平, 辻村雄紀, 大塚宏太郎, Than Myint Htun, 石井尊生, 石川亮
    日本育種学会第134回講演会, 2018年09月, 日本語, 日本育種学会, 岡山大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • イネ育種における野生イネ利用の可能性
    石川亮, 宮崎直哉, 杉山昇平, 窪田芳生, 馬建鋒, 石井尊生
    日本育種学会第134回講演会, 2018年09月, 日本語, 日本育種学会, 岡山大学, 国内会議
    シンポジウム・ワークショップパネル（指名）

  • Exomeと果実・葉形状にみる日本のウメの多様性
    沼口孝司, 赤木剛士, 北村祐人, 大江孝明, 石川亮, 石井尊生
    日本育種学会第134回講演会, 2018年09月, 日本語, 日本育種学会, 岡山大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • Evaluation of the domestication-related traits in rice: plant genetics meets archaeobotany
    Ryo Ishikawa
    International Workshop: Current Frontiers in the Archaeobotany of Rice, 2018年08月, 英語, Center for the Study of Chinese Archaeology, Peking University, 国際会議
    [招待有り]
    口頭発表（招待・特別）

  • 野生イネOryza rufipogon における種子脱粒性遺伝子座間の相互作用
    杉山昇平, Cristina Castillo, 岡佑美, Than Myint Htun, 野々村賢一, 石井尊生, 石川亮
    イネ遺伝学・分子生物学ワークショップ2018, 2018年07月, 日本語, 国立遺伝学研究所, 国内会議
    ポスター発表

  • オーストラリア由来の野生イネOryza meridionalis を用いたイネ種子亜鉛濃度を支配する遺伝子座の同定
    宮崎直哉, 谷古健太, 岩田将英, 門田剛太郎, Orn Chhourn, 吉田周作, 石井尊生, 馬建鋒, 石川亮
    イネ遺伝学・分子生物学ワークショップ2018, 2018年07月, 日本語, 国立遺伝学研究所, 国内会議
    ポスター発表

  • イネにおける小穂の開花メカニズムの解明に向けて
    小川風和, 石川亮, 石井尊生
    近畿作物・育種研究会 第185回例会, 2018年06月, 日本語, 近畿作物・育種研究会, 神戸大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • ジャポニカ型栽培イネOryza sativa 日本晴の非脱粒性に関与する新規遺伝子座の同定
    辻村雄紀, Than Myint Htun, 沼口孝司, 高間菜摘, 杉山昇平, 石井尊生, 石川亮
    第59回日本植物生理学会年会, 2018年03月, 日本語, 植物生理学会, 札幌コンベンションセンター, 国内会議
    ポスター発表

  • Evaluation of the domestication-related traits in rice: plant genetics meets archaeobotany
    Ryo Ishikawa
    New trends in Afro-Euraasian archaeobotany, 2018年01月, 英語, Nara Palace Site Museum (Nara National Research Institute for Cultural Properties), 国際会議
    [招待有り]
    口頭発表（招待・特別）

  • 野生イネの繁殖に必須の種子脱粒性に関わる遺伝子座の同定
    辻村雄紀, Than Myint Htun, 沼口孝司, 高間菜摘, 杉山昇平, 石井尊生, 石川亮
    第49回種生物学シンポジウム, 2017年12月, 日本語, 種生物学会, すかっとランド九頭竜, 国内会議
    ポスター発表

  • 野生イネOryza rufipogonと栽培イネOryza sativaの交雑系統群を利用した新規Na+ 輸送系遺伝子・変異の探索
    堀内智貴, 石川亮, 田野井慶太朗, 小林奈通子, 石井尊生, 堀江智明
    日本育種学会第132回講演会, 2017年10月, 日本語, 日本育種学会, 岩手大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • ウメ遺伝資源における収穫期および果実形質の多様性
    沼口孝司, 北村祐人, 仲慶晃, 大江孝明, 土田靖久, 石川亮, 石井尊生
    日本育種学会第132回講演会, 2017年10月, 日本語, 日本育種学会, 岩手大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • embryoless変異体を用いたイネの胚・胚乳サイズ比率制御機構の解析
    金川真実, 松本和也, 石川亮, 伊藤純一, 桧原健一郎
    日本育種学会第132回講演会, 2017年10月, 日本語, 日本育種学会, 岩手大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • ウメ黒星病抵抗性に関与するQTLの同定に向けて
    沼口孝司, 北村祐人, 石川亮, 石井尊生
    園芸学会 平成29年度秋季大会, 2017年09月, 日本語, 園芸学会, 酪農学園大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • 栽培イネと野生イネの戻し交雑系統群を用いたイネの花器官を支配する遺伝子座の同定
    石川 亮, 渡部 貴史, 西岡 諒, Pham Thien Thanh, 石井 尊生
    日本育種学会第131回講演会, 2017年07月, 日本語, 日本育種学会, 名古屋大学, 国内会議
    ポスター発表

  • インディカ型栽培イネIR36の非脱粒性を支配する新規遺伝子座の探索
    辻村 雄紀, 井上 千鶴, Than Myint Htun, 西村 彬則, 杉山 昇平, 岡 佑美, 石井 尊生, 石川 亮
    日本育種学会第131回講演会, 2017年07月, 日本語, 日本育種学会, 名古屋大学, 国内会議
    ポスター発表

  • 野生イネ（Oryza rufipogon）の遺伝的背景で芒を短くするためには - イネの栽培化における無芒性の検証にむけて –
    池本 麻衣, 大塚 光晴, 石川 亮, 石井 尊生
    日本育種学会第131回講演会, 2017年03月, 日本語, 日本育種学会, 名古屋大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • 栽培イネと野生イネの戻し交雑系統群を用いたイネの花器官を支配する遺伝子座の同定
    石川 亮, 渡部 貴史, 西岡 諒, Pham Thien Thanh, 石井 尊生
    日本育種学会第131回講演会, 2017年03月, 日本語, 日本育種学会, 名古屋大学, 国内会議
    ポスター発表

  • シロイヌナズナのリン酸濃度応答遺伝子の探索
    鈴木 太郎, 大西 美輪, 菅野 里美, 手塚あゆみ, 出口 亜由美, 永野 惇, 石川 亮, 石崎 公庸, 深城 英弘, 三村 徹郎
    第58回日本植物生理学会年会, 2017年03月, 日本語, 日本植物生理学会, 鹿児島大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • インディカ型栽培イネIR36の非脱粒性を支配する新規遺伝子座の探索
    辻村 雄紀, 井上 千鶴, Than Myint Htun, 西村 彬則, 杉山 昇平, 岡 佑美, 石井 尊生, 石川 亮
    日本育種学会第131回講演会, 2017年03月, 日本語, 日本育種学会, 名古屋大学, 国内会議
    ポスター発表

  • 野生イネOryza rufipogon由来の穂の開帳性に関する遺伝子座と関連遺伝子の発現について
    西岡 諒, 三日月 裕美, 田中 裕, 沼口 孝司, 石川 亮, 石井 尊生
    日本育種学会第130回講演会, 2016年09月, 日本語, 日本育種学会, 鳥取大学, 国内会議
    ポスター発表

  • 野生イネOryza rufipogonと栽培イネO. sativaの戻し交雑自殖系統を用いた節からの出芽能力の評価
    池本 麻衣, 大八木 徹弥, Pham Thien Thanh, 石川 亮, 石井 尊生
    日本育種学会第130回講演会, 2016年09月, 日本語, 日本育種学会, 鳥取大学, 国内会議
    ポスター発表

  • 野生イネOryza rufipogonとインディカ型栽培イネ（カサラス）の戻し交雑集団を用いた種子脱粒性に関する新規遺伝子座の探索
    岡 佑美, 竹中 祥尭, 高間 菜摘, 井上 千鶴, Than Myint Htun, 辻村 雄紀, 石井 尊生, 石川 亮
    日本育種学会第130回講演会, 2016年09月, 日本語, 日本育種学会, 鳥取大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • シロイヌナズナのリン酸濃度応答遺伝子の探索
    鈴木 太郎, 大西 美輪, 菅野 里美, 郷 達明, 豊倉 浩一, 永野 惇, 手塚 あゆみ, 石川 亮, 石崎 公庸, 深城 英弘, 三村 徹郎
    日本植物学会第80回大会, 2016年09月, 日本語, 日本植物学会, 沖縄コンベンションセンター, 国内会議
    ポスター発表

  • ジャポニカ型栽培イネ（日本晴）の非脱粒性に関与した遺伝子座の推定
    辻村 雄紀, Than Myint Htun, 沼口 孝司, 石井 尊生, 石川 亮
    日本育種学会第130回講演会, 2016年09月, 日本語, 日本育種学会, 鳥取大学, 国内会議
    ポスター発表

  • オーストラリアの野生イネOryza meridionalisを用いた種子亜鉛濃度に関わる遺伝子座の同定とその効果の検証
    谷古 健太, 岩田 将英, 門田 剛太郎, Orn Chhourn, 吉田 周作, 石井 尊生, 馬, 建鋒, 石川 亮
    日本育種学会第130回講演会, 2016年09月, 日本語, 日本育種学会, 鳥取大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • ウメ遺伝資源における黒星病およびかいよう病抵抗性の評価
    沼口 孝司, 北村 祐人, 土田 靖久, 仲 慶晃, 石川 亮, 石井 尊生
    日本育種学会第130回講演会, 2016年09月, 日本語, 日本育種学会, 鳥取大学, 国内会議
    ポスター発表

  • Oryza rufipogonとインディカ型栽培イネ（カサラス）の戻し交雑集団を用いた種子脱粒性に関する新規遺伝子座の探索
    岡 佑美, 竹中 祥尭, 高間 菜摘, 井上 千鶴, Than Myint Htun, 辻村 雄紀, 石井 尊生, 石川 亮
    日本育種学会第130回講演会, 2016年09月, 日本語, 日本育種学会, 鳥取大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • Evaluation of seed-shattering behaviour in early rice domestication
    Ryo Ishikawa, Yumi Oka, Yuki Tsujimura, Natsumi Takama, Chizuru Inoue, Than Myint Htun, Takashige Ishii
    8th World Archaeology Congress, 2016年09月, 英語, Doshisha University, 国際会議
    [招待有り]
    口頭発表（招待・特別）

  • A closed panicle played an important role in rice domestication
    Ryo Nishioka, Koji Numaguchi, Pham Thien Thanh, Ryo Ishikawa, Takashige Ishii
    8th World Archaeology Congress, 2016年09月, 英語, Doshisha University, 国際会議
    ポスター発表

  • 野生イネOryza rufipogon由来の穂の開帳性を支配する遺伝子座の推定と効果の検証
    西岡 諒, 三日月 裕美, 田中 裕, 沼口 孝司, 石川 亮, 石井 尊生
    イネ遺伝学・分子生物学ワークショップ, 2016年07月, 日本語, 名古屋大学, 国内会議
    ポスター発表

  • インディカ型栽培イネ（カサラス）の非脱粒性を支配するsh4座以外の遺伝子座の探索
    岡 佑美, 竹中 祥尭, 高間 菜摘, 井上 千鶴, 辻村 雄紀, Than Myint Htun, 石井 尊生, 石川亮
    イネ遺伝学・分子生物学ワークショップ, 2016年07月, 日本語, 名古屋大学, 国内会議
    ポスター発表

  • Identification of quantitative trait loci controlling seed-shattering behaviour in rice
    Yuki Tsujimura, Than Myint Htun, Chizuru Inoue, Takashige Ishii, Ryo Ishikawa
    PAG Asia 2016, 2016年06月, 英語, Grand Copthorne Waterfront Hotel, 国際会議
    ポスター発表

  • Allelic interaction at awing loci in the genetic backgrounds of wild and cultivated rice
    Mai Ikemoto, Mitsuharu Otsuka, Pham Thien Thanh, Ryo Ishikawa, Takashige Ishii
    PAG Asia 2016, 2016年06月, 英語, Grand Copthorne Waterfront Hotel, 国際会議
    ポスター発表

  • 野生イネと栽培イネの間で検出されたアルミニウムストレス耐性を支配する遺伝子座qAl1の遺伝学的解析
    和田 もりえ, 岩田 将英, 横正 健剛, 吉田 周作, Pham Tien Thanh, 石井 尊生, 馬 建鋒, 石川 亮
    日本育種学会第129回講演会, 2016年03月, 日本語, 日本育種学会, 横浜市立大学, 国内会議
    ポスター発表

  • 野生イネおよび栽培イネの遺伝的背景における芒の長さを支配する遺伝子座の対立遺伝子間の相互作用
    池本 麻衣, 大塚 光晴, 石川 亮, 石井 尊生
    日本育種学会第129回講演会, 2016年03月, 日本語, 日本育種学会, 横浜市立大学, 国内会議
    ポスター発表

  • 野生イネOryza rufipogonと栽培イネO. sativaの戻し交雑集団を用いた穂の開帳性に関するQTL解析
    西岡 諒, 三日月 裕美, 田中 裕, 沼口 孝司, 石川 亮, 石井 尊生
    日本育種学会第129回講演会, 2016年03月, 日本語, 日本育種学会, 横浜市立大学, 国内会議
    ポスター発表

  • オーストラリア由来の野生イネOryza meridionalisを用いた種子亜鉛濃度に関わる遺伝子座の同定
    岩田 将英, 谷古 健太, 門田 剛太郎, Orn Chhourn, 吉田 周作, 石井 尊生, 馬 建鋒, 石川 亮
    日本育種学会第129回講演会, 2016年03月, 日本語, 日本育種学会, 横浜市立大学, 国内会議
    ポスター発表

  • インディカ型栽培イネKasalathの脱粒性喪失に関与した新規遺伝子座の探索
    岡 佑美, 井上 千鶴, Than Myint Htun, 竹中 祥尭, 辻村 雄紀, 石井 尊生, 石川 亮
    日本育種学会第129回講演会, 2016年03月, 日本語, 日本育種学会, 横浜市立大学, 国内会議
    ポスター発表

  • 野生イネ(Oryza rufipogon) の遺伝的背景における種子脱粒性と穂の開帳性の関係
    井上 千鶴, Than Myint Htun, 石井 尊生, 石川 亮
    日本育種学会第128回講演会, 2015年09月, 日本語, 日本育種学会, 新潟大学, 国内会議
    ポスター発表

  • Evaluation of the domestication-related traits in rice
    Ryo Ishikawa, Yumi Oka, Ryo Nishioka, Mai Ikemoto, Than Myint Htun, Chizuru Inoue, Koji Numaguchi, Takashige Ishii
    Early rice cultivation systems and their impact on social evolution and the environment., 2015年09月, 英語, University College London, 国際会議
    [招待有り]
    口頭発表（招待・特別）

  • Evaluation of genetic variation among wild and cultivated rice in Cambodia
    Orn Chhourn, Rieko Shishido, Masahiro Akimoto, Ryo Ishikawa, Than Myint Htun, Ryo Nishioka, Men Sarom, Sakhan Sophany, Ouk Makara, Takashige. Ishii
    日本育種学会第128回講演会, 2015年09月, 英語, 日本育種学会, 新潟大学, 国内会議
    ポスター発表

  • 野生イネOryza rufipogon由来の穂の開帳性を支配する遺伝子座の推定
    西岡 諒, 三日月 裕美, Than Myint Htun, 石川 亮, 石井 尊生
    近畿作物・育種研究会 第179回例会, 2015年05月, 日本語, 近畿作物・育種研究会, 奈良県立橿原考古学研究所, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • 野生イネOryza rufipogonと栽培イネO. sativaの戻し交雑自殖系統を用いた節からの出芽・出根能力およびひこばえの発生能力の評価
    池本 麻衣, 大八木 徹弥, Pham Thien Thanh, 石川 亮, 石井 尊生
    近畿作物・育種研究会 第179回例会, 2015年05月, 日本語, 近畿作物・育種研究会, 奈良県立橿原考古学研究所, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • 野生イネと栽培イネのアルミニウムストレス耐性を支配する遺伝子座の同定とその効果
    和田 もりえ, 岩田 将英, 吉田 周作, Pham Thien Thanh, 石井 尊生, 馬 建鋒, 石川 亮
    日本育種学会第127回講演会, 2015年03月, 日本語, 日本育種学会, 玉川大学, 国内会議
    ポスター発表

  • インディカ型栽培イネ(Oryza sativa cv. IR36)における種子脱粒性の喪失に関与した遺伝子座数の推定
    西村 彬則, Than Myint Htun, 井上 千鶴, 岡 佑美, 石井 尊生, 石川 亮
    日本育種学会第127回講演会, 2015年03月, 日本語, 日本育種学会, 玉川大学, 国内会議
    ポスター発表

  • Evaluation of genetic variation among wild rice populations in Cambodia
    Orn Chhourn, Rieko Shishido, Hiroki Kageyama, Masahiro Akimoto, Ryo Ishikawa, Makara Ouk, Sarom Men, Takashige Ishii
    日本育種学会第127回講演会, 2015年03月, 英語, 日本育種学会, 玉川大学, 国内会議
    ポスター発表

  • Seed shattering behaviour and abscission layer formation in rice
    Cizuru Inoue, Than Myint Htun, Yumi Oka, Kanako Inoue, Ken-ichi Ikeda, Takashige Ishii, Ryo Ishikawa
    Marchantia Workshop 2014, 2014年12月, 英語, Centennial Hall, Kobe University, 国際会議
    ポスター発表

  • 野生イネ(Oryza rufipogon)の遺伝的背景における種子脱粒性遺伝子座の相互作用と離層形態
    井上 千鶴, Than Myint Htun, 井上 加奈子, 池田 健一, 石井 尊生, 石川 亮
    日本育種学会第126回講演会, 2014年09月, 日本語, 日本育種学会, 南九州大学, 国内会議
    ポスター発表

  • 野生イネと栽培イネのアルミニウムストレス耐性を支配する遺伝子座の同定
    和田 もりえ, 岩田 将英, 吉田 周作, Pham Thien Thanh, 石井 尊生, 馬 建鋒, 石川 亮
    イネ遺伝学・分子生物学ワークショップ2014, 2014年07月, 日本語, 東京大学, 国内会議
    シンポジウム・ワークショップパネル（公募）

  • 野生イネ(Oryza rufipogon)における種子脱粒性遺伝子座間の相互作用
    井上 千鶴, Than Myint Htun, Orn Chhourn, 岡 佑美, 石井 尊生, 石川 亮
    イネ遺伝学・分子生物学ワークショップ2014, 2014年07月, 日本語, 東京大学, 国内会議
    シンポジウム・ワークショップパネル（公募）

  • 野生イネ(Oryza rufipogon)の遺伝的背景における種子脱粒性遺伝子座間の相互作用
    井上 千鶴, Than Myint Htun, 石井 尊生, 石川 亮
    日本育種学会第125回講演会, 2014年03月, 日本語, 日本育種学会, 東北大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • 野生イネ(Oryza rufipogon)の遺伝的背景における栽培化関連形質の評価
    西村 彬則, 岩崎 友哉, 山本 知佳, 石川 亮, 石井 尊生
    日本育種学会第125回講演会, 2014年03月, 日本語, 日本育種学会, 東北大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • Identification of a quantitative trait locus involved in abscission layer formation for seed shattering in Asian wild rice, Oryza rufipogon
    Than Myint Htun, Chizuru Inoue, Orn Chhourn, Takashige Ishii, Ryo Ishikawa
    日本育種学会第125回講演会, 2014年03月, 英語, 日本育種学会, 東北大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • Evaluation of genetic diversity among rice varieties in Cambodia
    Orn Chhourn, Ryo Ishikawa, Sakhan Sophany, Ouk Makara, Takashige Ishii
    7th International Conference of Rice Genetics, 2013年11月, 英語, Dusit Thai Hotel Manila, Philippine, 国際会議
    ポスター発表

  • Closed panicles in rice domestication
    Ishii T, Numaguchi K, Miura K, Yoshida K, Thanh PT, Htun TM, Yamasaki M, Matsumoto T, Terauchi R, Ishikawa R, Ashikari M
    International Rice Genetics Symposium, 2013年11月, 英語, Manila, Philippines, 国際会議
    口頭発表（一般）

  • A closed panicle trait regulated by OsLG1 in domesticated rice, Oryza sativa L.
    Ryo Ishikawa, Kotaro Miura, Kentaro Yoshida, Koji Numaguchi, Than Myint Htun, Pham Thien Thanh, Takashi Matsumoto, Masanori Yamasaki, Ryohei Terauchi, Motoyuki Ashikari, Takashige Ishii
    7th International Rice Genetics Symposium, 2013年11月, 英語, Dusit Thai Hotel Manila, Philippine, 国際会議
    ポスター発表

  • A closed panicle trait regulated by OsLG1 in domesticated rice, Oryza sativa L.
    Ryo Ishikawa, Kotaro Miura, Kentaro Yoshida, Koji Numaguchi, Than Myint Htun, Pham Thien Thanh, Takashi Matsumoto, Masanori Yamasaki, Ryohei Terauchi, Motoyuki Ashikari, Takashige Ishii
    7th International Conference of Rice Genetics, 2013年11月, 英語, Dusit Thai Hotel Manila, Philippine, 国際会議
    ポスター発表

  • 穂が閉じることによって野生イネはどう変化したか？
    沼口 孝司, Htun Than Myint, Thanh Pham Thien, 石川 亮, 石井 尊生
    日本育種学会第124回講演会, 2013年10月, 日本語, 日本育種学会, 鹿児島大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • イネの胚、胚乳サイズ比率に関わるEMBRYOLESS1遺伝子の解析
    堀島 佑月, 琴 梨世, 石川 亮, 桧原 健一郎, 伊藤 純一, 長戸 康郎
    日本育種学会第124回講演会, 2013年10月, 日本語, 日本育種学会, 鹿児島大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • Wild QTLs analysis for agronomic traits using recombinant inbred lines between Oryza rufipogon and O. sativa
    Pham Thien Thanh, Phuong Dang, Thai Phan, 石川 亮, 石井 尊生
    日本育種学会第124回講演会, 2013年10月, 英語, 日本育種学会, 鹿児島大学, 国内会議
    ポスター発表

  • 野生イネの遺伝的背景における栽培イネの非脱粒性遺伝子の効果
    石川 亮, Than Myint Htun, 山崎 将紀, Pham Thien Thanh, 石井 尊生
    第52回日本植物生理学会年会, 2011年03月, 日本語, 日本植物生理学会, 東北大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • 野生イネ (Oryza rufipogon)の種子有芒性の評価および遺伝子マッピング
    大塚 光晴, 石川 亮, 石井 尊生
    日本育種学会第119回講演会, 2011年03月, 日本語, 日本育種学会, 横浜市立大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • 栽培イネ Oryza sativa Nipponbareを野生イネO. rufipogon W630で戻し交雑した自殖系統群を用いた植物と種子の形態形質に関するQTL解析
    山本 知佳, 岩崎 友哉, 石川 亮, 石井 尊生
    日本育種学会第119回講演会, 2011年03月, 日本語, 日本育種学会, 横浜市立大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • フィトクロムによるHd1を介したフロリゲン遺伝子Hd3aの転写制御と日長認識機構
    石川 亮, 青木 麻由美, 黒谷 賢一, 横井 修司, 篠村 知子, 高野 誠, 島本 功
    日本育種学会第119回講演会, 2011年03月, 日本語, 日本育種学会, 横浜市立大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • イネ無胚乳変異原因遺伝子ENL1はSNF2ヘリカーゼ様タンパク質をコードする
    加藤 大和, 原 睦美, 佐藤 豊, 北野 英己, 長戸 康郎, 石川 亮, 木下 哲, 武田 真, 服部 束穂
    第52回日本植物生理学会年会, 2011年03月, 日本語, 日本植物生理学会, 東北大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • イネ属種間交雑における胚乳発生異常とOsMADS87インプリント遺伝子の制御異常
    大西 孝幸, 石川 亮, 木下 由紀, 永口 貢, 倉田 のり, 木下 哲
    第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会, 2010年12月, 日本語, 日本分子生物学会, 神戸ポートアイランド, 国内会議
    シンポジウム・ワークショップパネル（公募）

  • イネSNF2 ヘリカーゼ様タンパク質をコードするENDOSPERMLESS1（ENL1）の欠損は胚乳核の分裂異常を示す
    原 睦美, 加藤 大和, 佐藤 豊, 北野 英己, 長戸 康郎, 石川 亮, 木下 哲, 武田 真, 服部 束穂
    第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会, 2010年12月, 日本語, 日本分子生物学会, 神戸ポートアイランド, 国内会議
    ポスター発表

  • 野生イネと私：野生種を用いた新たな発見とその育種利用に向けて
    石川 亮
    日本育種学会第118回講演会, 2010年09月, 日本語, 日本育種学会, 秋田県立大学, 国内会議
    口頭発表（招待・特別）

  • 高等植物胚乳における種の障壁成立のルールとメカニズム
    木下 哲, 大西 孝幸, 石川 亮, 木下 由紀, 永口 貢, 倉田のり
    日本遺伝学会第82回大会, 2010年09月, 日本語, 日本遺伝学会, 札幌市, 国内会議
    シンポジウム・ワークショップパネル（公募）

  • イネのbiotoron breeding system; 年6度の戻し交配を可能にする栽培法
    大西 孝幸, 石川 亮, 山川 博幹, 木下 哲
    日本育種学会第118回講演会, 2010年09月, 日本語, 日本育種学会, 秋田県立大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • QTL analysis for spikelet opening time using backcross inbred lines between Oryza sativa Nipponbare and O. rufipogon
    Pham Thien Thanh, Phan Dang, Thai Phuong, Ryo Ishikawa, Takashige Ishii
    日本育種学会第117回講演会, 2010年03月, 英語, 日本育種学会, 京都大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • Estimation of outcrossing rate of Asian wild rice, Oryza rufipogon, under field condition
    Phan Dang Thai Phuong, Hiroki Kageyama, Ryo Ishikawa, Takashige Ishii
    日本育種学会第117回講演会, 2010年03月, 英語, 日本育種学会, 京都大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • QTL analysis for useful agronomic characters using backcross inbred lines between Oryza rufipogon and O. sativa Japonica Nipponbare
    Pham Thien Thanh, Ryo Ishikawa, Naoki Mori, Takashige Ishii
    6th International Conference of Rice Genetics, 2009年11月, 英語, Manila Hotel, Philippine, 国際会議
    ポスター発表

  • QTL analysis for useful agronomic characters using backcross inbred lines between Oryza rufipogon and O. sativa Japonica Nipponbare
    Thanh PT, Ishikawa R, Mori N, Ishii T
    International Rice Genetics Symposium, 2009年11月, 英語, Manila, Philippines, 国際会議
    ポスター発表

  • Genomic imprinting and reproductive barrier observed in the hybrid endosperm of rice
    Ryo Ishikawa, Mitsugu Eiguchi, Yuki Shinzaki, Nori Kurata, Tetsu Kinoshita
    6th International Conference of Rice Genetics, 2009年11月, 英語, Manila Hotel, Philippine, 国際会議
    ポスター発表

  • Abnormal development observed in the hybrid endosperm between cultivated and wild rice
    Ryo Ishikawa, Mitsugu Eiguchi, Yuki Shinzaki, Nori Kurata, Tetsu Kinoshita
    6th International Conference of Rice Genetics, 2009年11月, 英語, Manila Hotel, Philippine, 国際会議
    ポスター発表

  • 栽培イネと野生イネの種間交雑にみられる胚乳発生異常の原因
    石川 亮, 永口 貢, 新崎 由紀, 倉田 のり, 木下 哲
    第50回日本植物生理学会年会, 2009年03月, 日本語, 日本植物生理学会, 名古屋大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • ゲノムインプリンティングを介した生殖隔離
    石川 亮, 木下哲
    第40回種生物学シンポジウム, 2008年12月, 日本語, 種生物学会, 守谷市 デュープレックスセミナーホテル, 国内会議
    口頭発表（招待・特別）

  • Genomic imprinting and reproductive barrier observed in the hybrid endosperm of rice
    Ryo Ishikawa, Mitsugu Eiguchi, Nori Kurata, Tetsu Kinoshita
    EMBO World Workshop Genomic Imprinting, 2008年09月, 英語, Temasek LifeSciences Laboratory, Singapore, 国際会議
    ポスター発表

  • イネの胚乳における生殖隔離機構とゲノムインプリンティング
    石川 亮, 永口 貢, 池田 陽子, 倉田 のり, 木下 哲
    第49回日本植物生理学会年会, 2008年03月, 日本語, 日本植物生理学会, 北海道札幌コンベンションセンター, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • イネの開花におけるフィトクロムの役割
    石川 亮, 青木 麻由美, 黒谷 賢一, 清水 久代, 横井 修司, 稲垣 言要, 篠村 知子, 高野 誠, 島本 功
    第48回日本植物生理学会年会, 2007年03月, 日本語, 日本植物生理学会, 愛媛大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • Hd1過剰発現植物を用いたイネ開花経路の解析
    青木 麻由美, 黒谷 賢一, 石川 亮, 横井 修司, 島本 功
    第29回日本分子生物学会, 2006年12月, 日本語, 日本分子生物学会, 京都, 国内会議
    ポスター発表

  • イネの開花におけるフィトクロムの作用
    石川 亮, 篠村 知子, 高野 誠, 島本 功
    日本育種学会第110回講演会, 2006年09月, 日本語, 日本育種学会, 愛媛大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • Natural variation in flowering time genes and night-break effects in rice
    Yasuyuki Takahashi, Ryo Ishikawa, Shuji Yokoi, Ko Shimamoto
    8th International Congress on Plant Molecular Biology, 2006年08月, 英語, Adelaide, South Australia, 国際会議
    ポスター発表

  • Natural variation in flowering time genes and night-break effects in rice
    Yasuyuki Takahashi, Ryo Ishikawa, Shuji Yokoi, Ko Shimamoto
    20th IUPMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology, 2006年06月, 英語, Kyoto, Japan, 国際会議
    ポスター発表

  • Hd1 overexpression delays flowering in rice under SD conditions
    Mayumi Aoki, Ken-ichi Kurotani, Ryo Ishikawa, Shuji Yokoi, Ko Shimamoto
    20th IUPMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology, 2006年06月, 英語, Kyoto, Japan, 国際会議
    ポスター発表

  • Effects of light quality on night-break in rice flowering
    Ryo Ishikawa, Tomoko Shinomura, Takanari Tanabata, Hisayo Shimizu, Noritoshi Inagaki, Makoto Takano, Ko Shimamoto
    20th IUPMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology, 2006年06月, 英語, Kyoto, Japan, 国際会議
    ポスター発表

  • Effects of light quality on night-break in rice flowering
    Ryo Ishikawa, Shojiro Tamaki, Yasuyuki Takahashi, Toru Ishizuka, Shuji Yokoi, Noritoshi Inagaki, Tomoko Shinomura, Makoto Takano, Ko Shimamoto
    International Plant Photobiology Meeting, 2006年04月, 英語, Paris, France, 国際会議
    ポスター発表

  • イネの光中断おける光質とフィトクロムの役割
    石川 亮, 篠村 知子, 七夕 高也, 清水 久代, 稲垣 言要, 高野 誠, 島本 功
    第47回日本植物生理学会年会, 2006年03月, 日本語, 日本植物生理学会, 筑波大学, 国内会議
    ポスター発表

  • イネコアコレクションを用いた開花関連遺伝子の多様性の解明
    高橋 靖幸, 石川 亮, 横井 修司, 島本 功
    第47回日本植物生理学会年会, 2006年03月, 日本語, 日本植物生理学会, 筑波大学, 国内会議
    ポスター発表

  • Molecular basis of night break effect on rice flowering
    Ryo Ishikawa, Shojiro Tamaki, Yasuyuki Takahashi, Toru Ishizuka, Shuji Yokoi, Noritoshi Inagaki, Tomoko Shinomura, Makoto Takano, Ko Shimamoto
    5th International Rice Genetics Symposium, 2005年11月, 英語, Manila, Philippines, 国際会議
    ポスター発表

  • イネの開花における光中断の分子遺伝学的解析
    石川 亮, 玉置 祥二郎, 高橋 靖幸, 石塚 徹, 横井 修司, 稲垣 言要, 篠村 知子, 高野 誠, 島本 功
    第77回日本遺伝学会年会, 2005年09月, 日本語, 日本遺伝学会, 国立オリンピック記念青少年総合センター, 国内会議
    [招待有り]
    口頭発表（招待・特別）

  • Molecular basis of night break effect on flowering in rice
    Ryo Ishikawa, Takahashi Yasuyuki, Toru Ishizuka, Shuji Yokoi, Noritoshi Inagaki, Tomoko Shinomura, Makoto Takano, Ko Shimamoto
    日本育種学会第107,108回講演会, 2005年08月, 英語, 日本育種学会, 筑波大学, 国内会議
    ポスター発表

  • Molecular basis of night break effect on flowering in rice
    Ryo Ishikawa, Yasuyuki Takahashi, Toru Ishizuka, Shuji Yokoi, Noritoshi Inagaki, Tomoko Shinomura, Makoto Takano, Ko Shimamoto
    10th International Congress of SABRAO, 2005年08月, 英語, Tsukuba International Congress Centre, 国際会議
    ポスター発表

  • 野生イネ由来の種子脱粒性、穂の開帳性、種子色を支配する遺伝子のマッピング
    石井 尊生, 崎山 弘樹, 石川 亮, 上島 脩志
    近畿作物育種研究会, 2005年07月, 日本語, 近畿作物育種研究会, 神戸大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • イネにおける光中断効果は開花促進因子Hd3aの発現抑制による
    石川 亮, 玉置 祥二郎, 高橋 靖幸, 石塚 徹, 横井 修司, 稲垣 言要, 篠村 知子, 高野 誠, 島本 功
    イネ・ナズナ合同ワークショップ, 2005年07月, 日本語, 奈良県文化会館, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • 分子遺伝学的な方法論での探索—短日植物イネでの研究例
    島本 功, 玉置 祥二郎, 小宮 怜奈, 松尾 祥一, 石川 亮, 池田 美香, 阿部 誠, 黒谷 賢一, 横井 修司
    第46回日本植物生理学会年会, 2005年03月, 日本語, 日本植物生理学会, 新潟朱鷺メッセ, 国内会議
    [招待有り]
    シンポジウム・ワークショップパネル（指名）

  • イネの光中断おけるフィトクロムの役割
    石川 亮, 高橋 靖幸, 石塚 徹, 横井 修司, 稲垣 言要, 篠村 知子, 高野 誠, 島本 功
    第46回日本植物生理学会年会, 2005年03月, 日本語, 日本植物生理学会, 新潟朱鷺メッセ, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • イネにおける開花制御の遺伝子ネットワーク
    島本 功, 玉置 祥二郎, 石川 亮, 阿部 誠, 小宮 怜奈, 池田 美香, 松尾 祥一, 黒谷 賢一, 横井 修司
    公開シンポジウム「植物の生殖研究-その最前線と今後の方向」, 2004年11月, 日本語, 東京大学, 国内会議
    公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等

  • Molecular basis of night break effect on flowering in rice
    Ryo Ishikawa, Shuji Yokoi, Ko Shimamoto
    World Rice Research Conference, 2004年11月, 英語, Epochal Tsukuba, Tsukuba, Japan, 国際会議
    ポスター発表

  • 栽培イネ(Oryza sativa Nipponbare)の遺伝背景における野生イネ(Oryza rufipogon)由来の脱粒性遺伝子の作用について
    二村 直人, 石川 亮, 上島 脩志, 石井 尊生
    日本育種学会第106回講演会, 2004年09月, 日本語, 日本育種学会, 三重大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • イネの開花を制御する遺伝子ネットワーク
    島本 功, 玉置 祥二郎, 石川 亮, 阿部 誠, 小宮 怜奈, 池田 美香, 松尾 祥一, 黒谷 賢一, 横井 修司
    第76回日本遺伝学会年会, 2004年09月, 日本語, 日本遺伝学会, 大阪大学コンベンションセンター, 国内会議
    [招待有り]
    シンポジウム・ワークショップパネル（指名）

  • Molecular basis of night break effect on flowering in rice
    Ryo Ishikawa, Shojiro Tamaki, Shuji Yokoi, Ko Shimamoto
    58th Yamada Conference on Light Sensing and Signal Transduction in Plant Photomorphogenesis, 2004年06月, 英語, Okazaki Conference Center, Okazaki, Japan, 国際会議
    ポスター発表

  • 植物はいかに日長に応じて花を咲かせるのか？
    島本 功, 玉置 祥二郎, 石川 亮, 阿部 誠, 小宮 怜奈, 池田 美香, 松尾 祥一, 黒谷 賢一, 横井 修司
    日本分子生物学会（奈良春大会）, 2004年05月, 日本語, 日本分子生物学会, 奈良県, 国内会議
    [招待有り]
    シンポジウム・ワークショップパネル（指名）

  • 光中断を利用したイネの開花誘導における遺伝子発現の解析
    石川 亮, 横井 修司, 島本 功
    日本分子生物学会（奈良春大会）, 2004年05月, 日本語, 日本分子生物学会, 奈良県, 国内会議
    ポスター発表

  • Molecular basis of night break effect on flowering in rice
    Ryo Ishikawa, Shuji Yokoi, Ko Shimamoto
    Crop Functional Genomics, 2004年04月, 英語, Ramada Plaza Hotel, Jeju Island, Korea, 国際会議
    ポスター発表

  • 光中断を利用したイネの開花誘導における遺伝子発現の解析
    石川 亮, 横井 修司, 島本 功
    第45回日本植物生理学会年会, 2004年03月, 日本語, 日本植物生理学会, 東京都立大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • イネの日長による開花制御の分子機構 Ⅱ、光中断の効果とその分子機構
    石川 亮, 横井 修司, 島本 功
    日本育種学会第105回講演会, 2004年03月, 日本語, 日本育種学会, 東京大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • 野生イネOryza rufipogon由来の脱粒性遺伝子のマッピング
    二村 直人, 石川 亮, 上島 脩志, 石井 尊生
    日本育種学会第104回講演会, 2003年09月, 日本語, 日本育種学会, 神戸大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

  • 植物の開花における短日・長日性はどうして決められるか
    島本 功, 玉置 祥二郎, 石川 亮, 阿部 誠, 池上 顕子, 横井 修司
    日本発生生物学会第36回大会, 2003年06月, 日本語, 日本発生生物学会, 札幌コンベンションセンター, 国内会議
    [招待有り]
    シンポジウム・ワークショップパネル（指名）

  • Hd3a, an ortholog of FT, is a target of night break in the photoperiodic control of flowering in rice
    Ryo Ishikawa, Shuji Yokoi, Ko Shimamoto
    7th International Congress of Plant Molecular Biology, Barcelona, Spain, 2003年06月, 英語, 国際会議
    ポスター発表

  • イネの短日性を決定する遺伝子ネットワーク
    島本 功, 石川 亮, 阿部 誠, 玉置 祥二郎, 早間 良輔, 井澤 毅, 横井 修司
    第44回日本植物生理学会年会, 2003年03月, 日本語, 日本植物生理学会, 近畿大学, 国内会議
    [招待有り]
    シンポジウム・ワークショップパネル（指名）

  • イネ野生種（Oryza rufipogon）由来の脱粒性遺伝子のマッピング
    石川 亮, 上島 脩志, 石井 尊生
    日本育種学会第101回講演会, 2002年03月, 日本語, 日本育種学会, 玉川大学, 国内会議
    口頭発表（一般）

■ 所属学協会
  • 日本育種学会

■ 共同研究・競争的資金等の研究課題
  • 野生種遺伝資源を活用した熱帯アジアにおけるイネの生産性の向上
    石川 亮, 藤田 大輔, 山形 悦透, 國吉 大地, 岡田 脩平
    日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 国際共同研究加速基金(海外連携研究), 神戸大学, 2024年09月09日 - 2029年03月31日

  • 先史人類による人為的環境形成（植物相）に関する研究
    那須 浩郎, 内藤 健, 菅 裕, 石川 亮, 大田 竜也
    日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 学術変革領域研究(A), 岡山理科大学, 2023年04月01日 - 2028年03月31日
    本年度は、以下の項目を中心に研究を実施した。 1. ウルシ：本年度は、中国湖北省のサンプルを中心とした現生ウルシの全ゲノム解析を行った。加えて、京都周辺のウルシを自然の山林からサンプリングし、これも全ゲノム解析を行った。さらに、ウルシの古代DNA分析を進めるための基礎研究として、現在の生漆にDNAが含まれているかどうかを検証した。 2．アズキ：本年度は、現生アズキと野生種ヤブツルアズキのゲノム解析を実施した。その結果、日本列島の栽培アズキが野生種ヤブツルアズキに最も近縁であり、アズキが日本列島起源の栽培植物である可能性が極めて高いことが示された。また、縄文時代の遺跡から出土したアズキ亜属の炭化種子のサイズ変化と種皮厚の変化を調べた結果、縄文時代から弥生時代までのアズキ亜属の種皮厚は、野生種ヤブツルアズキの変異内に収まっており、種皮厚の形質変化は起きていないことが明らかになった。 3．イネ：本年度は、イネの種子脱粒性の喪失に関わる原因遺伝子の特定を進めた。その結果、イネの種子脱粒性を制御する遺伝子は少なくとも3つ（sh4，qsh1，qsh3）あり、穂の開帳性を制御する遺伝子１つ（SPR3）との組み合わせにより、脱粒性が喪失されることが明らかとなった。突帯文期から弥生時代のイネにこれらの変異があるかどうかを古代DNAと形態（脱粒痕）の双方から検討することが今後の課題となった。古代DNA分析については、鳥取県青谷上寺地遺跡において、弥生時代の堆積物から未炭化のイネの籾殻を多数採取した。これについてイネの古代DNA抽出に成功しており、すでに5.2xのゲノム配列の決定を行なっている。

  • 栽培イネが獲得した種子の非脱粒性の遺伝基盤解明と育種への活用
    石川 亮
    日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 基盤研究(B), 神戸大学, 2024年02月28日 - 2027年03月31日
    イネは栽培化過程において種子脱粒性が抑制され収量が向上した。日本・世界各地で栽培 されるイネの種子脱粒程度には品種間差異が見られ、量的形質であることが知られているが、その遺伝基盤の全体像は解明されていない。本課題では、これまでに同定された複数の新規脱粒性遺伝子座の原因変異を同定し、それらの役割と作用を解明する。そして、各遺伝子座の変異を 識別するDNAマーカーを開発することで、脱粒性程度の改変を通じて育種に貢献するシステムを構築することを目標に研究を進めた。 本年度はジャポニカ栽培イネ日本晴の種子の非脱粒性に関わるqCSS3遺伝子座の候補領域について、組換え系統を用いた連鎖解析によって２つのDNAマーカーに限定された約500kbの領域が同定された。また、インディカ栽培イネIR36の種子の非脱粒性に関与するqCSS2とqCSS7の作用について、電子顕微鏡を用いて評価する実験系の構築に着手した。さらにAUSタイプの栽培イネカサラスの非脱粒性に関わる３つの遺伝子座について、それぞれの効果を遺伝学的に検証し、種子脱粒程度に関与することを確認した。陸稲在来品種を用いた新たな種子の非脱粒性を支配する遺伝子座の推定も進み、ジャポニカ栽培イネ日本晴と同様にqCSS3遺伝子座に加え、新規の遺伝子座が関与している可能性が得られた。これら候補領域に連鎖するDNAマーカーが設定できたが、候補領域がまだ広範に及ぶことからさらなる連鎖解析によって、脱粒性形質と密接に連鎖するDNAマーカーを開発する必要がある。

  • 栽培イネが獲得した種子の非脱粒性の遺伝基盤解明と育種への活用
    石川 亮
    日本学術振興会, 科学研究費助成事業 基盤研究(B), 基盤研究(B), 神戸大学, 2023年04月01日 - 2027年03月31日

  • 半世紀以上眠るイネ在来品種遺伝資源の凱旋復活に向けて
    石井 尊生, 齊藤 大樹, 佐藤 豊, 石川 亮
    日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 基盤研究(B), 神戸大学, 2022年04月01日 - 2026年03月31日
    本研究では、半世紀以上前にインドシナ諸国で収集され、種子が国立遺伝学研究所で保存されていたイネ在来品種を研究対象とする。そして、当時インドシナ諸国の伝統的稲作を支えていた在来品種の実態を明らかにするとともに、原産国での遺伝資源としての復活を目指している。 本年度は、昨年度に引き続き、国立遺伝学研究所から分譲可能であった271品種の種子増殖を行った。うち、231品種については石垣島にて10個体ずつ生育させ、到穂日数の調査を行った。また、基本的な農業形質についても調査を行った。 インドシナ諸国（カンボジア、ベトナム、ラオス、タイ）を広くカバーする主要162品種については、いもち病の7つの標準菌株を用いて、抵抗性の程度を調査した。その結果、21品種が全菌株に、65品種が6菌株に対して抵抗性を示し、ほぼ半数の在来品種が広域抵抗性を持つことが示唆された。さらに、6つの組織（葉鞘の基部、葉の襟、葉耳、葉舌、柱頭、穎の先端）におけるアントシアニンの色素沈着についても調査を行ったところ、41品種が紫色の組織を持っていた。一番多かったのは葉鞘の基部と穎の先端での着色でそれぞれ39品種見られたが、葉舌の着色は稀で5品種しか観察されなかった。 集団構造解析については、162品種から抽出したDNAを鋳型として、12個のマイクロサテライトマーカー用いた多型調査を試みた。パスポートデータに関しては、種子分譲を受けた全277品種についての精査を終えた。

  • 半世紀以上眠るイネ在来品種遺伝資源の凱旋復活に向けて
    石井 尊生, 齊藤 大樹, 佐藤 豊, 石川 亮
    日本学術振興会, 科学研究費助成事業 基盤研究(B), 基盤研究(B), 神戸大学, 2022年04月01日 - 2026年03月31日

  • 耐塩性イネのNa+およびCl-毒性回避を司る鍵遺伝子座の発掘と塩耐性寄与度の精察
    堀江 智明, 石川 亮
    日本学術振興会, 科学研究費助成事業 基盤研究(C), 基盤研究(C), 信州大学, 2022年04月01日 - 2025年03月31日
    R4年度に、耐塩性イネ在来種ノナボクラと塩感受性の栽培種コシヒカリの交雑系統（染色体断片置換系統群：CSSLs）を利用して、塩ストレス下（25-75 mM: 計9日間）においてClの地下部の蓄積が、ノナボクラ様に有意に高まる系統を発見していた（SL504系統）。この選抜系統の栄養成長期での、より詳細な部位別のClとNaの含量調査を実施した所、塩ストレス下においては、最新未熟葉や完全展開新葉で、有意にClとNa双方ともに高蓄積することが示された。 プレリミナリーな観察として、SL504系統を土耕栽培して、生殖成長期に長期の塩ストレス処理を施した所、コシヒカリよりも耐塩性が強い傾向を示されていた。そこで、R5年度は、再度SL504系統を土耕栽培して同様の試験を行った。SＬ504系統は、対照であるコシヒカリに比べて地上部の視覚的ダメージがより低減しており、穂の乾燥重量を指標とした比較においては、コシヒカリよりも重い傾向を示した。R6年夏には、試料の数を増やし、生殖成長期における収量を含んだ耐性評価のいくつかの指標を詳細に定量評価する予定である。 この系統に関しては、共同研究者との協力により、コシヒカリとの戻し交雑後代集団BC1F1を作製した。BC1F2系統の種子の採取が予定より遅れてしまったが、R6年秋にそれが達成され、早ければR6年末ころからの表現型解析に使用できる状態になる。これらの材料を用いて、栄養成長期、生殖成長期でのClやNa蓄積や収量などの重要な指標を解析し、これらの表現型をもたらす責任遺伝子の絞り込みを進めて行く。

  • アフリカのイネジーンプールに潜在する有用遺伝子の計画的利用に向けた種間雑種戦略
    小出 陽平, 山形 悦透, 石川 亮, 藤田 大輔
    日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 基盤研究(B), 北海道大学, 2021年04月01日 - 2025年03月31日
    将来の食糧安定生産のため、利用可能な遺伝子プールを拡大することは、育種学の使命の一つである。アフリカ栽培・野生イネは、膨大な遺伝変異を有するが、有用遺伝子探索がほとんど行われていない未利用遺伝資源である。本研究では、ゲノム情報を利用した効率的な遺伝子探索システムをアフリカイネに適用し、初期生育や耐虫性などの有用形質に関わる遺伝子の迅速な単離を行う。また、雑種不稔性を回避する種間橋渡し系統を確立し、異種遺伝子の利用を促進するとともに、未解明である種間雑種強勢の遺伝基盤を明らかにし、種間雑種の新しい活用法を構築する。 これまでに、主に、独自のアフリカ栽培イネ集団をもちいたゲノム解析を行い、データを参照配列である日本晴にマッピングした際に得られるSNP情報に基づくゲノムワイド関連解析実験系を構築した。この実験系を用いることで様々な形質に関してゲノムワイド関連解析を行うことが可能となった。さらに、SNP情報より、アフリカ栽培イネを複数の分集団に区分し、各分集団ごとの系統の特徴化を進めた。また、アフリカ栽培イネが持つ遺伝子の単離を迅速に行うために、分集団ごとに系統を選抜し、これら系統の交配による組換え自殖系統群作出を行った。当該年度においては、F3世代まで世代促進を進めた。さらに、アフリカイネが持つ初期生育性や耐虫性など、特徴的な表現型の予備的解析を行った。その結果、初期生育の旺盛さに関与すると考えられる第2葉と第3葉の葉身長にアフリカ栽培イネ内で表現型多型があることが示された。ゲノムワイド関連解析を行ったところ、第2葉葉身長および第3葉葉身長と有意に関連のある染色体領域が明らかとなった。また、複数の種間雑種不稔遺伝子について、遺伝子同定に向けた準備を行うとともに、ゲノム編集による遺伝子ノックアウトの実験系の構築を進めた。

  • アフリカのイネジーンプールに潜在する有用遺伝子の計画的利用に向けた種間雑種戦略
    小出 陽平, 山形 悦透, 石川 亮, 藤田 大輔
    日本学術振興会, 科学研究費助成事業 基盤研究(B), 基盤研究(B), 北海道大学, 2021年04月01日 - 2025年03月31日

  • 栽培イネに秘められた雑草魂とは？
    石川 亮
    日本学術振興会, 科学研究費助成事業 挑戦的研究(萌芽), 挑戦的研究(萌芽), 神戸大学, 2021年07月09日 - 2024年03月31日

  • 二国間交流「植物分子遺伝学と植物考古学の相互評価によるイネ栽培化過程の検証」
    日本学術振興会, 国際交流事業, 2021年11月 - 2023年10月, 研究代表者

  • 野生イネの形態に学ぶ持続的病害抵抗性の再構築と活用
    石川 亮, 林 敬子, 黒木 信一郎
    日本学術振興会, 科学研究費助成事業 基盤研究(B), 基盤研究(B), 神戸大学, 2018年07月18日 - 2022年03月31日

  • 高塩環境下の葉へのNaとCl蓄積を支配するイネの遺伝子座の探索と原因遺伝子の同定
    堀江 智明, 石川 亮
    日本学術振興会, 科学研究費助成事業 基盤研究(C), 基盤研究(C), 信州大学, 2018年04月01日 - 2021年03月31日
    栽培イネの日本晴（Oryza sativa）と野生イネ（O. rufipogon W630）の戻し交雑自殖系統群（BRILs）を利用して、塩ストレス下の若い葉身（第6, 7葉）中のNaの蓄積に深く関与する遺伝子座の絞り込みを引き続き実施した。解析は順調に進めていたが、想定外の理由により遅れが生じた。一時中断の後、再び順調に解析を進めており、最終目標であるQTL解析まで残り10数系統の解析を終えるのみの段階にきている。 栽培イネコシヒカリと耐塩性イネノナボクラの染色体断片置換系統群（O. sativa, CSSLs）を利用して、塩ストレス下のClの吸収や分配に深く関与する遺伝子座の絞り込みを実施するプロジェクトに関しては、更に想定外の難問に直面し、今年度は事実上とん挫した。少しでも前へ進めるために、緊急でコシヒカリと野生イネ（O. rufipogon W106）のCSSLsを利用して、塩ストレス下で両者のCl蓄積に差をもたらす遺伝子座領域の絞り込みを実施した。その結果、地上部に野生イネ様のClの高蓄積を有意に示す系統を5つ、地下部に野生イネ様のClの低蓄積を有意に示す1系統を選抜する事ができた。 そのうち、地上部のCl蓄積が野生イネ型になるWDSL19系統に関しては、地上部と地下部から全RNAを抽出し、親系統であるコシヒカリとW106の同様のRNAサンプルと共に、次世代シークエンサーを用いたRNA-seq解析を実施した。その結果、WDSL19の組織内で、遺伝子の発現量が野生イネ型になり、コシヒカリの3倍以上になる複数の遺伝子をリストアップする事ができた。その中には、動物の研究からCl透過性を示すと予想される輸送体や、耐塩性に深く関与する事が明らかである輸送体の遺伝子が含まれていた。今後は、他の系統に関しても同様の遺伝子発現解析を進める予定である。

  • 石川 亮
    日本学術振興会, 学術研究助成基金助成金／基盤研究(C), 基盤研究(C), 神戸大学, 2018年04月 - 2021年03月, 研究代表者
    熱帯アジアを中心に世界で生産されるコメの約８割を占めるインディカ型栽培イネは、稔実種子が脱粒しやすいことから収穫時や運搬時に収量ロスが生じている。このため、脱粒に要する強度を人為的に調節することができれば増収が期待できる。しかし、栽培イネの非脱粒性は複数の遺伝子座の変異によって制御される量的形質であることがこれまでに明らかとなっており、既知の変異では生産地の収穫方法に対応した脱粒強度に調節することが難しい。本研究では、完全脱粒性を持つ野生イネ(Oryza rufipogon W630)と栽培イネ2品種(O. sativa日本晴・ジャポニカとIR36・インディカ)との交雑分離集団を活用することで、各栽培イネが有する脱粒性を低下させる特異的な自然変異を同定し、既知の遺伝子座との相互作用を解明するための実験系の構築を進めた。 日本晴（ジャポニカ栽培イネ）の非脱粒性に関与した遺伝子座については、これまでに推定した候補領域のさらなる限定を進めた。先に選抜した候補領域内に組換えを持つ系統を自殖して得られた種子を用いて行った後代検定の解析結果を再検証するため、それらの自殖種子を発芽させ、さらなる後代検定を行った。さ系統を選抜した（非常事態宣言に伴い当初計画した系統数から大幅に削減した）。またIR36（インディカ栽培イネ）の非脱粒性に関与した遺伝子座については、種子脱粒性への相互効果について遺伝的な検証が得られたため、候補領域内の組換え個体の選抜を行った。これらの組換位置の詳細を明らかにするため、領域内に新たなDNAマーカーを作出した。
    競争的資金

  • 野生イネ由来病害抵抗性遺伝子の協働作用メカニズム
    林 敬子, 石川 亮
    日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 基盤研究(C), 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 2017年04月01日 - 2020年03月31日
    イネいもち病抵抗性の遺伝資源の効果的な活用は遺伝資源が限られている抵抗性育種において重要である。圃場抵抗性に総称される中度抵抗性を効果的に利用するには、基盤となる感染様式を把握し、得られた知見を元に適切に形質を評価することが重要となる。本課題では、野生イネが保有する中度抵抗性遺伝子領域を同定した。同定領域を保有する系統を用いて、客観的な評価の困難な中度抵抗性遺伝子の特性を把握できる「切り花染色剤イメージング法」を得られた感染様式の知見をもとに構築した。本方法により、葉いもち、穂いもちの特性と当該抵抗性遺伝子の効果を明らかにした。

  • 近縁種間の遺伝子循環による次世代植物資源の開発と持続的作物生産力の向上
    藤田 大輔, 山形 悦透, 石川 亮, 小出 陽平
    日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 基盤研究(B), 佐賀大学, 2016年07月19日 - 2020年03月31日
    本研究は、（課題１）として、国際稲研究所で維持されているアフリカイネO. glaberrima 150 系統に関して、次世代シークエンサーにより、全ゲノム領域の解読を行い、多数のSNP情報を検出した。（課題２）として、アフリカイネ150系統の生物的ストレス・収量関連形質の特性評価を行った。課題１で得られたSNP情報を用いてゲノムワイド関連解析により、これらの形質に関して関連する遺伝子座を複数検出した。 （課題３）として、次世代植物資源を作出するために、インド型品種Peikuの不稔緩和系統とO. glaberrimaを交雑し、複数の交雑組み合わせにおいてBC1F1種子を得た。

  • 石川 亮
    日本学術振興会, 学術研究助成基金助成金／国際共同研究加速基金(国際共同研究強化), 国際共同研究加速基金(国際共同研究強化), 神戸大学, 2015年 - 2019年, 研究代表者
    イネの栽培化で選抜の対象となった種子脱粒性の喪失に焦点をあて、関与した新規遺伝子変異を同定し、それらの起源や伝播の流れを明らかにすることでイネの栽培化過程を植物遺伝学と植物考古学の両面から考察することを目的とした。その結果、ジャポニカとインディカ栽培イネを用いて種子脱粒性の喪失に関与した遺伝子座を複数同定することができた。これらの遺伝子座は共通するものと異なるものがあることから、種子脱粒性の喪失の過程が栽培イネ間で異なる可能性が示唆された。
    競争的資金

  • 野生種を利用したイネ耐塩性関連遺伝子座の同定と耐性品種育種に向けた基盤確立
    堀江 智明, 石川 亮
    日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 基盤研究(C), 信州大学, 2015年04月01日 - 2018年03月31日
    栽培イネの祖先野生イネであるOryza rufipogonに着目し、塩ストレスに対する表現型を調べると、野生イネは、栽培イネよりも塩に高い感受性を示し、かつ顕著により高濃度のNaを葉に蓄積していた。栽培イネ日本晴と野生イネの戻し交雑自殖系統群（BRILs）の各個体を塩ストレス処理し、元素一斉分析を行う事で葉のNa蓄積を支配するイネの遺伝子座の同定を試みた。152系統の葉身のNa蓄積の解析結果から、3つの主要な候補遺伝子座領域（QTL）を検出した。毒性のNa以外に、耐性に正の効果を及ぼすCa, Mg, Kに関しても解析を進め、各元素の葉への蓄積を支配する遺伝子座のおよその候補領域を絞り込んだ。

  • 栽培イネ誕生のきっかけとなった形質に関与する遺伝子群の解明
    石井 尊生, 石川 亮
    日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 基盤研究(B), 神戸大学, 2014年04月01日 - 2018年03月31日
    栽培イネ誕生のきっかけになったのは、種子の落ちにくさと繁殖様式を自殖に導く閉じた穂の形だと考えられる。そこでまず、穂の開閉の原因遺伝子であるOsLG1遺伝子の発現調節領域ならびに補足的な第5染色体上の遺伝子座の領域推定を行った。次に、落ちにくさに関与した芒の長さならびに受精様式に関わる花器官の形質がどのような遺伝制御によるものなのかを明らかにした。その結果、イネの栽培化は3形質に関する多くの遺伝子座が関与して進んだことが確認された。

  • 石井 尊生
    日本学術振興会, 科学研究費補助金／基盤研究(B), 基盤研究(B), 神戸大学, 2014年04月 - 2017年03月
    野生イネ（Oryza rufipogon）の遺伝学的および生態学的特性を把握するため、熱帯アジアのベトナム、カンボジア、ミヤンマーに調査地を設定し、まず野生イネ自生集団における遺伝的多様性についてDNAレベルで調査を行った。その結果、1年生と多年生の集団構造は繁殖様式と周囲の環境条件により変動することが明らかになった。次に、野生イネと栽培イネの間の遺伝子流動を栽培化形質に関するDNAマーカーを用いて調査したところ、両者間の遺伝子流動は熱帯アジアで普通に起こるものであり、その頻度は生育環境に大きく依存していることが示唆された。
    競争的資金

  • 石川 亮
    日本学術振興会, 学術研究助成基金助成金／基盤研究(C), 基盤研究(C), 神戸大学, 2014年04月 - 2017年03月, 研究代表者
    作物の栽培化において、種子脱粒性の喪失は最も重要な選抜形質のひとつである。イネにおける種子脱粒性の喪失は、sh4 遺伝子座に生じた変異が原因であると広く認識されている。しかし、栽培イネが持つsh4 遺伝子座を野生イネの遺伝的背景に導入しても、なお強い脱粒性が見られることから、栽培化初期における脱粒性喪失にはsh4 遺伝子座以外の遺伝変異も関与したと考えられる。本研究では、野生・栽培イネ間で新たに同定され、sh4 遺伝子座と共に脱粒性の喪失に関与した遺伝子座qSH3における原因遺伝子の同定と証明、ならびに栽培化における役割を明らかにした。
    競争的資金

  • 二国間交流「植物分子遺伝学と植物考古学の相互評価によるイネ栽培化過程の検証」
    石川 亮
    日本学術振興会, 二国間交流事業（オープンパートナーシップ共同研究）, 2014年11月 - 2016年10月, 研究代表者
    競争的資金

  • 石川 亮
    日本学術振興会, 学術研究助成基金助成金／基盤研究(C), 基盤研究(C), 神戸大学, 2011年 - 2013年, 研究代表者
    離層形成による種子の自然脱粒は野生植物の繁殖にとって必須であるが、作物として人間が利用する場合には収量低下に繋がる。しかしながら、離層形成に関わる因子やその制御機構については不明な点が多い。本研究では、イネで同定された栽培種由来の２つの非脱粒性遺伝子を戻し交雑によって野生イネに導入し、これらを遺伝的に固定させてもなお脱粒性を示す独自の材料を用いて、従来の方法では検出が困難であった新規脱粒性遺伝子座をQTL(量的形質遺伝子座)解析により同定した。さらに、完全離層を形成する野生種と比較することによって、新規・既知脱粒性遺伝子座の離層形成における役割について組織レベルで明らかにした。
    競争的資金

  • 石川 亮
    日本学術振興会, 科学研究費補助金／若手研究(B), 若手研究(B), 神戸大学, 2009年 - 2010年, 研究代表者
    栽培イネと野生イネを用いた種間交雑では、いくつかの組み合わせで胚乳発生に異常が生じる。これらの雑種胚乳の解析から同定されたシロイヌナズナPHERES1と相同性の高いOsMADS87について定量PCRにより詳細に調べた。その結果、胚乳発生が抑制される交雑組み合わせでは発現が低く、胚乳発生が促進された交雑組み合わせでは高くなっており、細胞化のタイミングと発現量に相関がみられた。OsMADS87遺伝子を過剰発現・機能抑制する形質転換体を作出し胚乳発生について観察したが、顕著な影響は見られなかった。OsMADS87遺伝子には複数のファミリー遺伝子が存在することから、これらが協調して胚乳発生を制御している可能性が考えられる。
    競争的資金

■ メディア報道
  • なぜ縄文に農業始まらず？
    本人以外, 日本経済新聞, 2025年02月02日, 科学で迫る 日本人
    新聞・雑誌

  • 三つの変異で種が落ちなくなりイネの栽培が始まった！
    朝日新聞出版
    AERA with Kids 学習BOOKシリーズ, 2023年07月21日, ニュースとマンガで今、一番知りたい！ 日本の歴史
    新聞・雑誌

  • イネ種子脱粒性の喪失
    NHK
    ヒューマニエンス ４０億年のたくらみ, “植物” 支配者は周りを動かす
    テレビ・ラジオ番組

研究シーズ

■ 研究シーズ
  • 野生イネが持つ有用農業形質の探索
    シーズカテゴリ：環境・農学
    研究キーワード：野生イネ, 有用農業形質
    研究の背景と目的：イネ（Oryza sativa）は世界の主要な作物の1つであり、野生イネ（O. rufipogon）より栽培化されたといわれている。栽培化の過程では、脱粒性の喪失や芒の喪失など、人間にとって都合の良い性質が選ばれてきました。しかし、栽培化によって栽培イネは遺伝的多様性を失ってます。野生イネは耐病虫性や環境ストレス耐性など、栽培イネにはない有用な性質を保持している可能性があります。
    研究内容：亜鉛は人類をはじめとする生物の生命活動において欠かすことができない微量必須栄養元素のひとつであり、亜鉛不足は味覚障害など様々な欠乏症状を誘発します。我々の主食であるイネは可食部である種子の亜鉛濃度が低いことから、種子亜鉛濃度を向上させることは重要な育種目標です。我々はオーストラリア由来の野生イネO. meridionalisが持つ高い種子亜鉛濃度を支配する遺伝子の同定を行うために、栽培イネのO. sativa日本晴とO. meridionalis W1627の交雑により得られた分離集団を用いて、原因となる遺伝子座の同定を進めています。原因となる遺伝変異が解明することで、種子の亜鉛濃度を高めた新品種などの開発を目標として研究を進めています。
    期待される効果や応用分野：イネには数多くの野生種が存在し、それらは耐病虫性や環境ストレス耐性など、栽培イネにはない有用な性質を保持している可能性があります。これらの活用は、栽培イネにない新たな性質を持つ品種の育成に向けて利用価値が高いです。
  • イネ栽培化過程の解明
    シーズカテゴリ：環境・農学
    研究キーワード：イネ, 栽培化, 種子脱粒性
    研究の背景と目的：我々日本人の主食であるイネ(Oryza sativa)は野生イネ(O. rufipogon)から栽培化されたことが知られています。栽培化の過程では、農業に有用な形質を示す突然変異が選抜され、品種改良も進み現在の栽培イネが確立されました。しかし、その過程ではどのような突然変異が選抜され、栽培化が進んだか不明な点が多くあります。研究では遺伝学的アプローチによって栽培化過程を解明することを目的とします。
    研究内容：イネの栽培化過程で選抜された重要な農業形質の一つに種子脱粒性があります。種子脱粒性は、野生植物にとって次世代の種子を拡散し、種が繫栄するために必須の性質ですが、これは収穫量を得るうえで非常に不都合な性質です。我々の祖先は、このような種子を自然に脱粒させる性質を失った偶発的に生じた突然変異を持つ個体を恣意的に選び、その植物を人の手で栽培することで農業を確立しました。近年の分子遺伝学・ゲノム科学の発展により、どのような遺伝的な変異が種子の脱粒性を喪失させたかを検証することが可能となり、それを人為的に制御することも可能となってきました。研究では、イネの栽培化において脱粒性を喪失させることにつながった遺伝的な変異を同定するために、栽培イネと野生イネを交雑して、その後代で脱粒性が分離する集団を作出し、メンデルの遺伝の法則に従って脱粒性と遺伝子変異の関係を明らかにします。
    期待される効果や応用分野：イネの交雑による品種改良を行う上で、交雑の母本となる系統の由来を明らかにし、栽培化における形質が安定して維持されるようにすることにつながります。
研究者連絡先、関連サイト
　　　　　
メールアドレス：r-ishika[]port.kobe-u.ac.jp　※左記の「@」は画像ですので、ご利用の際はテキストの「@」を入力してください。
研究者紹介：https://kuid-rm-web.ofc.kobe-u.ac.jp/search/detail?systemId=742dba9c659abe53520e17560c007669
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